More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3837 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 395 aa  803    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2165  extracellular ligand-binding receptor  71.91 
 
 		 390 aa  569  1e-161  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  71.12 
 
 		 394 aa  551  1e-156  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3303  extracellular ligand-binding receptor  67.96 
 
 		 393 aa  536  1e-151  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  66.67 
 
 		 396 aa  536  1e-151  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  66.41 
 
 		 396 aa  536  1e-151  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  68.27 
 
 		 396 aa  530  1e-149  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3366  extracellular ligand-binding receptor  36.59 
 
 		 397 aa  224  3e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.453868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3767  Extracellular ligand-binding receptor  35.55 
 
 		 397 aa  223  4e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.191669 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4060  extracellular ligand-binding receptor  35.89 
 
 		 400 aa  213  3.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  35.04 
 
 		 404 aa  203  4e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  32.71 
 
 		 412 aa  199  6e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03165  Extracellular ligand-binding receptor  32.02 
 
 		 364 aa  197  4.0000000000000005e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  34.97 
 
 		 403 aa  196  6e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  33.15 
 
 		 399 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  32.24 
 
 		 400 aa  189  1e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 		 402 aa  187  3e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  31.43 
 
 		 405 aa  186  5e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.43 
 
 		 405 aa  186  6e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  33.6 
 
 		 406 aa  185  1.0000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0291  extracellular ligand-binding receptor  32.78 
 
 		 401 aa  184  2.0000000000000003e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.512826 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2647  extracellular ligand-binding receptor  30.35 
 
 		 397 aa  179  5.999999999999999e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.154433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  31.91 
 
 		 394 aa  177  3e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3194  Extracellular ligand-binding receptor  34.29 
 
 		 415 aa  171  2e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1549  extracellular ligand-binding receptor  30.3 
 
 		 392 aa  157  3e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.000137786  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3230  extracellular ligand-binding receptor  31.77 
 
 		 400 aa  153  5e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293864  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2712  extracellular ligand-binding receptor  31.28 
 
 		 405 aa  151  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.620726  hitchhiker  0.00485368 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.06 
 
 		 376 aa  151  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  29.21 
 
 		 374 aa  150  5e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3577  extracellular ligand-binding receptor  31.5 
 
 		 412 aa  148  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  29.05 
 
 		 392 aa  134  3e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0089  Extracellular ligand-binding receptor  30.62 
 
 		 396 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0070  extracellular ligand-binding receptor  30.34 
 
 		 396 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  28.31 
 
 		 384 aa  129  1.0000000000000001e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0150  extracellular ligand-binding receptor  28.78 
 
 		 417 aa  129  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  28.65 
 
 		 382 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  27.44 
 
 		 383 aa  127  3e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  29.23 
 
 		 385 aa  127  4.0000000000000003e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  32.05 
 
 		 386 aa  127  5e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 		 397 aa  125  9e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  26.55 
 
 		 394 aa  125  2e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.45 
 
 		 397 aa  124  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0096  extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 		 416 aa  124  4e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.809601 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  28.11 
 
 		 397 aa  123  7e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  28.11 
 
 		 397 aa  123  7e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  28.3 
 
 		 378 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 		 379 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  24.67 
 
 		 373 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  28.5 
 
 		 381 aa  120  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  29.1 
 
 		 377 aa  121  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  28.5 
 
 		 381 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  27.6 
 
 		 379 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0893  extracellular ligand-binding receptor  27.98 
 
 		 396 aa  119  6e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3501  extracellular ligand-binding receptor  28.27 
 
 		 448 aa  118  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3260  hypothetical protein  27.04 
 
 		 424 aa  117  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.128123  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 		 394 aa  117  5e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  29.03 
 
 		 397 aa  117  5e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  28.05 
 
 		 382 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  26.6 
 
 		 382 aa  114  3e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 		 381 aa  114  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  26.76 
 
 		 382 aa  113  7.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  22.43 
 
 		 389 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.91 
 
 		 399 aa  112  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.61 
 
 		 404 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 		 404 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0192  hypothetical protein  27.2 
 
 		 411 aa  110  4.0000000000000004e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.681892  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.88 
 
 		 378 aa  110  5e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  26.92 
 
 		 399 aa  109  9.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 		 404 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.85 
 
 		 399 aa  109  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  23.92 
 
 		 373 aa  108  1e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  24.85 
 
 		 397 aa  107  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.16 
 
 		 395 aa  106  7e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1970  extracellular ligand-binding receptor  29 
 
 		 372 aa  106  9e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  26.99 
 
 		 384 aa  105  1e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 		 379 aa  105  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1478  Extracellular ligand-binding receptor  24.87 
 
 		 405 aa  104  2e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 395 aa  105  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  24.47 
 
 		 376 aa  105  2e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 		 379 aa  104  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  26.27 
 
 		 376 aa  104  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  25.52 
 
 		 396 aa  104  3e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  26.94 
 
 		 393 aa  104  3e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.17 
 
 		 396 aa  103  4e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  24.32 
 
 		 402 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 396 aa  103  5e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.14 
 
 		 380 aa  103  7e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1842  extracellular ligand-binding receptor  25.51 
 
 		 394 aa  102  9e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.843132  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 398 aa  102  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  23.79 
 
 		 379 aa  101  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0480  Extracellular ligand-binding receptor  25.38 
 
 		 407 aa  100  3e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  23.82 
 
 		 380 aa  101  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  27.94 
 
 		 339 aa  100  4e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01985  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.64 
 
 		 386 aa  100  5e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3839  extracellular ligand-binding receptor  28.78 
 
 		 405 aa  100  5e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  26.41 
 
 		 376 aa  100  6e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1257  extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 		 386 aa  99.8  7e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000744493  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3793  Extracellular ligand-binding receptor  26.28 
 
 		 386 aa  99.4  9e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.15379 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 379 aa  99.4  9e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  26.89 
 
 		 397 aa  99.8  9e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>