288 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_2842 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_2842  squalene/phytoene synthase  100 
 
 		 338 aa  655    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.665287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3012  squalene/phytoene synthase  66.17 
 
 		 353 aa  384  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.352634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3237  Squalene/phytoene synthase  65.88 
 
 		 352 aa  379  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3735  squalene/phytoene synthase  63.31 
 
 		 351 aa  377  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0802479 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3201  Squalene/phytoene synthase  65.88 
 
 		 357 aa  372  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0494  phytoene synthase  55.32 
 
 		 342 aa  319  3.9999999999999996e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1700  Squalene/phytoene synthase  50 
 
 		 355 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.898001  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3765  squalene/phytoene synthase  49.4 
 
 		 349 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.142197  hitchhiker  0.00585073 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1262  squalene/phytoene synthase  51.03 
 
 		 348 aa  301  8.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.238367  normal  0.0709995 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4010  squalene/phytoene synthase  50 
 
 		 349 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.450209  hitchhiker  0.005496 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3509  phytoene synthase  58.45 
 
 		 361 aa  296  3e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1618  squalene/phytoene synthase  50.61 
 
 		 364 aa  282  6.000000000000001e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1025  squalene/phytoene synthase  51.59 
 
 		 354 aa  278  7e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6444  phytoene synthase  49.85 
 
 		 346 aa  277  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.974636 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0270  phytoene synthase  52.06 
 
 		 355 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1913  squalene/phytoene synthase  52.06 
 
 		 355 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.565057 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0142  phytoene synthase  51.69 
 
 		 337 aa  270  2.9999999999999997e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3578  squalene/phytoene synthase  46.55 
 
 		 311 aa  182  1e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0270096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2212  Phytoene synthase  41.2 
 
 		 333 aa  162  5.0000000000000005e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.306787  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1711  squalene/phytoene synthase  44.98 
 
 		 309 aa  160  4e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.172476  normal  0.208804 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0523  squalene/phytoene synthase  41.73 
 
 		 298 aa  156  5.0000000000000005e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.182071  normal  0.774917 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2069  Squalene/phytoene synthase  41.83 
 
 		 355 aa  155  1e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.910011 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1814  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  39.42 
 
 		 323 aa  152  7e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1738  squalene/phytoene synthase  31.6 
 
 		 310 aa  147  3e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.214205  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1601  Squalene/phytoene synthase  37.27 
 
 		 575 aa  144  3e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0484297  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3132  squalene/phytoene synthase  39.53 
 
 		 327 aa  142  6e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2476  Squalene/phytoene synthase  34.81 
 
 		 321 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2117  squalene/phytoene synthase  39.78 
 
 		 337 aa  141  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1524  putative terpenoid synthase  35.21 
 
 		 293 aa  140  3e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0969  Squalene/phytoene synthase  30.48 
 
 		 311 aa  140  3e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.641353 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1752  squalene/phytoene synthase  40.45 
 
 		 337 aa  138  1e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1507  Squalene/phytoene synthase  31.85 
 
 		 309 aa  137  4e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.100446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1356  phytoene desaturase  31.99 
 
 		 311 aa  135  9.999999999999999e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1585  Squalene/phytoene synthase  30.86 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2158  squalene synthase HpnD  34.98 
 
 		 277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0844  phytoene synthase  35.02 
 
 		 313 aa  133  5e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4189  Squalene/phytoene synthase  33.92 
 
 		 312 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.604456  normal  0.235652 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2017  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  34.59 
 
 		 280 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2699  Phytoene synthase  34.59 
 
 		 316 aa  129  5.0000000000000004e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3904  Phytoene synthase  35.58 
 
 		 326 aa  129  1.0000000000000001e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1512  squalene synthase HpnD  36.2 
 
 		 285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.575071  normal  0.0112347 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1202  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  33.46 
 
 		 279 aa  127  3e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0346934  normal  0.446286 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0070  squalene/phytoene synthase  35.82 
 
 		 280 aa  127  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00181146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2703  squalene/phytoene synthase  33.97 
 
 		 324 aa  127  4.0000000000000003e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80466  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2343  squalene/phytoene synthase  34.08 
 
 		 280 aa  126  5e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.149671  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1732  Squalene/phytoene synthase  28.25 
 
 		 310 aa  126  6e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.956731  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1004  Phytoene synthase  34.34 
 
 		 318 aa  125  8.000000000000001e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.372404  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1746  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  33.33 
 
 		 316 aa  125  9e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1984  phytoene synthase  32.84 
 
 		 308 aa  125  1e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.735846  normal  0.234628 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4080  squalene/phytoene synthase  37.27 
 
 		 310 aa  125  1e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.243563 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1175  phytoene desaturase  29.63 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.111689  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1121  squalene synthase HpnD  33.08 
 
 		 279 aa  124  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148736  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1469  squalene/phytoene synthase  35 
 
 		 278 aa  124  3e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.093499 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5424  squalene synthase HpnD  38.63 
 
 		 283 aa  123  5e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.766675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1697  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  36.73 
 
 		 281 aa  123  5e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.242152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2964  squalene/phytoene synthase  33.08 
 
 		 293 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00159614  decreased coverage  0.000921441 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2706  squalene/phytoene synthase  32.08 
 
 		 277 aa  120  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000109995  hitchhiker  0.00000842168 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2505  squalene synthase HpnD  32.32 
 
 		 279 aa  120  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.522879  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02163  phytoene synthase  33.33 
 
 		 304 aa  120  4.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4010  phytoene synthase  31.75 
 
 		 325 aa  119  7e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1486  Phytoene synthase  34.42 
 
 		 280 aa  119  7.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000477032 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2874  phytoene synthase  31 
 
 		 310 aa  119  7.999999999999999e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.109595  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1833  squalene synthase HpnD  37 
 
 		 283 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2267  Squalene/phytoene synthase  34.57 
 
 		 292 aa  119  9.999999999999999e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7144  squalene synthase HpnD  39.34 
 
 		 283 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0469  Squalene/phytoene synthase  36.43 
 
 		 294 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0937  Squalene/phytoene synthase  37.74 
 
 		 331 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0100379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3241  squalene synthase HpnD  36.19 
 
 		 294 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154532 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0309  Phytoene synthase  32.12 
 
 		 310 aa  115  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.334071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0309  Squalene/phytoene synthase  32.12 
 
 		 310 aa  115  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3405  squalene synthase HpnC  35.41 
 
 		 310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151553  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0378  Phytoene synthase  34.96 
 
 		 277 aa  115  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.883354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2819  Phytoene synthase  34.98 
 
 		 335 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1158  Squalene/phytoene synthase  31.73 
 
 		 310 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2549  squalene synthase HpnD  33.96 
 
 		 278 aa  114  3e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00412385 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1718  squalene/phytoene synthase  31.82 
 
 		 279 aa  113  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150887  normal  0.105129 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4794  phytoene synthase  31 
 
 		 310 aa  112  7.000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000000235829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2967  putative phytoene synthase  31.32 
 
 		 279 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0064  squalene-phytoene synthase  36.86 
 
 		 687 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2501  Phytoene synthase  34.43 
 
 		 293 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000012826  normal  0.0149177 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4149  phytoene synthase  34.08 
 
 		 282 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.165993  normal  0.461254 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3572  Phytoene synthase  33.68 
 
 		 325 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.873206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2271  squalene/phytoene synthase  30.86 
 
 		 278 aa  110  3e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.3606  normal  0.152656 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0306  squalene/phytoene synthase  30.3 
 
 		 288 aa  110  4.0000000000000004e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3828  Phytoene synthase  34.69 
 
 		 299 aa  109  5e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.597595  normal  0.0686301 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1827  squalene synthase HpnD  35.21 
 
 		 298 aa  110  5e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1456  farnesyl-diphosphate farnesyltransferase  34.47 
 
 		 286 aa  110  5e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2572  squalene synthase HpnD  34.47 
 
 		 281 aa  109  6e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0455716 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0276  Squalene/phytoene synthase  34.29 
 
 		 321 aa  109  7.000000000000001e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.54913  normal  0.0299312 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2218  squalene synthase HpnD  39.9 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.674273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1549  squalene/phytoene synthase  33.96 
 
 		 279 aa  108  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26641  squalene and phytoene synthase  32.72 
 
 		 313 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1942  squalene synthase HpnD  39.9 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.802248 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2361  phytoene synthase, putative  33.46 
 
 		 397 aa  108  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4263  squalene synthase HpnD  31.15 
 
 		 279 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2394  phytoene synthase  31.29 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3575  squalene/phytoene synthase  32.69 
 
 		 279 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0912672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01581  squalene and phytoene synthase  30.43 
 
 		 313 aa  107  3e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1509  squalene and phytoene synthase  30.19 
 
 		 312 aa  106  4e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3811  Squalene/phytoene synthase  32.46 
 
 		 310 aa  107  4e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>