More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1221 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1221  ABC transporter substrate binding protein (iron)  100 
 
 		 406 aa  837    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4418  periplasmic binding protein  74.33 
 
 		 377 aa  583  1.0000000000000001e-165  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.468441 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3089  periplasmic binding protein  63.79 
 
 		 375 aa  483  1e-135  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1097  periplasmic binding protein  59.13 
 
 		 373 aa  468  1.0000000000000001e-131  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.508447  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1235  periplasmic binding protein  57.1 
 
 		 375 aa  465  9.999999999999999e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2758  periplasmic binding protein  57.49 
 
 		 373 aa  463  1e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.593995  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3040  periplasmic binding protein  57.7 
 
 		 375 aa  457  1e-127  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.174043  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3900  periplasmic binding protein  53.78 
 
 		 386 aa  424  1e-117  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4077  periplasmic binding protein  54.91 
 
 		 383 aa  420  1e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2027  periplasmic binding protein  50 
 
 		 378 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.683361  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2249  periplasmic binding protein  49.2 
 
 		 378 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.254495 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1220  ABC transporter substrate binding protein (iron)  48.63 
 
 		 383 aa  369  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0484482  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0283  periplasmic binding protein  38.84 
 
 		 383 aa  285  1.0000000000000001e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.996344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2696  periplasmic binding protein  38.44 
 
 		 377 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.773462  normal  0.636131 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2751  periplasmic binding protein  36.94 
 
 		 389 aa  272  9e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.369256  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2669  putative ABC transporter, periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  36.94 
 
 		 389 aa  272  9e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1538  putative ABC transporter periplasmic iron siderophore/cobalamin-binding protein  37.03 
 
 		 381 aa  271  2e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.204367 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4771  periplasmic binding protein  35.73 
 
 		 370 aa  263  6e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1015  periplasmic binding protein  35.8 
 
 		 371 aa  251  2e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.543354 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3141  periplasmic binding protein  33.52 
 
 		 371 aa  249  8e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1693  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  36.08 
 
 		 370 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1058  periplasmic binding protein  34.47 
 
 		 370 aa  241  1e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.530502  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7105  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  36.49 
 
 		 401 aa  239  8e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.320123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2735  putative iron complex transport system substrate-binding protein  34.29 
 
 		 427 aa  231  1e-59  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0180927  decreased coverage  0.0000609348 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3531  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component-like protein  34.07 
 
 		 382 aa  229  6e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.826718  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3611  periplasmic binding protein  32.77 
 
 		 380 aa  229  8e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.486041  normal  0.0848378 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3000  periplasmic binding protein  34.76 
 
 		 369 aa  224  3e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.796809  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0797  periplasmic binding protein  36 
 
 		 367 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0161104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0154  hypothetical protein  31.82 
 
 		 366 aa  218  1e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000656293 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0816  periplasmic binding protein  31.82 
 
 		 366 aa  218  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0919646  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0816  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.82 
 
 		 366 aa  218  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1127  periplasmic binding protein  33.62 
 
 		 368 aa  218  2e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0573  ABC transporter, substrate binding protein  32.54 
 
 		 374 aa  216  5e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.470776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0467  Fe(III) dicitrate ABC transporter, permease  31.33 
 
 		 384 aa  212  1e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2194  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  32.43 
 
 		 377 aa  212  1e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.301282  normal  0.0100465 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4137  ferrichrome/ferrioxamine B periplasmic transporter  33.51 
 
 		 365 aa  208  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2140  periplasmic binding protein  27.81 
 
 		 394 aa  201  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.07383  normal  0.925288 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2567  periplasmic binding protein  32.95 
 
 		 365 aa  201  1.9999999999999998e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0204616  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1240  periplasmic binding protein  30.28 
 
 		 372 aa  200  3e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2755  ABC transporter, substrate binding protein  30.36 
 
 		 375 aa  199  5e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0000138231  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1100  ABC transporter, substrate binding protein  32.54 
 
 		 374 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0595516  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3035  periplasmic binding protein  30.15 
 
 		 372 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.938947  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2718  periplasmic binding protein  29.63 
 
 		 360 aa  170  4e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.410203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0745  periplasmic binding protein  29.97 
 
 		 407 aa  170  5e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.300436 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1708  periplasmic binding protein  30 
 
 		 392 aa  161  2e-38  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7622  ABC transporter substrate binding protein (iron)  30.56 
 
 		 429 aa  158  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1701  periplasmic binding protein  28.89 
 
 		 365 aa  157  2e-37  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1702  periplasmic binding protein  29.07 
 
 		 364 aa  156  8e-37  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2539  periplasmic binding protein  28 
 
 		 368 aa  153  7e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1774  periplasmic binding protein  27.81 
 
 		 363 aa  140  3.9999999999999997e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1314  periplasmic binding protein  28.93 
 
 		 380 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0394754 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2635  iron chelate ABC transporter periplasmic iron/siderophore-binding protein  24.44 
 
 		 363 aa  126  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  3.97529e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2720  periplasmic binding protein  24.16 
 
 		 363 aa  126  8.000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000000254593  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0025  FMN-binding domain protein  27 
 
 		 517 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1644  copper amine oxidase domain protein  28.49 
 
 		 483 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0382967  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1042  periplasmic binding protein  28.95 
 
 		 354 aa  114  3e-24  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1591  periplasmic binding protein  26.71 
 
 		 377 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0970823  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2396  iron(III) ABC transporter, solute-binding protein  27.2 
 
 		 375 aa  108  1e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.507465 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1316  periplasmic binding protein  27.86 
 
 		 390 aa  108  1e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.867732  normal  0.0135564 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1216  copper amine oxidase domain-containing protein  27.62 
 
 		 478 aa  108  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00000673824  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0547  periplasmic binding protein  28.75 
 
 		 359 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2098  periplasmic binding protein  28.45 
 
 		 402 aa  103  6e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1321  periplasmic binding protein  27.41 
 
 		 366 aa  103  6e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.77394  normal  0.0125945 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1185  periplasmic binding protein  27.93 
 
 		 354 aa  103  6e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.306422  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2617  periplasmic binding protein  25.65 
 
 		 380 aa  102  2e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0972  periplasmic binding protein  24.68 
 
 		 429 aa  102  2e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1597  periplasmic binding protein  28.8 
 
 		 409 aa  100  5e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.465677  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1218  periplasmic binding protein  27.08 
 
 		 358 aa  99  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0017043  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0435  periplasmic binding protein  27.56 
 
 		 362 aa  97.4  4e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  hitchhiker  0.0000278634  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0024  periplasmic binding protein  25.51 
 
 		 360 aa  96.3  1e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1645  periplasmic binding protein  27.11 
 
 		 354 aa  95.1  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.399451  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1195  periplasmic binding protein  27.38 
 
 		 374 aa  90.5  5e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1132  periplasmic binding protein  27.1 
 
 		 378 aa  89.7  8e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0148173  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0426  periplasmic binding protein  23.47 
 
 		 375 aa  89  1e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0273  periplasmic binding protein  27.59 
 
 		 381 aa  86.3  9e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000312893  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2847  periplasmic binding protein  25 
 
 		 354 aa  85.9  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1999  periplasmic binding protein  26.03 
 
 		 348 aa  85.9  0.000000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.205186 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0428  periplasmic binding protein  25.71 
 
 		 375 aa  85.9  0.000000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0735  periplasmic binding protein  27.75 
 
 		 358 aa  85.9  0.000000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000243949  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1747  periplasmic binding protein  24.43 
 
 		 334 aa  84  0.000000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0219  periplasmic binding protein  25.83 
 
 		 370 aa  83.2  0.000000000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.293771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0759  periplasmic binding protein  27.2 
 
 		 358 aa  83.2  0.000000000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00294843  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1622  iron transport periplasmic binding protein  26.15 
 
 		 370 aa  83.2  0.000000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000308392  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0444  periplasmic binding protein  25.21 
 
 		 356 aa  82.8  0.00000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0388  periplasmic binding protein  26.14 
 
 		 396 aa  81.6  0.00000000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1612  iron chelatin ABC transporter, substrate binding protein  25.91 
 
 		 344 aa  80.9  0.00000000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  27.27 
 
 		 338 aa  80.9  0.00000000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1283  periplasmic binding protein  27.3 
 
 		 409 aa  80.9  0.00000000000004  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.907  normal  0.591849 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1492  periplasmic binding protein  23.45 
 
 		 362 aa  80.5  0.00000000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.104614  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1424  periplasmic binding protein  23.94 
 
 		 354 aa  80.1  0.00000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5751  periplasmic binding protein  22.22 
 
 		 313 aa  80.1  0.00000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.48327  hitchhiker  0.000000000101276 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1653  periplasmic binding protein  26.45 
 
 		 386 aa  79.7  0.00000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0409  periplasmic binding protein  23.8 
 
 		 375 aa  79  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.14115  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0059  periplasmic binding protein  25.87 
 
 		 688 aa  79.3  0.0000000000001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.932595  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  27.21 
 
 		 338 aa  78.2  0.0000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  27.21 
 
 		 338 aa  78.2  0.0000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2326  periplasmic binding protein  23.85 
 
 		 346 aa  78.6  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300944 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0343  periplasmic binding protein  27.92 
 
 		 373 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  27.12 
 
 		 337 aa  77.8  0.0000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0216  periplasmic binding protein  25.85 
 
 		 393 aa  77.8  0.0000000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.941778  normal  0.148136 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>