More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0452 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_2000  30S ribosomal protein S1  88.16 
 
 		 591 aa  1046    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000749746  normal  0.10797 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0452  30S ribosomal protein S1  100 
 
 		 592 aa  1190    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000961926  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1732  30S ribosomal protein S1  92.14 
 
 		 589 aa  1071    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000125222  decreased coverage  0.00441133 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0570  30S ribosomal protein S1  93.96 
 
 		 592 aa  1102    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1794  30S ribosomal protein S1  89.1 
 
 		 588 aa  1046    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000217401  normal  0.053041 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0349  30S ribosomal protein S1  91.81 
 
 		 586 aa  1056    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.000000000135822  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0418  30S ribosomal protein S1  92.37 
 
 		 591 aa  1102    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000167097  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  53.38 
 
 		 720 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1176  RNA binding S1 domain protein  47.07 
 
 		 644 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1297  30S ribosomal protein S1  50.19 
 
 		 599 aa  558  1e-158  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5663  RNA binding S1 domain protein  49.16 
 
 		 595 aa  552  1e-156  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.726551  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3478  30S ribosomal protein S1  49.52 
 
 		 598 aa  543  1e-153  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.199022  normal  0.500407 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1951  30S ribosomal protein S1  48.68 
 
 		 606 aa  539  9.999999999999999e-153  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.275526  normal  0.0589831 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0129  30S ribosomal protein S1  49.03 
 
 		 586 aa  531  1e-150  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00811703  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0644  30S ribosomal protein S1  48.47 
 
 		 611 aa  532  1e-150  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.35055 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10333  30S ribosomal protein S1  46.92 
 
 		 619 aa  531  1e-149  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.869439  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2762  30S ribosomal protein S1  45.92 
 
 		 591 aa  523  1e-147  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.841821  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  43.68 
 
 		 596 aa  490  1e-137  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  44.67 
 
 		 577 aa  484  1e-135  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1981  ribosomal protein S1  44.6 
 
 		 604 aa  476  1e-133  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000204813  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  42.83 
 
 		 568 aa  475  1e-133  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6619  RNA binding S1 domain protein  43.39 
 
 		 630 aa  478  1e-133  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.00000014562  normal  0.0151044 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  42.83 
 
 		 568 aa  475  1e-133  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  42.83 
 
 		 568 aa  475  1e-133  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  43.39 
 
 		 574 aa  472  1e-132  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2301  30S ribosomal protein S1  43.39 
 
 		 578 aa  473  1e-132  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.75877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  42.99 
 
 		 577 aa  473  1e-132  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  42.22 
 
 		 573 aa  468  9.999999999999999e-131  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  42.36 
 
 		 584 aa  461  9.999999999999999e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  42.86 
 
 		 575 aa  456  1e-127  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  44.23 
 
 		 593 aa  457  1e-127  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2333  30S ribosomal protein S1  43.97 
 
 		 570 aa  452  1.0000000000000001e-126  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000922659  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0373  30S ribosomal protein S1  44.27 
 
 		 570 aa  451  1e-125  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0107492  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  40.93 
 
 		 584 aa  448  1.0000000000000001e-124  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  42.75 
 
 		 579 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  40.93 
 
 		 584 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0247  ribosomal protein S1  42.78 
 
 		 562 aa  444  1e-123  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  41.7 
 
 		 597 aa  443  1e-123  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2382  ribosomal protein S1  42.18 
 
 		 608 aa  440  9.999999999999999e-123  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.105209  normal  0.526812 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  43.36 
 
 		 558 aa  441  9.999999999999999e-123  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0867  30S ribosomal protein S1  40.92 
 
 		 586 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000314961  normal  0.0879612 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2603  30S ribosomal protein S1  43.37 
 
 		 574 aa  436  1e-121  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00445858  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  40.56 
 
 		 557 aa  438  1e-121  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  40.75 
 
 		 557 aa  438  1e-121  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0293  30S ribosomal protein S1  42.14 
 
 		 573 aa  436  1e-121  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0149  30S ribosomal protein S1  42.86 
 
 		 569 aa  436  1e-121  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0098  30S ribosomal protein S1  42.99 
 
 		 566 aa  438  1e-121  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2936  30S ribosomal protein S1  42.31 
 
 		 577 aa  433  1e-120  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2917  30S ribosomal protein S1  41.18 
 
 		 571 aa  435  1e-120  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.371234  normal  0.0728232 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  40.8 
 
 		 609 aa  434  1e-120  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2446  30S ribosomal protein S1  43.81 
 
 		 570 aa  431  1e-119  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.822205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2229  30S ribosomal protein S1  42.48 
 
 		 571 aa  426  1e-118  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.516713  normal  0.0580456 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1413  30S ribosomal protein S1  39.39 
 
 		 555 aa  427  1e-118  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0578612  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  41.13 
 
 		 560 aa  427  1e-118  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6612  30S ribosomal protein S1  42.37 
 
 		 569 aa  427  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.328912  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6076  30S ribosomal protein S1  42.32 
 
 		 569 aa  428  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0207  30S ribosomal protein S1  42.86 
 
 		 570 aa  422  1e-117  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.271501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0182  30S ribosomal protein S1  43.05 
 
 		 570 aa  423  1e-117  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.357984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  41.63 
 
 		 559 aa  422  1e-117  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1376  30S ribosomal protein S1  43.35 
 
 		 558 aa  422  1e-117  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1372  30S ribosomal protein S1  43.55 
 
 		 558 aa  423  1e-117  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0397  30S ribosomal protein S1  42.52 
 
 		 565 aa  425  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0168105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0927  30S ribosomal protein S1  42.61 
 
 		 569 aa  424  1e-117  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000030887  normal  0.340595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1071  30S ribosomal protein S1  42.61 
 
 		 569 aa  424  1e-117  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000319804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0163  30S ribosomal protein S1  41.94 
 
 		 566 aa  424  1e-117  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.97893  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0103  30S ribosomal protein S1  42.28 
 
 		 569 aa  423  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.503388  normal  0.928701 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  40.19 
 
 		 556 aa  422  1e-117  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  42.34 
 
 		 561 aa  423  1e-117  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0124  30S ribosomal protein S1  43.05 
 
 		 570 aa  423  1e-117  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.463891 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0206  30S ribosomal protein S1  42.27 
 
 		 567 aa  421  1e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.49849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  41.83 
 
 		 589 aa  420  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  41.33 
 
 		 560 aa  421  1e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3035  30S ribosomal protein S1  41.92 
 
 		 567 aa  421  1e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00687642  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0067  30S ribosomal protein S1  41.94 
 
 		 565 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00605902  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  41.73 
 
 		 560 aa  421  1e-116  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0754  30S ribosomal protein S1  42.05 
 
 		 575 aa  422  1e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0927  30S ribosomal protein S1  39.35 
 
 		 576 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.722612  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0675  30S ribosomal protein S1  41.45 
 
 		 582 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.690527 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0956  30S ribosomal protein S1  40.65 
 
 		 573 aa  416  9.999999999999999e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00000014577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4160  30S ribosomal protein S1  39.53 
 
 		 570 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0640  30S ribosomal protein S1  41.94 
 
 		 565 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.079846 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2257  30S ribosomal protein S1  41.25 
 
 		 570 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.165537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0982  30S ribosomal protein S1  41.63 
 
 		 571 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.144535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0192  30S ribosomal protein S1  41.94 
 
 		 565 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0782699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0568  30S ribosomal protein S1  39.53 
 
 		 570 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3001  30S ribosomal protein S1  41.63 
 
 		 577 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213018  hitchhiker  0.00787891 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0923  30S ribosomal protein S1  39.35 
 
 		 576 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1047  30S ribosomal protein S1  39.53 
 
 		 576 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1006  30S ribosomal protein S1  39.53 
 
 		 576 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0428  30S ribosomal protein S1  41.05 
 
 		 570 aa  413  1e-114  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2572  30S ribosomal protein S1  41.05 
 
 		 570 aa  413  1e-114  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.196878  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2993  30S ribosomal protein S1  41.05 
 
 		 570 aa  413  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1638  30S ribosomal protein S1  41.05 
 
 		 570 aa  413  1e-114  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.82562  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0201  30S ribosomal protein S1  41.05 
 
 		 570 aa  413  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3882  30S ribosomal protein S1  40.49 
 
 		 561 aa  413  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.237416  normal  0.848573 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00891  30S ribosomal protein S1  39.39 
 
 		 561 aa  413  1e-114  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0317797  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0947  30S ribosomal protein S1  41.05 
 
 		 570 aa  413  1e-114  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.579155  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2945  30S ribosomal protein S1  41.05 
 
 		 570 aa  413  1e-114  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.855668  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2882  30S ribosomal protein S1  41.05 
 
 		 570 aa  413  1e-114  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0077101  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3590  30S ribosomal protein S1  40.3 
 
 		 561 aa  410  1e-113  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.019363  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>