More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0714 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011898  Ccel_1728  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  59.36 
 
 
672 aa  816    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0455896  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0714  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  100 
 
 
694 aa  1394    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000369991  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  43.45 
 
 
676 aa  537  1e-151  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.573374 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1178  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  43.27 
 
 
677 aa  538  1e-151  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.426785  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2449  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  44.67 
 
 
643 aa  526  1e-148  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000629318  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3385  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  42.32 
 
 
661 aa  519  1e-146  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000070499  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1146  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  41.76 
 
 
654 aa  508  9.999999999999999e-143  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.778055  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1154  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  41.25 
 
 
672 aa  501  1e-140  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.225673  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1344  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  39.26 
 
 
687 aa  489  1e-137  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0642692  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  39.52 
 
 
678 aa  477  1e-133  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1019  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  38.41 
 
 
686 aa  474  1e-132  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.901496  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  38.65 
 
 
705 aa  460  9.999999999999999e-129  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1327  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  34.72 
 
 
663 aa  369  1e-100  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2405  30S ribosomal protein S1  44.38 
 
 
378 aa  298  2e-79  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2117  30S ribosomal protein S1  44.09 
 
 
378 aa  298  3e-79  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1329  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  43.28 
 
 
736 aa  294  4e-78  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000119457  normal  0.0289615 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1623  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  32.15 
 
 
810 aa  287  4e-76  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.603124  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  40.87 
 
 
720 aa  286  7e-76  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  39.56 
 
 
596 aa  281  3e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2872  RNA binding S1 domain protein  39.95 
 
 
529 aa  277  6e-73  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.569342  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1233  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  29.84 
 
 
854 aa  276  1.0000000000000001e-72  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  39.89 
 
 
573 aa  273  1e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25930  30S ribosomal protein S1  39.77 
 
 
495 aa  271  2.9999999999999997e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  38.8 
 
 
557 aa  270  5e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5522  30S ribosomal protein S1  39.77 
 
 
495 aa  270  5.9999999999999995e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  38.24 
 
 
609 aa  270  5.9999999999999995e-71  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1606  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  47.16 
 
 
288 aa  270  8.999999999999999e-71  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.236487  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0962  RNA binding S1 domain protein  41.42 
 
 
418 aa  268  2.9999999999999995e-70  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.331059  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2968  Ribosomal protein S1-like protein  39.77 
 
 
500 aa  266  8e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1477  RNA binding S1 domain-containing protein  39.83 
 
 
480 aa  266  8e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.22973  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2850  RNA binding S1 domain protein  39.42 
 
 
487 aa  266  1e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000968936  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1794  30S ribosomal protein S1  38.86 
 
 
588 aa  266  1e-69  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000217401  normal  0.053041 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05300  SSU ribosomal protein S1P  39.29 
 
 
403 aa  265  3e-69  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.467971  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2169  30S ribosomal protein S1  42.35 
 
 
387 aa  263  6e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000104963  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3005  30S ribosomal protein S1  39.13 
 
 
479 aa  263  6e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3020  30S ribosomal protein S1  39.13 
 
 
479 aa  263  6e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.156856  normal  0.0844361 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3051  30S ribosomal protein S1  39.13 
 
 
479 aa  263  6e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2523  RNA binding S1 domain protein  39.94 
 
 
405 aa  263  8e-69  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.270612  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1025  ribosomal protein S1  39.55 
 
 
568 aa  263  8.999999999999999e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.000000189842  unclonable  0.0000000000588279 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0903  ribosomal protein S1  39.55 
 
 
568 aa  263  8.999999999999999e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.055479  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1804  30S ribosomal protein S1  39.71 
 
 
491 aa  263  8.999999999999999e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000161597 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2989  30S ribosomal protein S1  38.9 
 
 
490 aa  263  8.999999999999999e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0790572  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11646  30S ribosomal protein S1  38.84 
 
 
481 aa  262  1e-68  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.75465 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3561  30S ribosomal protein S1  39.13 
 
 
481 aa  262  1e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0469219  normal  0.360425 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2065  30S ribosomal protein S1  39.71 
 
 
491 aa  263  1e-68  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00632138  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3356  30S ribosomal protein S1  39.13 
 
 
481 aa  262  1e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0698685  normal  0.453235 
 
 
-
 
NC_002950  PG1297  30S ribosomal protein S1  37.36 
 
 
599 aa  262  2e-68  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  40.57 
 
 
568 aa  262  2e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  40.57 
 
 
568 aa  262  2e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  40.57 
 
 
568 aa  262  2e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  39.27 
 
 
597 aa  261  3e-68  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0961  RNA binding S1 domain protein  39.24 
 
 
496 aa  261  4e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0644  30S ribosomal protein S1  36.36 
 
 
611 aa  261  4e-68  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.35055 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1191  30S ribosomal protein S1  38.95 
 
 
485 aa  261  4e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00406916  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1960  RNA binding S1 domain protein  39.71 
 
 
492 aa  260  5.0000000000000005e-68  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0570  30S ribosomal protein S1  38.6 
 
 
592 aa  260  5.0000000000000005e-68  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0349  30S ribosomal protein S1  39.13 
 
 
586 aa  260  5.0000000000000005e-68  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.000000000135822  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2872  RNA binding S1 domain protein  38.55 
 
 
487 aa  260  6e-68  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11140  30S ribosomal protein S1  38.48 
 
 
485 aa  260  6e-68  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.28152  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2603  30S ribosomal protein S1  40.56 
 
 
574 aa  259  8e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00445858  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  39.71 
 
 
584 aa  259  9e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2301  30S ribosomal protein S1  40 
 
 
578 aa  259  1e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.75877  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2000  30S ribosomal protein S1  38.04 
 
 
591 aa  259  1e-67  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000749746  normal  0.10797 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1341  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  48.94 
 
 
282 aa  259  1e-67  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0822919  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1292  SSU ribosomal protein S1P  38.06 
 
 
396 aa  259  1e-67  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00025498  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5663  RNA binding S1 domain protein  34.73 
 
 
595 aa  258  2e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.726551  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3572  RNA binding S1 domain protein  38.62 
 
 
557 aa  258  2e-67  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1152  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  48.94 
 
 
282 aa  258  2e-67  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3034  30S ribosomal protein S1  39.13 
 
 
485 aa  258  3e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000095518  hitchhiker  0.00573325 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1280  30S ribosomal protein S1  37.75 
 
 
559 aa  258  3e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0113187  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0129  30S ribosomal protein S1  36.07 
 
 
586 aa  258  3e-67  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00811703  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1079  RNA binding S1 domain protein  38.59 
 
 
427 aa  258  3e-67  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0418  30S ribosomal protein S1  37.23 
 
 
591 aa  258  3e-67  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000167097  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3198  RNA binding S1 domain protein  38.55 
 
 
488 aa  257  4e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.565242  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20190  SSU ribosomal protein S1P  38.98 
 
 
496 aa  257  5e-67  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.287124 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0452  30S ribosomal protein S1  37.5 
 
 
592 aa  257  5e-67  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000961926  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1732  30S ribosomal protein S1  38.04 
 
 
589 aa  257  6e-67  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000125222  decreased coverage  0.00441133 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1176  RNA binding S1 domain protein  33.9 
 
 
644 aa  257  7e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1515  RNA binding S1 domain protein  38.7 
 
 
490 aa  256  7e-67  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.906108  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14990  30S ribosomal protein S1  36.77 
 
 
493 aa  256  7e-67  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0409109  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1089  30S ribosomal protein S1  37.75 
 
 
515 aa  256  7e-67  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0119116  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5494  30S ribosomal protein S1  37.4 
 
 
493 aa  256  1.0000000000000001e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.117184  normal  0.159849 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0745  30S ribosomal protein S1  38.2 
 
 
491 aa  256  1.0000000000000001e-66  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.146171  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0867  30S ribosomal protein S1  40.4 
 
 
586 aa  256  1.0000000000000001e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000314961  normal  0.0879612 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1229  30S ribosomal protein S1  38.76 
 
 
488 aa  256  1.0000000000000001e-66  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.964467  normal  0.190984 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1057  30S ribosomal protein S1  35.29 
 
 
492 aa  255  2.0000000000000002e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12990  30S ribosomal protein S1  37.89 
 
 
492 aa  254  3e-66  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.927286 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2193  30S ribosomal protein S1  38.35 
 
 
488 aa  254  3e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.210966  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  38.44 
 
 
584 aa  254  4.0000000000000004e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  38.08 
 
 
584 aa  254  5.000000000000001e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  36.93 
 
 
559 aa  253  6e-66  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0455  30S ribosomal protein S1  41.54 
 
 
387 aa  253  7e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  37.9 
 
 
557 aa  253  1e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  38.46 
 
 
557 aa  252  1e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2435  RNA binding S1 domain protein  38 
 
 
499 aa  252  1e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1437  RNA binding S1 domain protein  38.53 
 
 
400 aa  252  1e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.245145  normal  0.159598 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1951  30S ribosomal protein S1  34.42 
 
 
606 aa  252  2e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.275526  normal  0.0589831 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3035  30S ribosomal protein S1  37.71 
 
 
567 aa  251  3e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00687642  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1413  30S ribosomal protein S1  36.02 
 
 
555 aa  251  4e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0578612  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2015  RNA-binding S1 domain-containing protein  36.78 
 
 
411 aa  250  6e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0652883  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>