More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0664 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_0664  putative response regulator protein  100 
 
 
508 aa  1039    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3740  LuxR family transcriptional regulator  31.88 
 
 
403 aa  207  4e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0929  transcriptional regulator, LuxR family  47.19 
 
 
498 aa  159  1e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.661011 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3322  transcriptional regulator, LuxR family  28.1 
 
 
375 aa  147  7.0000000000000006e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.304808  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2244  transcriptional regulator, LuxR family  49.65 
 
 
446 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.793377  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1231  transcriptional regulator, LuxR family  41.04 
 
 
441 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0692085  normal  0.545036 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1031  transcriptional regulator, LuxR family  27.56 
 
 
439 aa  84  0.000000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2173  LuxR family transcriptional regulator  25.81 
 
 
269 aa  82.4  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0947  two component LuxR family transcriptional regulator  31.03 
 
 
310 aa  79.3  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00385235  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0038  transcriptional regulator, LuxR family  29.17 
 
 
307 aa  78.2  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0212  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.32 
 
 
953 aa  74.7  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4463  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.12 
 
 
839 aa  68.9  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2207  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 
866 aa  65.5  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2430  putative PAS/PAC sensor protein  24.92 
 
 
821 aa  64.7  0.000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0120  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.16 
 
 
1568 aa  63.9  0.000000007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2688  putative PAS/PAC sensor protein  23.73 
 
 
937 aa  62  0.00000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.139133 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0566  MCP methyltransferase, CheR-type with PAS/PAC sensor  22.3 
 
 
1193 aa  61.2  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3605  ATP-binding region, ATPase-like protein  28.39 
 
 
873 aa  61.2  0.00000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0484  multi-sensor histidine kinase  22.82 
 
 
1255 aa  60.8  0.00000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.908962 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1366  probable regulatory protein, LuxR domain protein  24.68 
 
 
324 aa  59.7  0.0000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.67 
 
 
1055 aa  60.1  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3193  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  29.28 
 
 
1380 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.112764 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1520  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.39 
 
 
777 aa  59.3  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3979  two component transcriptional regulator, LuxR family  52 
 
 
220 aa  59.3  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.487116  normal  0.704163 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1707  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.37 
 
 
1313 aa  58.9  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0138  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.46 
 
 
1338 aa  58.5  0.0000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1688  PAS sensor protein  24.91 
 
 
823 aa  58.5  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2024  fused PAS sensor histidine kinase protein and response regulator  23.86 
 
 
1005 aa  58.5  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00627468  normal  0.216163 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  31.54 
 
 
1346 aa  57.8  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3037  hypothetical protein  28.48 
 
 
1289 aa  57.8  0.0000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.203236  normal  0.672387 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0238  multi-component transcriptional regulator  28.16 
 
 
1629 aa  57.8  0.0000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1113  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.63 
 
 
1042 aa  57.8  0.0000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1120  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.5 
 
 
805 aa  57.4  0.0000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.37757  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.11 
 
 
965 aa  57  0.0000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.928447  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2495  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  25.95 
 
 
363 aa  56.6  0.0000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5915  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.55 
 
 
786 aa  56.6  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.91558 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.32 
 
 
996 aa  56.6  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2015  putative PAS/PAC sensor protein  28.57 
 
 
1119 aa  56.2  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000673901 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4069  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.69 
 
 
1333 aa  56.2  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000202305 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0641  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.58 
 
 
1648 aa  56.6  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_92  sensor histidine kinase  28.48 
 
 
363 aa  56.6  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1660  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.17 
 
 
781 aa  55.5  0.000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3771  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.7 
 
 
1039 aa  55.8  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000191257 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.65 
 
 
862 aa  55.5  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.525156  hitchhiker  0.0000167572 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.32 
 
 
986 aa  55.5  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2590  multi-sensor hybrid histidine kinase  22.48 
 
 
1959 aa  55.5  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0694001 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.67 
 
 
1134 aa  55.5  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.56424 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1268  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.3 
 
 
1069 aa  55.8  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3014  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.28 
 
 
1132 aa  55.1  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829917  hitchhiker  0.00701741 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.67 
 
 
1076 aa  54.7  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1726  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.99 
 
 
881 aa  53.9  0.000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0185814  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2388  sensory box histidine kinase  24.31 
 
 
733 aa  53.9  0.000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1960  multi-sensor hybrid histidine kinase  25 
 
 
1680 aa  53.5  0.000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.529564  normal  0.0344276 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2598  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.88 
 
 
661 aa  53.5  0.000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07910  intracellular signalling protein with diguanylate cyclase and phosphodiesterase activities  31.65 
 
 
802 aa  53.5  0.000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.909152  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  30.05 
 
 
3706 aa  53.5  0.000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0331  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.21 
 
 
608 aa  52.8  0.00001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0741  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.72 
 
 
1193 aa  53.1  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000131287 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1489  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.56 
 
 
729 aa  53.1  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00567966 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3872  PAS  26.78 
 
 
853 aa  53.5  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0226  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.22 
 
 
1018 aa  52.8  0.00001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4175  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.61 
 
 
1083 aa  52.8  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1525  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.96 
 
 
813 aa  53.1  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1141  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.95 
 
 
520 aa  52.4  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.9 
 
 
963 aa  52.4  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  29.17 
 
 
632 aa  52.8  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0716  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  24.87 
 
 
890 aa  52.4  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2119  multisensor signal transduction histidine kinase  22.03 
 
 
582 aa  52.4  0.00002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2013  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.87 
 
 
801 aa  52.4  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0191  transmembrane two component system sensor kinase transcription regulator protein  24.44 
 
 
458 aa  51.6  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0364977 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_93  sensor histidine kinase  23.34 
 
 
759 aa  51.6  0.00003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0057  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.56 
 
 
836 aa  51.6  0.00003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0050  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.24 
 
 
871 aa  52  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0971682  decreased coverage  0.000571287 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2068  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.16 
 
 
948 aa  51.6  0.00003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.67 
 
 
999 aa  51.6  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.13 
 
 
646 aa  52  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1531  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.82 
 
 
643 aa  52  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.963114 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1410  MCP methyltransferase/methylesterase, CheR/CheB with PAS/PAC sensor  30.63 
 
 
1120 aa  51.2  0.00004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.132886  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  24.84 
 
 
2213 aa  51.2  0.00004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0438  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  31.39 
 
 
914 aa  51.2  0.00004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.41519  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1792  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.77 
 
 
984 aa  51.2  0.00004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3391  putative PAS/PAC sensor protein  30.94 
 
 
1301 aa  51.2  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0258089  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  22.03 
 
 
862 aa  51.2  0.00004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3610  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.69 
 
 
583 aa  51.2  0.00004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1237  sensory box protein  26.52 
 
 
712 aa  50.8  0.00005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.267434  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1722  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.19 
 
 
1007 aa  51.2  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.608863  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0347  PAS  28.47 
 
 
513 aa  50.8  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  0.000000072068 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3588  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.91 
 
 
827 aa  50.8  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0360121 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3017  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.88 
 
 
864 aa  51.2  0.00005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3548  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  21.74 
 
 
1007 aa  50.8  0.00006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.508984  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0595  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.85 
 
 
473 aa  50.8  0.00006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.46 
 
 
771 aa  50.4  0.00007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.84298 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2228  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.72 
 
 
654 aa  50.4  0.00007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.728607  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0397  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.32 
 
 
818 aa  50.4  0.00008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3076  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.4 
 
 
616 aa  50.4  0.00008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.315862  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2998  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.8 
 
 
807 aa  50.4  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.745142 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  21.35 
 
 
743 aa  50.4  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  31.33 
 
 
639 aa  50.4  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1906  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.37 
 
 
659 aa  50.1  0.00009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2469  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.56 
 
 
747 aa  50.1  0.00009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>