More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_2285 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
385 aa  792    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  43.06 
 
 
394 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  39.56 
 
 
414 aa  278  1e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  38.01 
 
 
415 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1835  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  38.14 
 
 
415 aa  272  7e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  37.25 
 
 
408 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  37.59 
 
 
414 aa  257  2e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3413  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  36.8 
 
 
419 aa  255  1.0000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  37.35 
 
 
438 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  37.59 
 
 
426 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4575  ABC transporter substrate-binding protein  36.34 
 
 
426 aa  233  3e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5718  branched-chain amino acid ABC transporter  37.69 
 
 
428 aa  223  4e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1556  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  36.52 
 
 
426 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  36.28 
 
 
420 aa  209  5e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  36.93 
 
 
426 aa  209  8e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  35.38 
 
 
403 aa  207  3e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  35.31 
 
 
410 aa  206  4e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2305  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  35.18 
 
 
424 aa  204  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.020868 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1864  branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  35.5 
 
 
426 aa  189  5e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.397842  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  29.66 
 
 
389 aa  142  8e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  30.1 
 
 
397 aa  140  3e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  29.28 
 
 
397 aa  135  9e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  28.97 
 
 
389 aa  135  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  28.66 
 
 
393 aa  133  5e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  28.97 
 
 
391 aa  130  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  28.76 
 
 
397 aa  127  3e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1546  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  24.81 
 
 
404 aa  111  3e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.102523  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  27.06 
 
 
379 aa  109  9.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  26.25 
 
 
379 aa  108  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0052  Fis family transcriptional regulator  27.64 
 
 
426 aa  108  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0942  putative lipoprotein  26.09 
 
 
428 aa  106  5e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0813941  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 
379 aa  106  6e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  26.16 
 
 
381 aa  106  7e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  32.23 
 
 
379 aa  105  9e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.33 
 
 
380 aa  105  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  29.09 
 
 
398 aa  105  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  26.18 
 
 
380 aa  104  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  27.67 
 
 
379 aa  104  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0826  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27 
 
 
428 aa  103  4e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_813  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  27 
 
 
428 aa  103  5e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  24.42 
 
 
402 aa  103  5e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.19 
 
 
378 aa  103  6e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  27.18 
 
 
444 aa  101  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  28.67 
 
 
382 aa  100  4e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  27.09 
 
 
403 aa  99.4  9e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  27.03 
 
 
442 aa  97.4  3e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  27.15 
 
 
394 aa  97.1  5e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.16 
 
 
429 aa  95.9  9e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  30.26 
 
 
379 aa  95.5  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0119  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein, putative  26.72 
 
 
427 aa  94.4  3e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232449  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  26.08 
 
 
443 aa  93.2  6e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 
380 aa  93.6  6e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5291  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  23.89 
 
 
418 aa  93.2  7e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 
392 aa  93.2  7e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0380  high-affinity branched-chain amino acid transport system periplasmic binding protein livK  24.43 
 
 
426 aa  93.2  7e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0649125  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  25 
 
 
441 aa  92.4  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  25.56 
 
 
443 aa  92.4  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  24.78 
 
 
398 aa  91.3  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  26.39 
 
 
441 aa  91.7  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2949  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.27 
 
 
438 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0366338  normal  0.0607744 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  26.95 
 
 
440 aa  90.9  3e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.85 
 
 
429 aa  90.5  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  29.15 
 
 
379 aa  90.5  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2275  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.85 
 
 
429 aa  90.5  5e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135697  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  24.57 
 
 
386 aa  90.5  5e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  24.73 
 
 
441 aa  90.1  6e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.01 
 
 
425 aa  89.7  7e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  26.41 
 
 
437 aa  89  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  25.76 
 
 
368 aa  86.7  6e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  26.39 
 
 
445 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  26.65 
 
 
445 aa  85.5  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  26.57 
 
 
438 aa  84.7  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  23.9 
 
 
385 aa  84.7  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_814  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  24.12 
 
 
430 aa  84  0.000000000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.888026  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  26.56 
 
 
379 aa  84  0.000000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  23.46 
 
 
389 aa  83.2  0.000000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1478  Extracellular ligand-binding receptor  29.48 
 
 
405 aa  82.8  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 
403 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.87 
 
 
374 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0827  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.85 
 
 
430 aa  81.6  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  23.94 
 
 
394 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  23.1 
 
 
379 aa  81.6  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  24.2 
 
 
447 aa  81.6  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_002936  DET0943  putative lipoprotein  23.58 
 
 
430 aa  81.3  0.00000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.083606  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0253  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  25.45 
 
 
440 aa  80.5  0.00000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0750632  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  25.78 
 
 
375 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  24.29 
 
 
381 aa  80.1  0.00000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  22.32 
 
 
378 aa  80.1  0.00000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25 
 
 
392 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  23.12 
 
 
457 aa  79.7  0.00000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  23.06 
 
 
441 aa  79  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4681  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  22.88 
 
 
434 aa  79.3  0.0000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  26.53 
 
 
399 aa  79  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  23.12 
 
 
457 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3668  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  25.84 
 
 
371 aa  79  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.210463  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 
385 aa  79.3  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  24.61 
 
 
382 aa  79  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7160  hypothetical protein  25.14 
 
 
449 aa  78.6  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108123  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  24.54 
 
 
393 aa  79  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2334  Extracellular ligand-binding receptor  24.7 
 
 
388 aa  78.6  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10397  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>