More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_1669 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_1669  preprotein translocase subunit SecD  100 
 
 
413 aa  824  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  2.93049e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1123  preprotein translocase subunit SecD  60.51 
 
 
416 aa  497  1e-139  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  3.01062e-07  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1272  preprotein translocase subunit SecD  58.15 
 
 
411 aa  486  1e-136  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1356  preprotein translocase subunit SecD  53.79 
 
 
410 aa  457  1e-127  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.066873  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1425  preprotein translocase subunit SecD  52.87 
 
 
403 aa  421  1e-116  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  2.90493e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3618  protein-export membrane protein SecD  49.76 
 
 
735 aa  381  1e-104  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.14723e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1691  protein-export membrane protein SecD  50.13 
 
 
461 aa  380  1e-104  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0199339  normal  0.405053 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1604  protein-export membrane protein SecD  46.7 
 
 
399 aa  350  3e-95  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0444022  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12260  protein-export membrane protein SecD  47.63 
 
 
403 aa  343  4e-93  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  7.64404e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2738  protein-export membrane protein SecD  46.17 
 
 
406 aa  342  1e-92  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0625  preprotein translocase subunit SecD  45.6 
 
 
415 aa  327  2e-88  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  4.18015e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1462  preprotein translocase subunit SecD  44.58 
 
 
411 aa  320  2e-86  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  5.72302e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1908  preprotein translocase subunit SecD  46.13 
 
 
419 aa  314  2e-84  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.154062  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2197  preprotein translocase subunit SecD  46.13 
 
 
419 aa  314  2e-84  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5077  preprotein translocase subunit SecD  41.52 
 
 
461 aa  311  1e-83  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0142  preprotein translocase subunit SecD  41.49 
 
 
464 aa  311  2e-83  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1285  protein-export membrane protein SecD  43.35 
 
 
423 aa  310  4e-83  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0952765  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  41.16 
 
 
533 aa  309  6e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  41.81 
 
 
533 aa  307  2e-82  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.56259e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4539  protein-export membrane protein SecD  40.17 
 
 
470 aa  307  2e-82  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.470079  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  41.35 
 
 
533 aa  305  8e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  41.01 
 
 
530 aa  305  1e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  41.33 
 
 
533 aa  300  3e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  40.99 
 
 
525 aa  300  3e-80  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  40.59 
 
 
532 aa  298  8e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  41.89 
 
 
533 aa  296  3e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  40.6 
 
 
533 aa  297  3e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  40.1 
 
 
532 aa  296  4e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  41.94 
 
 
530 aa  295  1e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  43.01 
 
 
524 aa  295  1e-78  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  3.11445e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  42.65 
 
 
533 aa  294  2e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  41.08 
 
 
532 aa  294  2e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  41.44 
 
 
534 aa  293  3e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  41.8 
 
 
594 aa  292  9e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  41.8 
 
 
594 aa  292  9e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.83 
 
 
856 aa  291  1e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  39.9 
 
 
533 aa  291  1e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  41.89 
 
 
531 aa  289  6e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0503  preprotein translocase subunit SecD  41.18 
 
 
534 aa  288  1e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153104  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1028  preprotein translocase subunit SecD  38.99 
 
 
471 aa  288  1e-76  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.016566 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1714  preprotein translocase subunit SecD  39.81 
 
 
537 aa  286  5e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1490  preprotein translocase subunit SecD  39.53 
 
 
474 aa  285  8e-76  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  41.71 
 
 
531 aa  285  1e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0536  protein-export membrane protein SecD  38.76 
 
 
441 aa  283  3e-75  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  2.45038e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2855  protein-export membrane protein SecD  41.93 
 
 
532 aa  282  6e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.20247 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4747  protein-export membrane protein SecD  40.72 
 
 
533 aa  282  7e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.122054  normal  0.0344397 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1471  protein-export membrane protein SecD  39.26 
 
 
740 aa  282  8e-75  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  6.74169e-05 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  41.14 
 
 
533 aa  282  1e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  40.6 
 
 
533 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  40.16 
 
 
530 aa  280  2e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5128  preprotein translocase subunit SecD  42.42 
 
 
464 aa  280  3e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.473691  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2073  preprotein translocase subunit SecD  39.22 
 
 
535 aa  279  7e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.82 
 
 
856 aa  279  8e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1936  protein-export membrane protein SecD  39.37 
 
 
759 aa  278  1e-73  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.609116  hitchhiker  1.07208e-07 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  40.91 
 
 
532 aa  276  4e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2491  protein-export membrane protein SecD  39.54 
 
 
534 aa  276  6e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.743414  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2188  protein-export membrane protein SecD  39.26 
 
 
534 aa  275  1e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521622  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4228  protein-export membrane protein SecD  39.78 
 
 
532 aa  274  2e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.250212  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4598  protein-export membrane protein SecD  39.78 
 
 
532 aa  274  2e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.278601  normal  0.122779 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.97 
 
 
848 aa  273  5e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0904  protein-export membrane protein SecD  39.64 
 
 
445 aa  272  8e-72  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  1.9832e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0563  protein-export membrane protein SecD  36.05 
 
 
473 aa  272  9e-72  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.26 
 
 
849 aa  271  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3212  preprotein translocase subunit SecD  38.58 
 
 
470 aa  269  6e-71  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.718211  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2884  preprotein translocase subunit SecD  38.58 
 
 
470 aa  269  6e-71  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3221  protein-export membrane protein SecD  38.13 
 
 
761 aa  268  1e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.390214  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  38.07 
 
 
535 aa  267  2e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2276  protein-export membrane protein SecD  39.44 
 
 
534 aa  267  3e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  41.11 
 
 
853 aa  267  3e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4644  preprotein translocase subunit SecD  39.08 
 
 
632 aa  266  4e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  39.1 
 
 
532 aa  265  8e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1571  protein-export membrane protein SecD  34.09 
 
 
503 aa  265  1e-69  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0846  preprotein translocase subunit SecD  40.86 
 
 
533 aa  265  1e-69  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000476642  normal  0.132271 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4005  preprotein translocase subunit SecD  39.08 
 
 
632 aa  265  1e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2102  protein-export membrane protein SecD  40.09 
 
 
433 aa  264  3e-69  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.459213  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1453  preprotein translocase subunit SecD  38.98 
 
 
531 aa  263  4e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  39.02 
 
 
556 aa  263  4e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3355  preprotein translocase subunit SecD  38.81 
 
 
632 aa  261  1e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1416  preprotein translocase subunit SecD  37.53 
 
 
554 aa  261  2e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.457453  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3982  protein-export membrane protein SecD  37.9 
 
 
468 aa  260  3e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.728055 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  39.3 
 
 
554 aa  260  4e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  39.3 
 
 
554 aa  260  4e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  39.39 
 
 
554 aa  259  6e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1629  protein-export membrane protein SecD  41.92 
 
 
748 aa  258  1e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.683752  normal  0.475056 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0707  preprotein translocase subunit SecD  39.58 
 
 
521 aa  258  2e-67  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.907979  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4087  preprotein translocase subunit SecD  38.65 
 
 
636 aa  256  5e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.15751  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3280  preprotein translocase subunit SecD  37.6 
 
 
625 aa  256  6e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.527735  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1929  preprotein translocase subunit SecD  39.58 
 
 
526 aa  255  9e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.991559  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0071  preprotein translocase subunit SecD  39.69 
 
 
510 aa  255  1e-66  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0728  preprotein translocase subunit SecD  39.6 
 
 
529 aa  253  4e-66  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.347162  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3409  preprotein translocase subunit SecD  38.71 
 
 
621 aa  252  9e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.768129  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0838  preprotein translocase subunit SecD  39.35 
 
 
640 aa  251  1e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2079  preprotein translocase protein SecD  36.39 
 
 
604 aa  251  2e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  38.2 
 
 
554 aa  251  2e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0313  preprotein translocase subunit SecD  37.58 
 
 
449 aa  250  3e-65  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  1.19854e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1048  preprotein translocase subunit SecD  38.23 
 
 
526 aa  250  3e-65  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_275  protein-export membrane protein, preprotein translocase SecD subunit  37.56 
 
 
449 aa  249  6e-65  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  4.78055e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1769  protein-export membrane protein SecD  38.74 
 
 
512 aa  249  7e-65  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3326  protein-export membrane protein SecD  36.12 
 
 
474 aa  249  7e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  40.6 
 
 
839 aa  248  1e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>