More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1600 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
525 aa  1067    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  50.2 
 
 
541 aa  473  1e-132  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0912  pseudouridine synthase, RluA family  47.79 
 
 
558 aa  469  1.0000000000000001e-131  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00634483 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  45 
 
 
578 aa  412  1e-114  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0998  pseudouridine synthase, RluA family  44.42 
 
 
547 aa  390  1e-107  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.012801 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1813  pseudouridine synthase, RluA family  43.49 
 
 
526 aa  366  1e-100  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000964916  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  45.3 
 
 
323 aa  226  6e-58  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  43.05 
 
 
310 aa  226  6e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  43.67 
 
 
311 aa  223  6e-57  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.23 
 
 
300 aa  222  9.999999999999999e-57  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  43.67 
 
 
311 aa  222  9.999999999999999e-57  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.76 
 
 
300 aa  221  3e-56  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  43.34 
 
 
302 aa  220  6e-56  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  43.13 
 
 
316 aa  217  4e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  43.58 
 
 
320 aa  216  9e-55  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.97 
 
 
312 aa  215  9.999999999999999e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  44.16 
 
 
332 aa  216  9.999999999999999e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  39 
 
 
306 aa  213  1e-53  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  40.32 
 
 
319 aa  212  1e-53  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.88 
 
 
343 aa  212  1e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  42.9 
 
 
331 aa  211  2e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  42.67 
 
 
356 aa  210  4e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43 
 
 
318 aa  209  8e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  43.79 
 
 
344 aa  209  1e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.98 
 
 
332 aa  209  1e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  42.16 
 
 
315 aa  207  5e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  42.63 
 
 
344 aa  206  1e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  41.08 
 
 
326 aa  205  2e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.75 
 
 
344 aa  204  3e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.31 
 
 
308 aa  204  4e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  40.14 
 
 
306 aa  203  6e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  43.58 
 
 
324 aa  202  9.999999999999999e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  39.88 
 
 
313 aa  202  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2314  pseudouridine synthase, RluD  42.81 
 
 
334 aa  202  1.9999999999999998e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.651442  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  40.99 
 
 
377 aa  201  1.9999999999999998e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  44.77 
 
 
313 aa  201  1.9999999999999998e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  38.26 
 
 
420 aa  201  3e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  39.93 
 
 
305 aa  199  7e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.45 
 
 
313 aa  199  7.999999999999999e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  43.93 
 
 
309 aa  199  1.0000000000000001e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.59 
 
 
313 aa  199  1.0000000000000001e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  41.53 
 
 
315 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  43.01 
 
 
326 aa  198  2.0000000000000003e-49  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  42.66 
 
 
326 aa  198  2.0000000000000003e-49  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  39.1 
 
 
320 aa  197  5.000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  37.92 
 
 
300 aa  196  6e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  42.12 
 
 
310 aa  196  6e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.46 
 
 
306 aa  196  6e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.12 
 
 
319 aa  197  6e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  42.06 
 
 
334 aa  196  7e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  42 
 
 
344 aa  196  7e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.67 
 
 
334 aa  196  8.000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  40.34 
 
 
306 aa  196  9e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  36.66 
 
 
329 aa  196  1e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2822  RluA family pseudouridine synthase  43.28 
 
 
329 aa  195  1e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000591979  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  36.42 
 
 
305 aa  196  1e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  38.67 
 
 
334 aa  194  3e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  38.89 
 
 
323 aa  194  5e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.36 
 
 
303 aa  194  5e-48  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.88 
 
 
334 aa  193  5e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  40.49 
 
 
334 aa  193  6e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.88 
 
 
347 aa  193  7e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  42.21 
 
 
400 aa  193  8e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  42.02 
 
 
319 aa  192  1e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.87 
 
 
335 aa  192  1e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2003  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.37 
 
 
334 aa  191  2e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.704766  normal  0.26865 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  38.33 
 
 
302 aa  191  2e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  43.37 
 
 
345 aa  192  2e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.98 
 
 
349 aa  191  2e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  35.97 
 
 
314 aa  191  2e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3012  RluA family pseudouridine synthase  42.71 
 
 
311 aa  192  2e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17598  normal  0.601739 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  39.42 
 
 
319 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2180  pseudouridine synthase, RluA family  42.37 
 
 
327 aa  190  4e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.33 
 
 
302 aa  191  4e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  42.22 
 
 
351 aa  191  4e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.66 
 
 
403 aa  190  4e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.67 
 
 
302 aa  191  4e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  39.42 
 
 
319 aa  191  4e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.33 
 
 
302 aa  190  5e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  38.33 
 
 
302 aa  190  5e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  40.94 
 
 
329 aa  190  5e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  41.06 
 
 
322 aa  190  5e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.33 
 
 
302 aa  190  5e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.27 
 
 
326 aa  189  8e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  41.4 
 
 
349 aa  189  9e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.33 
 
 
302 aa  189  9e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.44 
 
 
333 aa  189  9e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0921  RluA family pseudouridine synthase  41.78 
 
 
318 aa  189  1e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  38 
 
 
302 aa  189  1e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  38.96 
 
 
326 aa  189  1e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.91 
 
 
391 aa  189  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.48 
 
 
316 aa  189  1e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1220  ribosomal pseudouridine synthase  38.11 
 
 
323 aa  189  1e-46  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.07 
 
 
303 aa  188  2e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1127  pseudouridine synthase, RluD  36.6 
 
 
396 aa  189  2e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  41.21 
 
 
337 aa  188  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  41.55 
 
 
339 aa  188  3e-46  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  38 
 
 
302 aa  187  3e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0604  pseudouridine synthase, RluD  40.85 
 
 
341 aa  187  3e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.206987 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  36.28 
 
 
347 aa  187  3e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>