122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2398 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_2398  Cholesterol oxidase  100 
 
 		 538 aa  1070    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0159697  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2399  Cholesterol oxidase  68.28 
 
 		 513 aa  690    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.220854  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2611  cholesterol oxidase  45.18 
 
 		 543 aa  427  1e-118  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2810  cholesterol oxidase  45.78 
 
 		 543 aa  403  1e-111  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131697 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3901  cholesterol oxidase  37.94 
 
 		 541 aa  304  3.0000000000000004e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0511249 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3356  cholesterol oxidase  37.53 
 
 		 544 aa  278  2e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4774  Cholesterol oxidase  35.52 
 
 		 530 aa  273  4.0000000000000004e-72  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.57937  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0826  cholesterol oxidase  34.43 
 
 		 502 aa  263  4e-69  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.492238  unclonable  0.0000140216 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0069  cholesterol oxidase  33.52 
 
 		 534 aa  255  1.0000000000000001e-66  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3535  Cholesterol oxidase  34.98 
 
 		 533 aa  250  5e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5961  Cholesterol oxidase  32.44 
 
 		 546 aa  234  2.0000000000000002e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30650  choline dehydrogenase-like flavoprotein  37.1 
 
 		 534 aa  232  2e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.104777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4246  Cholesterol oxidase  32.67 
 
 		 547 aa  231  3e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.191663 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2425  Cholesterol oxidase  35.42 
 
 		 543 aa  229  1e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.939121  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3076  FAD dependent oxidoreductase  29.89 
 
 		 540 aa  137  5e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00183108  normal  0.66494 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3274  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.05 
 
 		 543 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0584608  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3180  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.88 
 
 		 543 aa  132  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.550088  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3081  FAD dependent oxidoreductase  30.87 
 
 		 547 aa  131  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.590232  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3191  cholesterol oxidase  34.85 
 
 		 533 aa  119  1.9999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000455037 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2022  putative cholesterol oxidase  28.13 
 
 		 552 aa  114  6e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1045  GMC oxidoreductase  28.13 
 
 		 653 aa  114  6e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.640476  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1417  GMC oxidoreductase family protein  28.13 
 
 		 632 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3075  GMC oxidoreductase  28.13 
 
 		 632 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1332  putative cholesterol oxidase  28.13 
 
 		 632 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2312  GMC oxidoreductase  28.13 
 
 		 632 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.943263  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3202  GMC oxidoreductase  28.13 
 
 		 632 aa  113  9e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2309  iron-sulfur cluster-binding domain-containing protein  27.89 
 
 		 696 aa  108  3e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5219  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.56 
 
 		 1150 aa  106  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000490282  unclonable  0.0000721023 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5037  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.92 
 
 		 572 aa  105  1e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.565725 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1255  FAD dependent oxidoreductase  32.07 
 
 		 889 aa  105  3e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0361  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.46 
 
 		 556 aa  103  7e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.252753 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.59 
 
 		 786 aa  103  7e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521503  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13500  choline dehydrogenase-like flavoprotein  34.64 
 
 		 569 aa  102  1e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3364  hypothetical protein  26.71 
 
 		 738 aa  99.8  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.451115  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4224  FAD dependent oxidoreductase  33.98 
 
 		 564 aa  98.2  3e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.174352 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4226  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.12 
 
 		 546 aa  97.4  5e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.130746  normal  0.16895 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0121  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.13 
 
 		 623 aa  94  6e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.412208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2332  putative cholesterol oxidase  32.93 
 
 		 622 aa  92.4  2e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3834  FAD dependent oxidoreductase  32.79 
 
 		 563 aa  92.4  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.551048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4446  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.39 
 
 		 583 aa  90.1  8e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0318  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.06 
 
 		 537 aa  90.1  9e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1170  FAD dependent oxidoreductase  31.11 
 
 		 591 aa  89  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1187  FAD dependent oxidoreductase  31.11 
 
 		 591 aa  89  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1197  FAD dependent oxidoreductase  31.11 
 
 		 591 aa  89  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.030101 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3746  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.94 
 
 		 557 aa  89.4  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1514  FAD dependent oxidoreductase  30.68 
 
 		 578 aa  86.3  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.384114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4906  FAD dependent oxidoreductase  29.71 
 
 		 578 aa  84.7  0.000000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.238026  normal  0.475167 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.45 
 
 		 582 aa  83.6  0.000000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.38855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.97 
 
 		 570 aa  81.3  0.00000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05823  hypothetical protein  27.83 
 
 		 1150 aa  79.7  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.483181 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2922  FAD dependent oxidoreductase  29.64 
 
 		 577 aa  78.2  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000517221  hitchhiker  0.0000805295 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1204  FAD dependent oxidoreductase  28.49 
 
 		 581 aa  78.6  0.0000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0651029  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2031  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.13 
 
 		 593 aa  77.8  0.0000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.394863  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.73 
 
 		 526 aa  78.2  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0464  FAD dependent oxidoreductase  28.44 
 
 		 657 aa  77.8  0.0000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.558205  normal  0.214983 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13443  cholesterol oxidase precursor choD  31.01 
 
 		 578 aa  74.7  0.000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0394432  normal  0.107199 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1176  hypothetical protein  32.08 
 
 		 563 aa  73.6  0.000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3546  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  30.25 
 
 		 567 aa  73.6  0.000000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0166931 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.82 
 
 		 511 aa  72  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6992  Choline dehydrogenase and related flavoprotein- like protein  28.99 
 
 		 551 aa  71.6  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175561  normal  0.0479417 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1816  hypothetical protein  28.65 
 
 		 1152 aa  70.9  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.649165 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4248  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.49 
 
 		 586 aa  69.7  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2199  FAD dependent oxidoreductase  29.84 
 
 		 567 aa  68.9  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3613  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.59 
 
 		 565 aa  68.6  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.15 
 
 		 552 aa  68.6  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0546  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.7 
 
 		 535 aa  66.6  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0457672  hitchhiker  0.00344637 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4475  GMC oxidoreductase  27.07 
 
 		 554 aa  65.9  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00299763 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5113  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.73 
 
 		 1132 aa  65.5  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.302627  hitchhiker  0.00736765 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1728  FAD dependent oxidoreductase  26.77 
 
 		 587 aa  63.9  0.000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.916893  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1854  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.04 
 
 		 534 aa  62.8  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.138166  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04760  choline dehydrogenase-like flavoprotein  28.42 
 
 		 562 aa  62.8  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.633158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.8 
 
 		 527 aa  62  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4847  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.33 
 
 		 1152 aa  62  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000971365  normal  0.0494922 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0908  FAD dependent oxidoreductase  26.97 
 
 		 577 aa  61.6  0.00000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.294321  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  26.5 
 
 		 528 aa  60.1  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5122  GMC family oxidoreductase  24.13 
 
 		 532 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6532  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.16 
 
 		 562 aa  59.3  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.243842  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.38 
 
 		 563 aa  56.6  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0628  FAD dependent oxidoreductase  30.16 
 
 		 556 aa  56.2  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.44 
 
 		 501 aa  56.2  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.59 
 
 		 570 aa  55.5  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.59 
 
 		 532 aa  53.9  0.000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_05037  conserved hypothetical protein  24.62 
 
 		 1146 aa  53.5  0.000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0214915 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.6 
 
 		 573 aa  53.5  0.000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6104  dehydrogenase  23.97 
 
 		 521 aa  53.5  0.000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0343  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.18 
 
 		 532 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10500  oxidoreductase  31.08 
 
 		 629 aa  52  0.00003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.63635e-27  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  24.53 
 
 		 549 aa  50.8  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.29 
 
 		 566 aa  50.8  0.00007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.37 
 
 		 570 aa  50.1  0.00009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.58 
 
 		 556 aa  50.1  0.00009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5172  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.52 
 
 		 532 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3766  amine oxidase  50.85 
 
 		 511 aa  48.1  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.918224  hitchhiker  0.0064797 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4011  amine oxidase  44.62 
 
 		 511 aa  47.4  0.0006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.984835  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1486  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.81 
 
 		 512 aa  47.4  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0109467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3734  phytoene desaturase  50.77 
 
 		 508 aa  47  0.0008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.964384  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3200  phytoene desaturase  50.77 
 
 		 508 aa  47  0.0008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.177165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  23.33 
 
 		 558 aa  47  0.0008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1261  amine oxidase  53.06 
 
 		 511 aa  47  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0418037 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  24.82 
 
 		 528 aa  46.6  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>