More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3572 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_3572  RNA binding S1 domain protein  100 
 
 
557 aa  1117    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  40.29 
 
 
609 aa  257  5e-67  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  38.05 
 
 
596 aa  254  2.0000000000000002e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  37.56 
 
 
678 aa  253  6e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1535  30S ribosomal protein S1  38.79 
 
 
555 aa  250  5e-65  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00152799  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0642  30S ribosomal protein S1  38.79 
 
 
551 aa  249  6e-65  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000269635  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0714  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  38.62 
 
 
694 aa  248  2e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000369991  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  37.72 
 
 
720 aa  243  5e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1329  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  37.99 
 
 
736 aa  243  7e-63  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000119457  normal  0.0289615 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1728  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  37.68 
 
 
672 aa  241  2.9999999999999997e-62  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0455896  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  36.12 
 
 
573 aa  237  3e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1292  SSU ribosomal protein S1P  37.08 
 
 
396 aa  238  3e-61  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00025498  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2301  30S ribosomal protein S1  38.29 
 
 
578 aa  237  4e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.75877  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0247  ribosomal protein S1  37.5 
 
 
562 aa  237  4e-61  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  34.8 
 
 
557 aa  237  5.0000000000000005e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3385  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  39.58 
 
 
661 aa  236  7e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000070499  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2523  RNA binding S1 domain protein  37.25 
 
 
405 aa  236  1.0000000000000001e-60  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.270612  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0373  30S ribosomal protein S1  36.73 
 
 
570 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0107492  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1795  SSU ribosomal protein S1P  40.43 
 
 
539 aa  234  3e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  37.76 
 
 
676 aa  234  4.0000000000000004e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.573374 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1154  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  38.07 
 
 
672 aa  233  5e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.225673  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  37.57 
 
 
568 aa  233  8.000000000000001e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  37.57 
 
 
568 aa  233  8.000000000000001e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  37.57 
 
 
568 aa  233  8.000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1019  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  34.04 
 
 
686 aa  232  1e-59  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.901496  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0117  RNA binding S1 domain protein  34.62 
 
 
598 aa  231  2e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1178  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  36.71 
 
 
677 aa  232  2e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.426785  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1344  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  38.07 
 
 
687 aa  232  2e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0642692  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  37.61 
 
 
574 aa  231  3e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0293  30S ribosomal protein S1  38.39 
 
 
573 aa  231  3e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5663  RNA binding S1 domain protein  36 
 
 
595 aa  231  3e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.726551  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0110  RNA binding S1 domain-containing protein  37.02 
 
 
558 aa  231  3e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000433742  normal  0.284586 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05300  SSU ribosomal protein S1P  36.57 
 
 
403 aa  231  3e-59  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.467971  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1297  30S ribosomal protein S1  36.28 
 
 
599 aa  230  4e-59  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  37.61 
 
 
577 aa  229  7e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  38.32 
 
 
584 aa  228  2e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0098  30S ribosomal protein S1  36.72 
 
 
566 aa  228  2e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  38.28 
 
 
584 aa  228  2e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2382  ribosomal protein S1  36.18 
 
 
608 aa  227  4e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.105209  normal  0.526812 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10333  30S ribosomal protein S1  37.61 
 
 
619 aa  227  5.0000000000000005e-58  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.869439  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1176  RNA binding S1 domain protein  35.52 
 
 
644 aa  226  6e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2872  RNA binding S1 domain protein  34.94 
 
 
529 aa  226  1e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.569342  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1620  ribosomal protein S1  34.55 
 
 
597 aa  225  1e-57  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1951  30S ribosomal protein S1  36.45 
 
 
606 aa  226  1e-57  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.275526  normal  0.0589831 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  36.44 
 
 
577 aa  225  1e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1146  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  38.07 
 
 
654 aa  225  2e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.778055  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3478  30S ribosomal protein S1  35.09 
 
 
598 aa  225  2e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.199022  normal  0.500407 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  37.95 
 
 
579 aa  225  2e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  34.62 
 
 
575 aa  225  2e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0962  RNA binding S1 domain protein  36.29 
 
 
418 aa  224  4e-57  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.331059  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  34.57 
 
 
557 aa  224  4e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  35.91 
 
 
593 aa  224  4e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0903  ribosomal protein S1  35.69 
 
 
568 aa  223  4.9999999999999996e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.055479  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1025  ribosomal protein S1  35.69 
 
 
568 aa  223  4.9999999999999996e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.000000189842  unclonable  0.0000000000588279 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  35.4 
 
 
559 aa  223  6e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1981  ribosomal protein S1  36.86 
 
 
604 aa  223  7e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000204813  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  35.67 
 
 
556 aa  223  9.999999999999999e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0896  30S ribosomal protein S1  39.6 
 
 
408 aa  221  3e-56  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000252731  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  35.82 
 
 
557 aa  221  3.9999999999999997e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1732  30S ribosomal protein S1  31.22 
 
 
589 aa  220  5e-56  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000125222  decreased coverage  0.00441133 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2917  30S ribosomal protein S1  34.97 
 
 
571 aa  220  5e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.371234  normal  0.0728232 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2000  30S ribosomal protein S1  31.72 
 
 
591 aa  219  7e-56  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000749746  normal  0.10797 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0570  30S ribosomal protein S1  31.99 
 
 
592 aa  219  7.999999999999999e-56  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1495  30S ribosomal protein S1  36.12 
 
 
570 aa  219  1e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.255625 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0418  30S ribosomal protein S1  31.54 
 
 
591 aa  219  1e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000167097  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  34.81 
 
 
560 aa  218  2e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0644  30S ribosomal protein S1  34.76 
 
 
611 aa  218  2e-55  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.35055 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0349  30S ribosomal protein S1  32.08 
 
 
586 aa  219  2e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.000000000135822  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  34.72 
 
 
561 aa  218  2e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1646  30S ribosomal protein S1  34.62 
 
 
561 aa  218  2e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.563909  normal  0.099465 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19980  SSU ribosomal protein S1P  36.57 
 
 
407 aa  218  2e-55  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02120  30S ribosomal subunit protein S1  36.25 
 
 
504 aa  218  2e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000618962  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2163  30S ribosomal protein S1  35.61 
 
 
559 aa  218  2.9999999999999998e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0054934  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1376  30S ribosomal protein S1  35.88 
 
 
558 aa  217  4e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1372  30S ribosomal protein S1  35.88 
 
 
558 aa  217  4e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  33.92 
 
 
560 aa  217  4e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0129  30S ribosomal protein S1  35.03 
 
 
586 aa  217  4e-55  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00811703  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  33.43 
 
 
558 aa  217  5e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1794  30S ribosomal protein S1  31.72 
 
 
588 aa  217  5e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000217401  normal  0.053041 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  35.99 
 
 
559 aa  217  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  35.99 
 
 
559 aa  217  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2603  30S ribosomal protein S1  36.62 
 
 
574 aa  216  7e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00445858  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2333  30S ribosomal protein S1  36.99 
 
 
570 aa  216  7e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000922659  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1577  30S ribosomal protein S1  35.48 
 
 
587 aa  216  8e-55  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00419028  normal  0.668764 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6619  RNA binding S1 domain protein  35.87 
 
 
630 aa  216  9.999999999999999e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  unclonable  0.00000014562  normal  0.0151044 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  37.17 
 
 
584 aa  216  9.999999999999999e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0452  30S ribosomal protein S1  31.54 
 
 
592 aa  216  9.999999999999999e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000961926  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5672  30S ribosomal protein S1  35.74 
 
 
493 aa  216  9.999999999999999e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.457368 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1540  30S ribosomal protein S1  35.09 
 
 
558 aa  215  1.9999999999999998e-54  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1494  30S ribosomal protein S1  34.2 
 
 
563 aa  215  1.9999999999999998e-54  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000805481  normal  0.784704 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11140  30S ribosomal protein S1  35.76 
 
 
485 aa  214  1.9999999999999998e-54  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.28152  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1597  30S ribosomal protein S1  35.09 
 
 
558 aa  215  1.9999999999999998e-54  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  35.28 
 
 
561 aa  214  1.9999999999999998e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0927  30S ribosomal protein S1  34.12 
 
 
569 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000030887  normal  0.340595 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1071  30S ribosomal protein S1  34.12 
 
 
569 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000319804  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1673  30S ribosomal protein S1  34.2 
 
 
563 aa  214  2.9999999999999995e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000046796  normal  0.385935 
 
 
 
NC_011894  Mnod_6612  30S ribosomal protein S1  32.97 
 
 
569 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.328912  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2065  30S ribosomal protein S1  35.06 
 
 
491 aa  214  2.9999999999999995e-54  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00632138  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  35.4 
 
 
559 aa  214  2.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2145  ribosomal protein S1  36.56 
 
 
573 aa  214  3.9999999999999995e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000142665  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>