More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0702 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0702  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 240 aa  479  1e-134  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.582572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1420  GntR family transcriptional regulator  69.4 
 
 		 236 aa  315  4e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2162  transcriptional regulator, GntR family  66.09 
 
 		 262 aa  310  1e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173243  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2501  transcriptional regulator, GntR family  66.09 
 
 		 262 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365709  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2747  transcriptional regulator, GntR family  62.9 
 
 		 233 aa  271  1e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.756614  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2564  transcriptional regulator GntR  60.7 
 
 		 246 aa  266  1e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0770  GntR family transcriptional regulator  57.6 
 
 		 255 aa  261  4.999999999999999e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0774402  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  57.87 
 
 		 254 aa  261  4.999999999999999e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3020  GntR family transcriptional regulator  57.27 
 
 		 239 aa  254  1.0000000000000001e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0841  GntR family transcriptional regulator  55.61 
 
 		 247 aa  253  2.0000000000000002e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.938482 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1352  transcriptional regulator, GntR family  54.59 
 
 		 228 aa  239  2e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1161  transcriptional regulator GntR  54.59 
 
 		 228 aa  236  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.480758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3836  GntR family transcriptional regulator  56.62 
 
 		 312 aa  234  8e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.155558  normal  0.0735717 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1104  transcriptional regulator, GntR family  54.59 
 
 		 266 aa  233  2.0000000000000002e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1375  GntR family transcriptional regulator  52.51 
 
 		 252 aa  226  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.473972  normal  0.0210118 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5236  transcriptional regulator, GntR family  52.51 
 
 		 252 aa  222  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.27643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4544  GntR family transcriptional regulator  45.66 
 
 		 260 aa  188  8e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.377364 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  38.07 
 
 		 238 aa  137  1e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5040  GntR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.435911  normal  0.566869 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5712  transcriptional regulator, GntR family  34.58 
 
 		 223 aa  110  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.678342 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0677  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 254 aa  106  4e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.456581 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1021  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 231 aa  104  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.698861  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  35.27 
 
 		 223 aa  103  3e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  30.43 
 
 		 226 aa  101  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0795  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 232 aa  97.8  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0705  transcriptional regulator, GntR family  35.11 
 
 		 243 aa  97.4  2e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000407645 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1405  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 222 aa  96.3  4e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0359865 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 233 aa  95.5  6e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 233 aa  95.5  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 233 aa  95.5  6e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 233 aa  95.1  9e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 234 aa  94.7  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 229 aa  94.7  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 235 aa  93.6  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 229 aa  94  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  27.19 
 
 		 239 aa  93.6  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0417  GntR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 254 aa  91.3  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 219 aa  91.3  1e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6449  transcriptional regulator, GntR family  34.12 
 
 		 236 aa  90.9  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.110693  normal  0.091376 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 229 aa  89.7  4e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4063  GntR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 243 aa  89.4  5e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.299746  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16960  transcriptional regulator, GntR family  30.95 
 
 		 229 aa  89  7e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.916885 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4468  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 229 aa  89  7e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.885152  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 219 aa  87.8  1e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 235 aa  87.4  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0589  GntR domain protein  34.59 
 
 		 216 aa  87  2e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1076  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 222 aa  87.4  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.928588  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1522  transcriptional regulator, GntR family  29.46 
 
 		 218 aa  87.4  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0498481 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5344  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 216 aa  87  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227261  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 234 aa  86.7  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0278  GntR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 265 aa  86.7  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31602  normal  0.331745 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 234 aa  86.3  4e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1829  GntR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 246 aa  86.3  4e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3123  transcriptional regulator, GntR family  33.18 
 
 		 219 aa  85.5  6e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.312088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4656  transcriptional regulator, GntR family  31.37 
 
 		 237 aa  85.9  6e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.741615 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5932  GntR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 210 aa  85.5  6e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.733777  normal  0.0408892 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5228  transcriptional regulator, GntR family  30.52 
 
 		 262 aa  85.5  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3368  transcriptional regulator, GntR family  31.16 
 
 		 227 aa  84.7  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00646565  normal  0.0258143 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 241 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 216 aa  84.7  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 230 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 211 aa  83.6  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1637  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 217 aa  83.6  0.000000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.57865  normal  0.0951778 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 240 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3541  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 218 aa  84  0.000000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 238 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5170  transcriptional regulator, GntR family  29.79 
 
 		 269 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3629  transcriptional regulator, GntR family  30.23 
 
 		 233 aa  82.8  0.000000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  30.28 
 
 		 232 aa  82  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 230 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 238 aa  81.6  0.000000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 238 aa  81.6  0.000000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3450  transcriptional regulator, GntR family  30.92 
 
 		 231 aa  80.9  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.101357  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  30.99 
 
 		 240 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  29.41 
 
 		 234 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1856  transcriptional regulator, GntR family protein  28.71 
 
 		 214 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  30.99 
 
 		 240 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3127  GntR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 228 aa  80.5  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3918  regulatory protein GntR HTH  27.8 
 
 		 235 aa  80.9  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.306871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0297  transcriptional regulator, GntR family  30.41 
 
 		 220 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5741  GntR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 228 aa  79.7  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0911809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6102  transcriptional regulator GntR family  26.76 
 
 		 229 aa  80.1  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 219 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 219 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2570  transcriptional regulator  31.07 
 
 		 213 aa  79.3  0.00000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.565298  hitchhiker  0.000000111966 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 213 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  31.86 
 
 		 209 aa  79.3  0.00000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  31.46 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3952  GntR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 221 aa  79.3  0.00000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.942603  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  31.68 
 
 		 238 aa  78.6  0.00000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1060  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28700  transcriptional regulator, GntR family  30.52 
 
 		 243 aa  78.6  0.00000000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.915743  normal  0.0614661 
 
 
-
 
NC_003296  RS00895  transcription regulator protein  32.23 
 
 		 205 aa  77.8  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0473063  normal  0.887973 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 229 aa  78.2  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0530  GntR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 220 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.710712  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2107  GntR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 244 aa  77.8  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0604546  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5061  transcriptional regulator GntR family  29.81 
 
 		 234 aa  78.2  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0625  transcriptional regulator, GntR family  29.81 
 
 		 223 aa  78.2  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699085  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2323  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 220 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.474326  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 255 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>