More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_2411 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
632 aa  1296    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  42 
 
 
592 aa  473  1e-132  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.2 
 
 
596 aa  473  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.75 
 
 
590 aa  475  1e-132  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  41.49 
 
 
601 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.76 
 
 
584 aa  462  1e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  42.53 
 
 
590 aa  464  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  42.53 
 
 
590 aa  464  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  41.28 
 
 
582 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.51 
 
 
599 aa  449  1e-125  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  41.11 
 
 
584 aa  444  1e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.72 
 
 
584 aa  442  1e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.82 
 
 
611 aa  439  9.999999999999999e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.61 
 
 
581 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.73 
 
 
585 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.67 
 
 
583 aa  436  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.14 
 
 
585 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.73 
 
 
585 aa  435  1e-120  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.49 
 
 
583 aa  433  1e-120  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.49 
 
 
584 aa  434  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.8 
 
 
606 aa  429  1e-118  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.53 
 
 
585 aa  427  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.48 
 
 
572 aa  422  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.86 
 
 
580 aa  423  1e-117  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  40.25 
 
 
584 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.14 
 
 
605 aa  403  1e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.14 
 
 
590 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.43 
 
 
610 aa  381  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.21 
 
 
633 aa  374  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.62 
 
 
616 aa  370  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.54 
 
 
613 aa  371  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.49 
 
 
616 aa  367  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.11 
 
 
637 aa  368  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.06 
 
 
594 aa  357  3.9999999999999996e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.06 
 
 
594 aa  357  3.9999999999999996e-97  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.48 
 
 
883 aa  354  2.9999999999999997e-96  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.45 
 
 
753 aa  352  1e-95  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.12 
 
 
612 aa  350  3e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.12 
 
 
612 aa  350  4e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.59 
 
 
773 aa  350  5e-95  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.83 
 
 
612 aa  349  1e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.39 
 
 
598 aa  347  5e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.58 
 
 
615 aa  346  8e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.61 
 
 
613 aa  345  1e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.41 
 
 
613 aa  342  1e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.41 
 
 
613 aa  342  1e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.87 
 
 
627 aa  342  1e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.03 
 
 
797 aa  338  1.9999999999999998e-91  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.81 
 
 
676 aa  338  1.9999999999999998e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.52 
 
 
610 aa  331  2e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.62 
 
 
587 aa  331  3e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.76 
 
 
786 aa  330  4e-89  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.96 
 
 
766 aa  328  2.0000000000000001e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  39.51 
 
 
409 aa  301  3e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  46.33 
 
 
353 aa  300  5e-80  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  43.45 
 
 
306 aa  256  8e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  42.94 
 
 
379 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  43.35 
 
 
357 aa  254  5.000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.57 
 
 
1036 aa  249  1e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.22 
 
 
633 aa  242  1e-62  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  30.33 
 
 
603 aa  236  7e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.77 
 
 
599 aa  235  2.0000000000000002e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  30.56 
 
 
590 aa  231  2e-59  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.67 
 
 
1023 aa  230  6e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.33 
 
 
806 aa  221  5e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  38.59 
 
 
284 aa  190  5e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  38.96 
 
 
475 aa  183  1e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27 
 
 
594 aa  180  5.999999999999999e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  36.67 
 
 
351 aa  160  6e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  35.5 
 
 
437 aa  159  1e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  35.06 
 
 
254 aa  155  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  36.6 
 
 
356 aa  153  8e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0264  diguanylate phosphodiesterase  35.43 
 
 
259 aa  150  9e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  33.91 
 
 
362 aa  149  1.0000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  33.91 
 
 
360 aa  149  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  33.19 
 
 
352 aa  149  2.0000000000000003e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1854  histidine kinase  38.86 
 
 
1111 aa  147  5e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.131557  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.39 
 
 
318 aa  146  9e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.25 
 
 
710 aa  143  9.999999999999999e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0201  diguanylate cyclase  38.15 
 
 
446 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.17932  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  32.07 
 
 
734 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  33.05 
 
 
367 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3814  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.04 
 
 
1131 aa  142  1.9999999999999998e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.257486 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1937  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  37.43 
 
 
436 aa  142  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.91 
 
 
565 aa  142  3e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.881972  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  31.73 
 
 
413 aa  142  3e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3924  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.89 
 
 
443 aa  140  7.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.350169  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  33.75 
 
 
371 aa  140  7.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0024  diguanylate phosphodiesterase  31.65 
 
 
246 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.481277  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0026  diguanylate phosphodiesterase  31.65 
 
 
246 aa  139  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  32.88 
 
 
256 aa  137  8e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3221  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.3 
 
 
443 aa  136  9e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0497788 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3193  diguanylate cyclase  39.78 
 
 
462 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0236  EAL domain protein  33.49 
 
 
260 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1989  diguanylate cyclase  35.29 
 
 
442 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000357818  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2051  diguanylate cyclase  37.43 
 
 
441 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0730  diguanylate cyclase  30.53 
 
 
343 aa  134  5e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  32.91 
 
 
283 aa  134  5e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2486  diguanylate cyclase  39.31 
 
 
439 aa  134  6e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000254421  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0978  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.67 
 
 
322 aa  134  6.999999999999999e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.97362  decreased coverage  0.00116316 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>