292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0003 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0003  recombination protein F  100 
 
 
379 aa  746  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0714428  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0003  recombination protein F  85.68 
 
 
385 aa  649  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0004  recombination protein F  81.79 
 
 
378 aa  609  1e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0003  recombination protein F  81.53 
 
 
378 aa  606  1e-172  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.552608  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0003  recombination protein F  81.91 
 
 
379 aa  603  1e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0004  recombination protein F  78.63 
 
 
378 aa  593  1e-168  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.914523  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0003  recombination protein F  79.68 
 
 
379 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0003  DNA replication and repair protein RecF  55.35 
 
 
382 aa  365  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  0.393317 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3222  DNA replication and repair protein RecF  54.81 
 
 
398 aa  364  1e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000505165 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0003  DNA replication and repair protein RecF  55.2 
 
 
382 aa  363  2e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241044  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0003  recombination protein F  58.47 
 
 
378 aa  363  2e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  hitchhiker  8.74576e-07 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2240  DNA replication and repair protein RecF  56.37 
 
 
384 aa  362  8e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123005  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0004  DNA replication and repair protein RecF  55.23 
 
 
385 aa  358  6e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.350342  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0004  DNA replication and repair protein RecF  54.84 
 
 
385 aa  354  2e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.615543  normal  0.382944 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0003  recombination protein F  52.16 
 
 
391 aa  354  2e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.671854  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0003  DNA replication and repair protein RecF  54.84 
 
 
384 aa  352  4e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.64703  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4092  recombination protein F  48.66 
 
 
374 aa  328  7e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0311  recombination protein F  49.6 
 
 
374 aa  324  1e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.406883  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4412  recombination protein F  48.39 
 
 
374 aa  324  2e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.92335  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0003  recombination protein F  51.48 
 
 
384 aa  320  2e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0003  recombination protein F  50.94 
 
 
384 aa  316  5e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0080717  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0005  recombination protein F  50.4 
 
 
387 aa  315  1e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0005  DNA replication and repair protein RecF  52.42 
 
 
412 aa  314  2e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0464034  hitchhiker  1.05963e-21 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3395  recombination protein F  48.25 
 
 
409 aa  296  6e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714394  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3146  DNA replication and repair protein RecF  49.6 
 
 
403 aa  294  2e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.522741  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1277  recombination protein F  46.28 
 
 
378 aa  292  7e-78  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.19843e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0003  recombination protein F  43.56 
 
 
375 aa  265  1e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0003  recombination protein F  45.38 
 
 
375 aa  260  2e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2800  recombination protein F  47.44 
 
 
356 aa  261  2e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.127366 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0004  recombination protein F  44.93 
 
 
363 aa  251  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  hitchhiker  3.68793e-06 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0013  recombination protein F  45.21 
 
 
363 aa  251  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1344  recombination protein F  44.93 
 
 
368 aa  249  7e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1153  recombination protein F  49.06 
 
 
357 aa  248  2e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.409843  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3375  recombination protein F  41.6 
 
 
361 aa  244  3e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0003  recombination protein F  41.05 
 
 
357 aa  233  6e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0791811  normal  0.40226 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0003  DNA replication and repair protein RecF  43.97 
 
 
384 aa  226  6e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000323741  normal  0.930359 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2835  recombination protein F  42.45 
 
 
358 aa  224  3e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0158  recombination protein F  43.7 
 
 
392 aa  222  9e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.43131  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0003  recombination protein F  44.72 
 
 
373 aa  210  3e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1707  recombination protein F  44.77 
 
 
369 aa  206  4e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.812314  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0582  recombination protein F  43.65 
 
 
379 aa  197  2e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.829059  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0045  recombination protein F  31.25 
 
 
372 aa  191  1e-47  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.498392  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0076  recombination protein F  30.6 
 
 
372 aa  188  2e-46  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1286  recombination protein F  27.12 
 
 
365 aa  167  4e-40  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0199  putative DNA replication and repair protein RecF  30.46 
 
 
349 aa  133  4e-30  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00154503  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.13 
 
 
372 aa  124  3e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  26.25 
 
 
374 aa  122  1e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  27.35 
 
 
370 aa  120  4e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0003  recombination protein F  28.91 
 
 
360 aa  119  7e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.029356  unclonable  2.00533e-11 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0011  recombination protein F  28.91 
 
 
360 aa  119  9e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00668622  hitchhiker  1.41072e-09 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0003  recombination protein F  28.91 
 
 
360 aa  118  2e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.316978  hitchhiker  0.00705664 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  24.8 
 
 
366 aa  117  3e-25  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0003  recombination protein F  29.02 
 
 
360 aa  117  4e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0851424  hitchhiker  1.17147e-09 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  24.73 
 
 
369 aa  115  1e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0003  recombination protein F  29.02 
 
 
360 aa  115  1e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0977543  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0003  recombination protein F  28.8 
 
 
360 aa  115  1e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  hitchhiker  0.0042678 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0003  recombination protein F  28.8 
 
 
360 aa  115  1e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.133569  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002007  DNA recombination and repair protein RecF  27.15 
 
 
359 aa  114  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0003677  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0003  recombination protein F  28.5 
 
 
360 aa  114  3e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00706398  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0003  DNA replication and repair protein RecF  27.06 
 
 
357 aa  114  4e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  1.67718e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0003  DNA replication and repair protein  27.06 
 
 
357 aa  114  4e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0109066  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.03 
 
 
377 aa  113  5e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  24.23 
 
 
376 aa  113  6e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0010  recombination protein F  27.86 
 
 
360 aa  112  9e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  23.98 
 
 
386 aa  111  2e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0003  recombination protein F  27.15 
 
 
360 aa  110  4e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0384357  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  25.45 
 
 
374 aa  110  4e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  21.45 
 
 
362 aa  110  5e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  1.15018e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0003  recombination protein F  26.58 
 
 
365 aa  110  5e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00186248  hitchhiker  1.80359e-07 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  24.8 
 
 
369 aa  110  5e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00444  recombination protein F  26.63 
 
 
357 aa  109  6e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  26.4 
 
 
368 aa  110  6e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0015  recombination protein F  28.01 
 
 
360 aa  109  7e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00214178  hitchhiker  0.000779425 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0008  recombination protein F  27.32 
 
 
360 aa  108  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0621721  hitchhiker  2.74736e-09 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.65 
 
 
373 aa  107  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.346024  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0003  RecF protein  26.8 
 
 
367 aa  107  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312936  normal  0.12892 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0003  recombination protein F  26.68 
 
 
360 aa  106  5e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0130388  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  26.06 
 
 
365 aa  106  6e-22  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  28.57 
 
 
392 aa  106  6e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0011  recombination protein F  26.68 
 
 
359 aa  104  3e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.10983  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0003  recombination protein F  26.11 
 
 
360 aa  103  5e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0188151  hitchhiker  5.23089e-05 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5508  DNA replication and repair protein RecF  24.8 
 
 
368 aa  102  9e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.85 
 
 
372 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0498  hypothetical protein  24.87 
 
 
370 aa  102  1e-20  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  24.93 
 
 
371 aa  102  1e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  24.36 
 
 
370 aa  101  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.01 
 
 
359 aa  101  2e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00348761  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5456  DNA replication and repair protein RecF  25.58 
 
 
360 aa  101  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2505  recombination protein F  26.7 
 
 
363 aa  101  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0488541  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  24.36 
 
 
370 aa  101  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  28.04 
 
 
398 aa  100  3e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1225  DNA replication and repair protein RecF  29.95 
 
 
349 aa  101  3e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.193168  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0138  recombination protein F  25.07 
 
 
358 aa  100  3e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  28.53 
 
 
370 aa  100  3e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  3.69508e-07  hitchhiker  1.45417e-07 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  26.04 
 
 
374 aa  100  4e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0003  recombination protein F  28.35 
 
 
367 aa  100  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.41 
 
 
378 aa  100  5e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.08 
 
 
372 aa  99.8  7e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.53 
 
 
360 aa  99.4  8e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0004  DNA replication and repair protein RecF  23.77 
 
 
353 aa  99.4  1e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000383314  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>