More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_0468 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_0468  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 271 aa  566  1e-160  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000442967  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  50.61 
 
 		 250 aa  231  1e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  50 
 
 		 246 aa  229  3e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  47.56 
 
 		 247 aa  218  8.999999999999998e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  45.31 
 
 		 244 aa  216  4e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  45.7 
 
 		 259 aa  215  7e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  48 
 
 		 250 aa  215  7e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  42.91 
 
 		 248 aa  209  6e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  42.51 
 
 		 248 aa  207  2e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  44.49 
 
 		 261 aa  206  3e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  45.53 
 
 		 245 aa  206  4e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  45.31 
 
 		 244 aa  205  7e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  44.9 
 
 		 244 aa  204  2e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  45.78 
 
 		 246 aa  201  9e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  45.78 
 
 		 246 aa  201  9e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 244 aa  201  9e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  45.12 
 
 		 249 aa  201  9.999999999999999e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 244 aa  200  1.9999999999999998e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  44.9 
 
 		 244 aa  189  2.9999999999999997e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  42.04 
 
 		 245 aa  189  5e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0879  tRNA pseudouridine synthase A  42.68 
 
 		 248 aa  188  9e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0346  tRNA pseudouridine synthase A  43.67 
 
 		 262 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000224311  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0321  tRNA pseudouridine synthase A  39.84 
 
 		 264 aa  180  2e-44  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000566898  hitchhiker  1.98611e-17 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 		 260 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  40.8 
 
 		 258 aa  178  5.999999999999999e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 		 245 aa  177  1e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  42.45 
 
 		 244 aa  177  2e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  37.3 
 
 		 245 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0126  tRNA pseudouridine synthase A  40.23 
 
 		 264 aa  173  2.9999999999999996e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 		 245 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  37.3 
 
 		 245 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 		 245 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 		 245 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 		 245 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 		 245 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  37.7 
 
 		 245 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  37.3 
 
 		 245 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  40.65 
 
 		 248 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  39.59 
 
 		 252 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  40.39 
 
 		 264 aa  171  2e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  38.78 
 
 		 247 aa  169  3e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  38.78 
 
 		 247 aa  169  3e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  38.78 
 
 		 247 aa  169  3e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  38.78 
 
 		 247 aa  169  3e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2995  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.2 
 
 		 278 aa  169  3e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964869 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  38.78 
 
 		 252 aa  169  4e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  38.37 
 
 		 252 aa  169  5e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  39.59 
 
 		 247 aa  169  6e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  38.78 
 
 		 247 aa  168  7e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  38.37 
 
 		 252 aa  167  1e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  38.37 
 
 		 252 aa  167  2e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 252 aa  167  2e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  38.49 
 
 		 262 aa  165  9e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  39.44 
 
 		 261 aa  164  1.0000000000000001e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  39.44 
 
 		 261 aa  164  1.0000000000000001e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0228  tRNA pseudouridine synthase A  38.1 
 
 		 253 aa  164  2.0000000000000002e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000401865  normal  0.634585 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0410  tRNA pseudouridine synthase A  41.39 
 
 		 245 aa  163  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  38.55 
 
 		 250 aa  162  6e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  38.52 
 
 		 256 aa  161  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0409  tRNA pseudouridine synthase A  40.57 
 
 		 245 aa  160  2e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.816199  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  37.96 
 
 		 244 aa  159  4e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0841  tRNA pseudouridine synthase A  35.66 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.258098  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  38.71 
 
 		 252 aa  159  4e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0381  tRNA pseudouridine synthase A  40.16 
 
 		 264 aa  159  5e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  37.9 
 
 		 247 aa  159  6e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  37.21 
 
 		 261 aa  159  6e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1914  tRNA pseudouridine synthase A  38.61 
 
 		 351 aa  157  2e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3803  tRNA pseudouridine synthase A  35.94 
 
 		 259 aa  155  5.0000000000000005e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  37.64 
 
 		 263 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0364  tRNA pseudouridine synthase A  36.12 
 
 		 267 aa  155  8e-37  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1258  tRNA pseudouridine synthase A  37.84 
 
 		 269 aa  155  9e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3997  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.65 
 
 		 270 aa  154  1e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.541279  hitchhiker  0.00061511 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4191  tRNA pseudouridine synthase A  38.93 
 
 		 245 aa  154  1e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0801  tRNA pseudouridine synthase A  36.02 
 
 		 262 aa  154  1e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0247033  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2019  tRNA pseudouridine synthase A  38.26 
 
 		 285 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0292827  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1156  tRNA pseudouridine synthase ACD  38.89 
 
 		 270 aa  153  2e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.133341  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23840  tRNA pseudouridine synthase A  38.64 
 
 		 285 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  38.87 
 
 		 265 aa  152  4e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2726  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 259 aa  152  5e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2251  tRNA pseudouridine synthase A  41.67 
 
 		 246 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218051  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0389  tRNA pseudouridine synthase A  38.91 
 
 		 265 aa  152  7e-36  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1265  tRNA pseudouridine synthase A  37.25 
 
 		 262 aa  151  1e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  37.93 
 
 		 271 aa  150  2e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1266  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 262 aa  150  2e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002874  tRNA pseudouridine synthase A  36.84 
 
 		 264 aa  150  2e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.28642  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  36.82 
 
 		 264 aa  150  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  36.05 
 
 		 261 aa  150  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1259  tRNA pseudouridine synthase A  38.31 
 
 		 290 aa  150  3e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  35.57 
 
 		 256 aa  149  3e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  34.63 
 
 		 270 aa  150  3e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17151  tRNA pseudouridine synthase A  33.09 
 
 		 268 aa  149  4e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.137278  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 		 261 aa  149  4e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2717  tRNA pseudouridine synthase A  38.8 
 
 		 287 aa  149  6e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0374382 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  37.04 
 
 		 264 aa  149  6e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  37.21 
 
 		 261 aa  149  6e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3817  tRNA pseudouridine synthase A  39.15 
 
 		 274 aa  148  7e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0746  tRNA pseudouridine synthase A  36.4 
 
 		 247 aa  149  7e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.57289e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1555  tRNA pseudouridine synthase A  37.35 
 
 		 284 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.406296  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1896  tRNA pseudouridine synthase A  38.17 
 
 		 274 aa  148  8e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1626  tRNA pseudouridine synthase A  33.46 
 
 		 268 aa  148  8e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.895885  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>