More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0103 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_2917  30S ribosomal protein S1  64.62 
 
 		 571 aa  754    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.371234  normal  0.0728232 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6612  30S ribosomal protein S1  82.13 
 
 		 569 aa  942    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.328912  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0149  30S ribosomal protein S1  74.96 
 
 		 569 aa  861    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0754  30S ribosomal protein S1  64.22 
 
 		 575 aa  726    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6076  30S ribosomal protein S1  82.31 
 
 		 569 aa  944    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_004310  BR0027  30S ribosomal protein S1  76.07 
 
 		 566 aa  859    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.173864  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0103  30S ribosomal protein S1  67.25 
 
 		 569 aa  747    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.924927 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0124  30S ribosomal protein S1  80.11 
 
 		 570 aa  932    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.463891 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3458  30S ribosomal protein S1  74.07 
 
 		 568 aa  839    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0206  30S ribosomal protein S1  94.12 
 
 		 567 aa  1072    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.49849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3590  30S ribosomal protein S1  68.23 
 
 		 561 aa  777    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.019363  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2229  30S ribosomal protein S1  84.67 
 
 		 571 aa  978    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.516713  normal  0.0580456 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0103  30S ribosomal protein S1  100 
 
 		 569 aa  1145    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.503388  normal  0.928701 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0026  30S ribosomal protein S1  76.07 
 
 		 566 aa  859    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4360  30S ribosomal protein S1  75.18 
 
 		 567 aa  843    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294177  hitchhiker  0.00911055 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0293  30S ribosomal protein S1  64.78 
 
 		 573 aa  753    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1305  30S ribosomal protein S1  71.94 
 
 		 566 aa  843    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000305659  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0029  30S ribosomal protein S1  75.31 
 
 		 566 aa  858    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3275  30S ribosomal protein S1  68.23 
 
 		 561 aa  777    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62304 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0640  30S ribosomal protein S1  94.48 
 
 		 565 aa  1079    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.079846 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1322  30S ribosomal protein S1  69.08 
 
 		 566 aa  770    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.85252  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3882  30S ribosomal protein S1  68.48 
 
 		 561 aa  777    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.237416  normal  0.848573 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0207  30S ribosomal protein S1  80.11 
 
 		 570 aa  931    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.271501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0721  30S ribosomal protein S1  67.2 
 
 		 558 aa  765    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0686992  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0194  30S ribosomal protein S1  75.71 
 
 		 573 aa  848    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.571877  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2446  30S ribosomal protein S1  80.57 
 
 		 570 aa  939    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.822205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0397  30S ribosomal protein S1  93.42 
 
 		 565 aa  1070    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0168105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0192  30S ribosomal protein S1  94.31 
 
 		 565 aa  1075    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0782699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1025  30S ribosomal protein S1  69.48 
 
 		 558 aa  795    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0436614  normal  0.528214 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0163  30S ribosomal protein S1  93.44 
 
 		 566 aa  1076    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.97893  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0675  30S ribosomal protein S1  80.45 
 
 		 582 aa  935    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.690527 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0182  30S ribosomal protein S1  80.11 
 
 		 570 aa  932    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.357984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0200  30S ribosomal protein S1  69.49 
 
 		 558 aa  790    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.977671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1495  30S ribosomal protein S1  67.96 
 
 		 570 aa  749    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.255625 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3606  30S ribosomal protein S1  76.69 
 
 		 569 aa  869    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000377018  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0098  30S ribosomal protein S1  68.02 
 
 		 566 aa  773    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2936  30S ribosomal protein S1  81.68 
 
 		 577 aa  964    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4030  30S ribosomal protein S1  75.18 
 
 		 567 aa  845    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2456  30S ribosomal protein S1  68.2 
 
 		 569 aa  773    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3786  30S ribosomal protein S1  67.27 
 
 		 571 aa  776    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  hitchhiker  0.000327486 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0067  30S ribosomal protein S1  95.02 
 
 		 565 aa  1083    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00605902  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0172  SSU ribosomal protein S1P  54.2 
 
 		 570 aa  598  1e-170  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0487527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2257  30S ribosomal protein S1  49.82 
 
 		 570 aa  559  1e-158  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.165537  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  49.73 
 
 		 589 aa  557  1e-157  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2945  30S ribosomal protein S1  49.64 
 
 		 570 aa  556  1e-157  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.855668  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0428  30S ribosomal protein S1  49.64 
 
 		 570 aa  556  1e-157  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2993  30S ribosomal protein S1  49.64 
 
 		 570 aa  556  1e-157  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4160  30S ribosomal protein S1  50 
 
 		 570 aa  558  1e-157  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2572  30S ribosomal protein S1  49.64 
 
 		 570 aa  556  1e-157  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.196878  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0927  30S ribosomal protein S1  49.82 
 
 		 576 aa  556  1e-157  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.722612  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1638  30S ribosomal protein S1  49.64 
 
 		 570 aa  556  1e-157  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.82562  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0568  30S ribosomal protein S1  50 
 
 		 570 aa  558  1e-157  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1006  30S ribosomal protein S1  50 
 
 		 576 aa  557  1e-157  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0923  30S ribosomal protein S1  49.82 
 
 		 576 aa  557  1e-157  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1047  30S ribosomal protein S1  50 
 
 		 576 aa  557  1e-157  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2882  30S ribosomal protein S1  49.64 
 
 		 570 aa  556  1e-157  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0077101  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0947  30S ribosomal protein S1  49.64 
 
 		 570 aa  556  1e-157  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.579155  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0201  30S ribosomal protein S1  49.64 
 
 		 570 aa  556  1e-157  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3001  30S ribosomal protein S1  51.12 
 
 		 577 aa  555  1e-156  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213018  hitchhiker  0.00787891 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0982  30S ribosomal protein S1  51.12 
 
 		 571 aa  554  1e-156  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.144535  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0850  30S ribosomal protein S1  48.65 
 
 		 562 aa  549  1e-155  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.334273 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  49.46 
 
 		 556 aa  551  1e-155  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003020  SSU ribosomal protein S1p  49.64 
 
 		 556 aa  551  1e-155  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000113511  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0779  30S ribosomal protein S1  48.47 
 
 		 562 aa  545  1e-154  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  48.91 
 
 		 556 aa  545  1e-154  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000598437  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0909  30S ribosomal protein S1  48.29 
 
 		 562 aa  546  1e-154  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1376  30S ribosomal protein S1  47.22 
 
 		 558 aa  545  1e-154  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1372  30S ribosomal protein S1  47.4 
 
 		 558 aa  546  1e-154  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1280  30S ribosomal protein S1  49.36 
 
 		 559 aa  546  1e-154  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0113187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0927  30S ribosomal protein S1  47.14 
 
 		 569 aa  545  1e-154  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000030887  normal  0.340595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1071  30S ribosomal protein S1  47.14 
 
 		 569 aa  545  1e-154  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000319804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  48.27 
 
 		 555 aa  546  1e-154  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2069  30S ribosomal protein S1  48.29 
 
 		 571 aa  543  1e-153  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0000607618  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0722  30S ribosomal protein S1  48.11 
 
 		 564 aa  542  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.151231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0500  30S ribosomal protein S1  48.47 
 
 		 557 aa  542  1e-153  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.170768  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  48.28 
 
 		 557 aa  543  1e-153  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  48.37 
 
 		 555 aa  544  1e-153  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3285  30S ribosomal protein S1  49.02 
 
 		 561 aa  542  1e-153  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00279338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  47.91 
 
 		 555 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2569  30S ribosomal protein S1  48.11 
 
 		 564 aa  541  9.999999999999999e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2469  30S ribosomal protein S1  48.48 
 
 		 561 aa  539  9.999999999999999e-153  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.327946  normal  0.369216 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  49.16 
 
 		 555 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1391  30S ribosomal protein S1  48.48 
 
 		 561 aa  540  9.999999999999999e-153  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00553115  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2244  30S ribosomal protein S1  46.73 
 
 		 571 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.777167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3035  30S ribosomal protein S1  48.66 
 
 		 567 aa  540  9.999999999999999e-153  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00687642  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  47.73 
 
 		 555 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  47.73 
 
 		 555 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  49.35 
 
 		 555 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000359988  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  47.73 
 
 		 555 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  47.91 
 
 		 555 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000879863  unclonable  0.000000000196055 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1308  30S ribosomal protein S1  48.29 
 
 		 557 aa  538  1e-151  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.302956  hitchhiker  0.0000000365743 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  47.73 
 
 		 555 aa  538  1e-151  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3124  30S ribosomal protein S1  48.31 
 
 		 562 aa  538  1e-151  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00164205  normal  0.0119703 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2311  30S ribosomal protein S1  47.63 
 
 		 555 aa  535  1e-151  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000015623  hitchhiker  0.000000568585 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1789  30S ribosomal protein S1  47.94 
 
 		 561 aa  536  1e-151  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123989 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  47.73 
 
 		 555 aa  537  1e-151  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  48.49 
 
 		 557 aa  538  1e-151  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  47.73 
 
 		 555 aa  537  1e-151  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  47.73 
 
 		 555 aa  537  1e-151  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2796  30S ribosomal protein S1  47.94 
 
 		 561 aa  538  1e-151  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355849  hitchhiker  0.000269522 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>