168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_02063 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  100 
 
 		 501 aa  1027    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  43.31 
 
 		 587 aa  368  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  38.34 
 
 		 495 aa  298  2e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.73 
 
 		 493 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  28.98 
 
 		 477 aa  190  5.999999999999999e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  25.6 
 
 		 492 aa  171  4e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  29.57 
 
 		 457 aa  169  7e-41  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.89 
 
 		 464 aa  161  2e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  28.32 
 
 		 469 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  30.09 
 
 		 561 aa  152  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  30.09 
 
 		 563 aa  152  1e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  42.7 
 
 		 396 aa  148  2.0000000000000003e-34  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681459  hitchhiker  0.00000169581 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  25.98 
 
 		 612 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.44 
 
 		 532 aa  148  3e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  42.78 
 
 		 427 aa  140  6e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  31.09 
 
 		 479 aa  139  1e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  25.96 
 
 		 460 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  28.91 
 
 		 590 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.38 
 
 		 471 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  27.5 
 
 		 450 aa  129  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  25.43 
 
 		 538 aa  126  7e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  38.03 
 
 		 236 aa  123  7e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  25.16 
 
 		 390 aa  122  1.9999999999999998e-26  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  24.86 
 
 		 547 aa  120  4.9999999999999996e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.73 
 
 		 459 aa  117  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  30.83 
 
 		 528 aa  117  3.9999999999999997e-25  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  33.49 
 
 		 436 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  25.35 
 
 		 476 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.83 
 
 		 477 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.4 
 
 		 495 aa  114  5e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  24.78 
 
 		 514 aa  107  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  23.09 
 
 		 595 aa  103  8e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  27.63 
 
 		 564 aa  100  6e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.94 
 
 		 419 aa  97.1  6e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  25.66 
 
 		 532 aa  97.1  7e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  22.11 
 
 		 556 aa  96.7  8e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  24.84 
 
 		 395 aa  96.3  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  23.63 
 
 		 511 aa  95.1  3e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  24.86 
 
 		 425 aa  92.4  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  23.19 
 
 		 490 aa  85.9  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  24.78 
 
 		 557 aa  85.5  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  38.22 
 
 		 435 aa  84.7  0.000000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2364  restriction modification system DNA specificity subunit  23.6 
 
 		 413 aa  82.8  0.00000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.188022 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.71 
 
 		 520 aa  82  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  30.93 
 
 		 400 aa  82.4  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  23.06 
 
 		 443 aa  81.6  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  21.76 
 
 		 633 aa  80.9  0.00000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.91 
 
 		 400 aa  79.7  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.46 
 
 		 406 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  22.74 
 
 		 392 aa  80.1  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  26.07 
 
 		 447 aa  79  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  23 
 
 		 429 aa  78.6  0.0000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  22.83 
 
 		 589 aa  77.8  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  26.92 
 
 		 441 aa  77  0.0000000000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  23.12 
 
 		 557 aa  76.6  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_011882  Cyan7425_5291  hypothetical protein  31.35 
 
 		 555 aa  76.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.673527  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  26.09 
 
 		 611 aa  74.7  0.000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  23.66 
 
 		 444 aa  72.4  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0901  restriction endonuclease S subunit  25.77 
 
 		 363 aa  72  0.00000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000124976  hitchhiker  0.000000573897 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  26.42 
 
 		 405 aa  72  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  25.71 
 
 		 561 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2743  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  25.27 
 
 		 175 aa  69.3  0.0000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.441032  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  22.09 
 
 		 439 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  26.21 
 
 		 578 aa  68.2  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3599  hypothetical protein  31.54 
 
 		 482 aa  67.8  0.0000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3537  putative type I restriction-modification system, S subunit  26.98 
 
 		 419 aa  66.2  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  25 
 
 		 451 aa  65.9  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  22.84 
 
 		 575 aa  65.5  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  23.84 
 
 		 616 aa  65.5  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.96 
 
 		 456 aa  65.1  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  23.19 
 
 		 442 aa  65.1  0.000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.6 
 
 		 388 aa  65.1  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.42 
 
 		 237 aa  65.1  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2467  restriction modification system DNA specificity domain  32.85 
 
 		 438 aa  64.7  0.000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  25.93 
 
 		 585 aa  64.7  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  23.71 
 
 		 456 aa  64.7  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  24.52 
 
 		 400 aa  64.3  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  29.88 
 
 		 571 aa  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  33.61 
 
 		 577 aa  63.5  0.000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  28.86 
 
 		 402 aa  62.8  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4472  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.88 
 
 		 428 aa  62  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  26.47 
 
 		 584 aa  62  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  29.45 
 
 		 547 aa  62.4  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  25.55 
 
 		 451 aa  61.6  0.00000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.86 
 
 		 565 aa  61.6  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.76 
 
 		 384 aa  60.5  0.00000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  22.62 
 
 		 597 aa  60.5  0.00000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  21.66 
 
 		 461 aa  59.7  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.31 
 
 		 442 aa  59.7  0.0000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  20.28 
 
 		 464 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4742  type I restriction-modification system, S subunit  24.1 
 
 		 576 aa  59.3  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266617  hitchhiker  0.00441093 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  23.53 
 
 		 429 aa  58.2  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  28.42 
 
 		 402 aa  57.8  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  21.26 
 
 		 424 aa  57  0.0000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02076  hypothetical protein  32.41 
 
 		 292 aa  56.2  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  21.24 
 
 		 447 aa  56.6  0.000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  30.66 
 
 		 453 aa  55.1  0.000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.64 
 
 		 427 aa  55.1  0.000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  22.47 
 
 		 397 aa  55.1  0.000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.05 
 
 		 572 aa  54.7  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>