More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1861 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1861  citrate transporter  100 
 
 		 587 aa  1167    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.394844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1684  TrkA-like protein  65.13 
 
 		 588 aa  758    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2621  TrkA domain-containing protein  65.96 
 
 		 588 aa  754    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0998803  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2347  TrkA domain-containing protein  52.04 
 
 		 588 aa  558  1e-157  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1175  TrkA-C, di- and tricarboxylate transporters  48.99 
 
 		 589 aa  549  1e-155  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2351  TrkA domain-containing protein  52.69 
 
 		 588 aa  539  9.999999999999999e-153  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.119552  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1106  TrkA-like protein  47.88 
 
 		 589 aa  526  1e-148  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1530  TrkA-C domain protein  44.95 
 
 		 591 aa  467  9.999999999999999e-131  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2793  TrkA domain-containing protein  44.74 
 
 		 588 aa  452  1.0000000000000001e-126  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_1343  DASS family transporter: sodium ion/sulfate  40.7 
 
 		 583 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.351628  normal  0.572139 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4989  Citrate transporter  39.49 
 
 		 592 aa  403  1e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.516998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39202  DASS family transporter: sodium ion/sulfate  40.67 
 
 		 634 aa  394  1e-108  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.21287 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1857  TrkA-C domain protein  42.91 
 
 		 591 aa  390  1e-107  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_22453  predicted protein  38.12 
 
 		 622 aa  388  1e-106  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_14922  predicted protein  39.72 
 
 		 572 aa  367  1e-100  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2066  TrkA domain-containing protein  38.1 
 
 		 598 aa  324  3e-87  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233721 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0606  putative membrane transport protein  32.99 
 
 		 588 aa  322  9.999999999999999e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.252017  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1749  TrkA-C domain protein  35.13 
 
 		 593 aa  318  2e-85  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.123967  normal  0.0276756 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0040  TrkA-C domain protein  34.94 
 
 		 602 aa  318  2e-85  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0038  TrkA-C domain protein  34.94 
 
 		 596 aa  317  6e-85  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4947  TrkA-C domain protein  35.01 
 
 		 597 aa  309  1.0000000000000001e-82  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.816628 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4408  TrkA-C domain protein  34.63 
 
 		 596 aa  306  8.000000000000001e-82  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4471  TrkA-C domain protein  34.57 
 
 		 596 aa  306  1.0000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0557  citrate transporter  34.56 
 
 		 596 aa  301  2e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000015136 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2959  TrkA domain-containing protein  33.11 
 
 		 575 aa  300  5e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2317  TrkA domain-containing protein  35.02 
 
 		 588 aa  300  6e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.12678  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4508  TrkA domain-containing protein  34.48 
 
 		 592 aa  297  3e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.951327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0665  TrkA domain-containing protein  35.64 
 
 		 574 aa  297  4e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0631  TrkA-C domain protein  34.78 
 
 		 599 aa  295  1e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2986  TrkA domain-containing protein  33.22 
 
 		 575 aa  293  8e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.479743  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1941  TrkA-C domain protein  34.53 
 
 		 623 aa  292  1e-77  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1499  TrkA-C domain protein  36 
 
 		 579 aa  291  2e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96712  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0422  ion transporter superfamily protein  32.38 
 
 		 575 aa  288  2e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001705  sulfate permease Trk-type  33.05 
 
 		 574 aa  287  2.9999999999999996e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3383  TrkA-like  33.95 
 
 		 593 aa  287  4e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1688  TrkA domain-containing protein  33.05 
 
 		 575 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2889  putative sodium/sulfate symporter  35.91 
 
 		 583 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0961  TrkA-C  34.04 
 
 		 574 aa  278  2e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1424  TrkA domain-containing protein  32.82 
 
 		 575 aa  278  2e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0976124  normal  0.0212336 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0693  TrkA domain-containing protein  33.86 
 
 		 607 aa  277  3e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00166729  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0635  Citrate transporter  33 
 
 		 622 aa  278  3e-73  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0636  Citrate transporter  33.72 
 
 		 616 aa  276  6e-73  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.315061  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2058  citrate transporter  33.33 
 
 		 609 aa  276  7e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153049 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0576  TrkA domain-containing protein  33.62 
 
 		 592 aa  276  7e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.60388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3512  TrkA domain-containing protein  32.47 
 
 		 608 aa  276  1.0000000000000001e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1899  TrkA-C  34.62 
 
 		 592 aa  275  2.0000000000000002e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0381  DASS family sodium/sulfate transporter  33.66 
 
 		 601 aa  274  4.0000000000000004e-72  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.223448  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0799  potasium uptake protein  32.94 
 
 		 575 aa  274  4.0000000000000004e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00652417 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3185  TrkA domain-containing protein  34.46 
 
 		 574 aa  273  6e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2312  DASS family sodium/sulfate transporter  32.28 
 
 		 605 aa  273  8.000000000000001e-72  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.160189 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3899  TrkA domain-containing protein  35.28 
 
 		 592 aa  272  1e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.345566  normal  0.118663 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00768  hypothetical protein  32.16 
 
 		 574 aa  271  2.9999999999999997e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3041  TrkA domain-containing protein  32 
 
 		 574 aa  270  5e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3033  citrate transporter  32.73 
 
 		 612 aa  268  2e-70  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1447  citrate transporter family protein  32.52 
 
 		 610 aa  268  2e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1821  citrate transporter family protein  32.72 
 
 		 630 aa  268  2.9999999999999995e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1555  citrate transporter  32.52 
 
 		 610 aa  267  4e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2144  putative transporter  31.24 
 
 		 575 aa  266  5.999999999999999e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0656  sodium/sulphate symporter  32.54 
 
 		 592 aa  266  8.999999999999999e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0964  TrkA domain-containing protein  32.17 
 
 		 574 aa  264  3e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0865  TrkA domain-containing protein  34.09 
 
 		 574 aa  264  3e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2309  TrkA domain-containing protein  32.37 
 
 		 592 aa  264  3e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.887231  normal  0.094745 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1390  citrate transporter  34.98 
 
 		 581 aa  263  4.999999999999999e-69  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3070  TrkA domain-containing protein  34.5 
 
 		 574 aa  263  8.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.748598 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1036  TrkA-C domain protein  33.69 
 
 		 627 aa  263  1e-68  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.131112 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3330  DASS family sodium/sulfate transporter  33.75 
 
 		 592 aa  260  4e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4056  TrkA domain-containing protein  33.75 
 
 		 592 aa  260  4e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01481  DASS family sodium/sulfate transporter  31.63 
 
 		 605 aa  260  5.0000000000000005e-68  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02717  putative transporter  33.33 
 
 		 574 aa  259  7e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1447  putative sodium/sulfate transporter, DASS family  31.46 
 
 		 605 aa  257  3e-67  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.629217  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1409  citrate transporter  32.52 
 
 		 613 aa  257  4e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.000000118186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02561  putative sodium/sulfate transporter, DASS family  34.07 
 
 		 606 aa  257  4e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0902  TrkA domain-containing protein  34.5 
 
 		 574 aa  256  6e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3406  TrkA domain-containing protein  32 
 
 		 574 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0930  TrkA domain-containing protein  32 
 
 		 574 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0956  TrkA-C domain protein  31.83 
 
 		 574 aa  254  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1490  TrkA-C domain protein  30.49 
 
 		 624 aa  254  4.0000000000000004e-66  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.149438 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1726  citrate transporter  29.97 
 
 		 588 aa  251  2e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2555  Citrate transporter  32.57 
 
 		 611 aa  251  2e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1395  TrkA-C domain protein  34.53 
 
 		 578 aa  251  4e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.096414  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1647  TrkA-C  31.92 
 
 		 575 aa  251  4e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1488  Citrate transporter  31.42 
 
 		 610 aa  250  5e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2441  putative transporter  31.07 
 
 		 610 aa  249  1e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0104  Citrate transporter  33.87 
 
 		 618 aa  248  2e-64  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00921  DASS family sodium/sulfate transporter  31.74 
 
 		 609 aa  247  4e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2766  uncharacterized transporter  35.02 
 
 		 599 aa  246  9.999999999999999e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.14891 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00951  DASS family sodium/sulfate transporter  31.46 
 
 		 602 aa  241  2e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.8674  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1558  TrkA domain-containing protein  34.01 
 
 		 613 aa  241  2e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.256635  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1389  Citrate transporter  32.89 
 
 		 611 aa  241  2.9999999999999997e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0150325  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2776  Citrate transporter  31.44 
 
 		 619 aa  239  1e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0086  DASS family sodium/sulfate transporter  31.37 
 
 		 602 aa  239  1e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.121034  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3565  citrate transporter  32.02 
 
 		 609 aa  239  1e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0137837  normal  0.113815 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2447  putative transporter  30.91 
 
 		 610 aa  239  1e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.392855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00961  DASS family sodium/sulfate transporter  31.93 
 
 		 602 aa  239  1e-61  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.531259  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3221  citrate transporter  32.71 
 
 		 609 aa  239  1e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405525  normal  0.45192 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0660  TrkA-C  31.39 
 
 		 596 aa  238  2e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.178336  normal  0.122015 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02217  predicted transporter  31.07 
 
 		 610 aa  238  3e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1364  Citrate transporter  31.07 
 
 		 610 aa  238  3e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.020399  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1360  citrate transporter  31.07 
 
 		 610 aa  238  3e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.611944 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3431  TRAP transporter, DctM-like membrane protein  31.07 
 
 		 610 aa  238  3e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.346504  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>