More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3859 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3859  HpcH/HpaI aldolase  100 
 
 		 306 aa  624  1e-178  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3944  Citrate (pro-3S)-lyase  98.69 
 
 		 306 aa  616  1e-175  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000538772 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1085  Citryl-CoA lyase  78.43 
 
 		 306 aa  508  1e-143  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1164  citrate lyase, beta subunit  45.55 
 
 		 296 aa  276  3e-73  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.421072  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04680  Citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  44.29 
 
 		 294 aa  261  1e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3373  citrate lyase, beta subunit  47.22 
 
 		 291 aa  256  3e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.488048 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2218  citrate lyase, beta subunit  46.88 
 
 		 291 aa  251  9.000000000000001e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2320  citrate lyase, beta subunit  46.53 
 
 		 301 aa  250  2e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0422  citrate lyase beta subunit  46.58 
 
 		 304 aa  250  2e-65  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2408  citrate lyase, beta subunit  45.49 
 
 		 290 aa  249  4e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0539054  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0340  Citrate (pro-3S)-lyase  48.2 
 
 		 292 aa  249  4e-65  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2027  citrate lyase, beta subunit  46.88 
 
 		 291 aa  248  6e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0023  Citrate (pro-3S)-lyase  48.2 
 
 		 292 aa  248  7e-65  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1754  citrate lyase, beta subunit  46.53 
 
 		 291 aa  248  1e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.42542  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3169  citrate lyase, beta subunit  43.6 
 
 		 306 aa  241  9e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.386507  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1632  citrate lyase, beta subunit  41.87 
 
 		 289 aa  233  3e-60  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0325  citrate lyase, beta subunit  45.58 
 
 		 291 aa  232  6e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0781  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  44.1 
 
 		 302 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.44905  normal  0.283656 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0735  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  44.1 
 
 		 302 aa  231  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0662  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  44.1 
 
 		 302 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0676  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  44.1 
 
 		 302 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0722  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  44.1 
 
 		 302 aa  229  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0065  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  45.16 
 
 		 289 aa  228  9e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.349601 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0067  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  45.16 
 
 		 289 aa  228  9e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0066  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  45.16 
 
 		 289 aa  228  9e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0065  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  45.16 
 
 		 289 aa  228  9e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00584  citrate lyase, citryl-ACP lyase (beta) subunit  43.06 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3009  citrate lyase, beta subunit  43.06 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0667  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  43.06 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0530  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  43.06 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00573  hypothetical protein  43.06 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0704  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  43.06 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0635  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  43.06 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3028  citrate lyase, beta subunit  43.06 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0638  citrate (pro-3S)-lyase, beta subunit  43.06 
 
 		 302 aa  227  2e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.331094  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1370  Citrate (pro-3S)-lyase  42.91 
 
 		 293 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0064  citrate (pro-3S)-lyase subunit beta  44.44 
 
 		 289 aa  224  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2963  citrate lyase acyl carrier protein  41.87 
 
 		 406 aa  222  7e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.265448  normal  0.540248 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0969  Citrate (pro-3S)-lyase  41.34 
 
 		 282 aa  194  2e-48  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1621  Citryl-CoA lyase  33.21 
 
 		 284 aa  171  2e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4207  Citryl-CoA lyase  39.48 
 
 		 234 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000486411  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5039  Citryl-CoA lyase  36.62 
 
 		 282 aa  162  6e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5195  Citrate (pro-3S)-lyase  34.42 
 
 		 315 aa  160  2e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.152568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7119  HpcH/HpaI aldolase  32.91 
 
 		 324 aa  160  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574186  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0213  HpcH/HpaI aldolase  33 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.209563 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0268  Citryl-CoA lyase  35.81 
 
 		 292 aa  159  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283754  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3115  Citrate (pro-3S)-lyase  36.88 
 
 		 276 aa  159  5e-38  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3663  Citryl-CoA lyase  33.23 
 
 		 323 aa  159  7e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.144396  normal  0.0822593 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1754  Citrate (pro-3S)-lyase  33.12 
 
 		 324 aa  158  9e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2166  citrate lyase  35.2 
 
 		 338 aa  158  1e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2138  Citrate (pro-3S)-lyase  33.12 
 
 		 324 aa  157  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.845302  normal  0.238612 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6559  citrate (pro-3S)-lyase  32.48 
 
 		 323 aa  156  3e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527752  normal  0.02273 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1802  citrate (pro-3S)-lyase  33.12 
 
 		 324 aa  157  3e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.23047 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2830  Citryl-CoA lyase  38.67 
 
 		 304 aa  156  4e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3254  Citryl-CoA lyase  33.77 
 
 		 327 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0663527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0400  citrate lyase  35.97 
 
 		 298 aa  155  8e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.726359  normal  0.0212977 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0606  Citryl-CoA lyase  36.24 
 
 		 282 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5924  citrate (pro-3S)-lyase  33.33 
 
 		 325 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4030  citrate (pro-3S)-lyase  33.98 
 
 		 316 aa  151  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.707323 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1012  HpcH/HpaI aldolase  34.02 
 
 		 291 aa  151  1e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3004  citrate (pro-3S)-lyase  34.54 
 
 		 312 aa  149  4e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.394153  normal  0.725704 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1154  Citrate (pro-3S)-lyase  35.96 
 
 		 288 aa  149  5e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0217  citrate lyase  33.77 
 
 		 325 aa  149  6e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.342299  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ01440  conserved hypothetical protein  34.25 
 
 		 330 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3086  Citryl-CoA lyase  31.79 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000118565  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0381  Citryl-CoA lyase  34.29 
 
 		 271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2874  putative citrate lyase subunit beta  34.15 
 
 		 295 aa  147  3e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1777  Citrate (pro-3S)-lyase  33 
 
 		 312 aa  147  3e-34  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0232  Citryl-CoA lyase  32.84 
 
 		 292 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1192  Citrate (pro-3S)-lyase  33.89 
 
 		 313 aa  146  5e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.151099  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4534  Citryl-CoA lyase  33.44 
 
 		 321 aa  145  9e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.668521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0233  Citryl-CoA lyase  31.73 
 
 		 292 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.020258 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1719  Citrate (pro-3S)-lyase  31.31 
 
 		 325 aa  144  1e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.412951 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2212  Citrate (pro-3S)-lyase  33.1 
 
 		 269 aa  144  2e-33  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.976505  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5220  Citryl-CoA lyase  33.45 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0723  Citryl-CoA lyase  33.55 
 
 		 318 aa  143  3e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0655305 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8404  Citrate (pro-3S)-lyase  33.57 
 
 		 313 aa  143  4e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.927075 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0805  Citrate (pro-3S)-lyase  33.55 
 
 		 319 aa  143  4e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2561  citrate (pro-3S)-lyase  34.48 
 
 		 331 aa  142  6e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.180481  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0366  Citryl-CoA lyase  36.46 
 
 		 286 aa  142  8e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.305277  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0669  Citryl-CoA lyase  32.57 
 
 		 318 aa  141  9.999999999999999e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1535  Citryl-CoA lyase  36.36 
 
 		 283 aa  141  9.999999999999999e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2147  citrate (pro-3S)-lyase  31.64 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.760774  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2424  Citryl-CoA lyase  31.64 
 
 		 296 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0127774 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1137  Citrate (pro-3S)-lyase  32.37 
 
 		 317 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2209  Citryl-CoA lyase  33.88 
 
 		 318 aa  139  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.759332  normal  0.498106 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0544  citrate (pro-3S)-lyase  34.43 
 
 		 297 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.368833 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1739  citrate lyase, beta subunit, putative  32.14 
 
 		 320 aa  139  6e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000771015  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7769  Citrate (pro-3S)-lyase  30.36 
 
 		 321 aa  139  7.999999999999999e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5949  HpcH/HpaI aldolase  32.73 
 
 		 294 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0293  HpcH/HpaI aldolase  37.54 
 
 		 291 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0333809  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6909  citrate (pro-3S)-lyase  34.45 
 
 		 316 aa  138  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2107  Citryl-CoA lyase  32 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.549232 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00480  citrate lyase beta subunit  32.51 
 
 		 286 aa  138  1e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.842445  normal  0.42007 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0560  putative HpcH/HpaI aldolase  34.48 
 
 		 277 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00111477  normal  0.30107 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2289  HpcH/HpaI aldolase  31.72 
 
 		 293 aa  136  4e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.970752 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4394  Citryl-CoA lyase  31.71 
 
 		 292 aa  136  4e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2324  Citrate (pro-3S)-lyase  41.21 
 
 		 347 aa  135  6.0000000000000005e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2490  citrate lyase  33.44 
 
 		 310 aa  135  6.0000000000000005e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3898  Citrate (pro-3S)-lyase  34.02 
 
 		 290 aa  135  7.000000000000001e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.107361  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>