More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_0039 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010525  Tneu_0068  ATP-dependent DNA ligase  84.14 
 
 		 584 aa  1018    Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1124  ATP-dependent DNA ligase  62.69 
 
 		 603 aa  761    Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000816424  normal  0.578001 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0039  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 583 aa  1182    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0750  ATP-dependent DNA ligase  57.63 
 
 		 601 aa  663    Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1115  ATP-dependent DNA ligase  85.52 
 
 		 584 aa  1045    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.41546 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0076  ATP-dependent DNA ligase  81.55 
 
 		 584 aa  1001    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.101904  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0814  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  51.45 
 
 		 590 aa  579  1e-164  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.389607  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0150  ATP-dependent DNA ligase  49.92 
 
 		 598 aa  570  1e-161  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.132861  normal  0.011821 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1170  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  49.49 
 
 		 601 aa  565  1e-160  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.51261  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  43.93 
 
 		 588 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  41.4 
 
 		 582 aa  461  9.999999999999999e-129  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1400  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  38.4 
 
 		 583 aa  403  1e-111  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1643  DNA ligase (ATP)  40.91 
 
 		 549 aa  392  1e-107  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI04170  DNA ligase, putative  37.68 
 
 		 803 aa  377  1e-103  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_56005  predicted protein  36.06 
 
 		 719 aa  363  5.0000000000000005e-99  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.410085 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_51005  predicted protein  35.24 
 
 		 651 aa  344  2e-93  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  38.41 
 
 		 552 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_16988  predicted protein  35.26 
 
 		 664 aa  337  2.9999999999999997e-91  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.606353  normal  0.523448 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06069  DNA ligase (Eurofung)  34.64 
 
 		 932 aa  334  3e-90  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  34.58 
 
 		 568 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  34.01 
 
 		 567 aa  323  5e-87  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.6 
 
 		 550 aa  311  2e-83  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  35.17 
 
 		 556 aa  303  7.000000000000001e-81  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  37.41 
 
 		 553 aa  295  1e-78  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  33.33 
 
 		 546 aa  289  8e-77  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  34.26 
 
 		 592 aa  284  4.0000000000000003e-75  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.43 
 
 		 562 aa  277  3e-73  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0793  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.81 
 
 		 573 aa  263  8.999999999999999e-69  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.027506  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  31.77 
 
 		 547 aa  262  1e-68  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0608  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.14 
 
 		 610 aa  261  4e-68  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0293  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.18 
 
 		 573 aa  258  2e-67  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.33298  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1865  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  35.4 
 
 		 548 aa  258  2e-67  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1685  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.51 
 
 		 573 aa  258  3e-67  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA05480  DNA ligase, putative  27.82 
 
 		 944 aa  256  6e-67  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0215  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.25 
 
 		 573 aa  248  2e-64  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.21738 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0427  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.06 
 
 		 531 aa  243  6e-63  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04883  DNA ligase (Eurofung)  30.72 
 
 		 816 aa  241  2.9999999999999997e-62  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.125619 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0878  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  33.12 
 
 		 594 aa  238  2e-61  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0334376  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  32.41 
 
 		 513 aa  203  6e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  32.41 
 
 		 513 aa  202  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.76 
 
 		 509 aa  200  6e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4475  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  30 
 
 		 576 aa  196  7e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4321  ATP-dependent DNA ligase  33 
 
 		 511 aa  192  2e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  32.89 
 
 		 508 aa  189  9e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1425  ATP-dependent DNA ligase  31.1 
 
 		 527 aa  186  1.0000000000000001e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.272318 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2592  ATP-dependent DNA ligase  29.46 
 
 		 507 aa  175  1.9999999999999998e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000184866 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  33.33 
 
 		 513 aa  174  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1780  ATP-dependent DNA ligase  31.91 
 
 		 520 aa  173  6.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.161511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1799  ATP-dependent DNA ligase  31.91 
 
 		 520 aa  173  6.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.07397  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1846  ATP-dependent DNA ligase  31.91 
 
 		 520 aa  173  6.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.297739  normal  0.661172 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2344  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.52 
 
 		 510 aa  170  8e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.873695  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13079  ATP-dependent DNA ligase  32.03 
 
 		 507 aa  165  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3810  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.3 
 
 		 539 aa  163  1e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.749991  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.13 
 
 		 522 aa  158  2e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4301  ATP-dependent DNA ligase  31.9 
 
 		 519 aa  156  1e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.659287 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2025  ATP-dependent DNA ligase  30.56 
 
 		 534 aa  152  2e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.189008  normal  0.878138 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4586  ATP-dependent DNA ligase  28.8 
 
 		 517 aa  151  3e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.02 
 
 		 1017 aa  150  5e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0272  ATP-dependent DNA ligase  29.76 
 
 		 512 aa  147  4.0000000000000006e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.000560558  hitchhiker  0.000258657 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00097  DNA ligase 4 (EC 6.5.1.1)(DNA ligase IV)(Polydeoxyribonucleotide synthase [ATP] 4) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BH83]  25.37 
 
 		 1009 aa  146  1e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0295925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1315  ATP-dependent DNA ligase  28.88 
 
 		 558 aa  146  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693977  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0096  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.73 
 
 		 506 aa  141  3e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0228406  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5292  ATP-dependent DNA ligase  28.31 
 
 		 558 aa  141  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2195  ATP-dependent DNA ligase  29.19 
 
 		 552 aa  139  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0151417  hitchhiker  0.0044454 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4680  ATP-dependent DNA ligase  27.6 
 
 		 561 aa  139  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840786  normal  0.137791 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4316  ATP-dependent DNA ligase  30.21 
 
 		 503 aa  136  9e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.375111  normal  0.488131 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0719  ATP-dependent DNA ligase  29.7 
 
 		 537 aa  134  3e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_10585  predicted protein  33.72 
 
 		 337 aa  134  5e-30  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2642  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.1 
 
 		 592 aa  133  9e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.750554  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0412  ATP dependent DNA ligase  30.02 
 
 		 514 aa  133  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.900501  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1211  ATP-dependent DNA ligase  25.5 
 
 		 562 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.837533 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3135  ATP dependent DNA ligase  25.68 
 
 		 584 aa  128  3e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.519108  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2845  ATP-dependent DNA ligase  28.96 
 
 		 509 aa  125  2e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  28.45 
 
 		 550 aa  125  3e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1583  ATP dependent DNA ligase  24.79 
 
 		 552 aa  124  6e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1076  ATP-dependent DNA ligase  28.89 
 
 		 533 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4933  ATP dependent DNA ligase  34.58 
 
 		 442 aa  122  9.999999999999999e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  24.83 
 
 		 530 aa  123  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0375  ATP-dependent DNA ligase  26.74 
 
 		 566 aa  121  3.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2413  ATP-dependent DNA ligase  28.82 
 
 		 533 aa  120  9e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02270  DNA ligase  25.6 
 
 		 530 aa  120  9e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1569  ATP-dependent DNA ligase  26.76 
 
 		 532 aa  120  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.583345 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4859  ATP-dependent DNA ligase  26.75 
 
 		 551 aa  119  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425556  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  32.95 
 
 		 656 aa  120  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3524  ATP-dependent DNA ligase  25.16 
 
 		 538 aa  119  9.999999999999999e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.755693 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1755  ATP dependent DNA ligase  25.3 
 
 		 533 aa  119  9.999999999999999e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3449  ATP dependent DNA ligase  24.27 
 
 		 544 aa  118  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.422145 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0306  ATP-dependent DNA ligase  26.38 
 
 		 559 aa  118  3e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247281  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1105  ATP-dependent DNA ligase  25.55 
 
 		 552 aa  117  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.660067 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1071  ATP dependent DNA ligase  27.43 
 
 		 574 aa  115  3e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.088062 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0311  ATP-dependent DNA ligase  26.04 
 
 		 559 aa  114  4.0000000000000004e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.194095 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1518  ATP-dependent DNA ligase  26.83 
 
 		 542 aa  114  5e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111157  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_81859  DNA ligase IV  25.44 
 
 		 939 aa  113  8.000000000000001e-24  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0068  ATP-dependent DNA ligase  27.23 
 
 		 531 aa  112  1.0000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1145  ATP-dependent DNA ligase  25.55 
 
 		 552 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.646236 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_26493  predicted protein  24.2 
 
 		 994 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.164071 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4307  ATP-dependent DNA ligase  26.99 
 
 		 552 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.66248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1541  ATP dependent DNA ligase  26.92 
 
 		 570 aa  111  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3895  ATP-dependent DNA ligase  26.07 
 
 		 551 aa  110  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07831  ATP-dependent DNA ligase  24.22 
 
 		 546 aa  110  5e-23  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>