More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3692 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_3692  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 244 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.674174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4165  TetR family transcriptional regulator  98.71 
 
 		 232 aa  457  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.367589  normal  0.612517 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1743  TetR family transcriptional regulator  93.85 
 
 		 244 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.065917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4330  TetR family transcriptional regulator  61.23 
 
 		 235 aa  290  1e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0410  TetR family transcriptional regulator  45.19 
 
 		 245 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.560758  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1718  TetR family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 228 aa  162  4.0000000000000004e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.114077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0351  TetR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 230 aa  158  7e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0162  transcription regulator protein  46.05 
 
 		 233 aa  156  4e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.1146  normal  0.445023 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1778  TetR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 250 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.677686  unclonable  0.000000000627047 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2481  TetR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 231 aa  150  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4891  transcriptional regulator, TetR family  41.41 
 
 		 261 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.164408  normal  0.287477 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0051  transcriptional regulator, TetR family  42.73 
 
 		 250 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0054  transcriptional regulator, TetR family  42.73 
 
 		 250 aa  145  6e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3356  TetR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 247 aa  125  7e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000224117 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0042  TetR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 219 aa  120  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.664551  normal  0.814156 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0876  TetR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 226 aa  70.1  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.140831 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2022  transcriptional regulator, TetR family  23.27 
 
 		 225 aa  66.6  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.613149  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1436  TetR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 125 aa  65.5  0.0000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000772402  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1005  transcriptional regulator, TetR family  37.74 
 
 		 218 aa  64.3  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0944  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  26.29 
 
 		 217 aa  63.5  0.000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3494  transcriptional regulator, TetR family  32.5 
 
 		 208 aa  63.2  0.000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2917  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 218 aa  63.2  0.000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.761743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3330  TetR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 225 aa  62.8  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648103  normal  0.907597 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0527  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  27.07 
 
 		 217 aa  62.4  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0521  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  27.07 
 
 		 217 aa  62.4  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0327711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0518  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  27.07 
 
 		 217 aa  62.4  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.35266  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0580  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  27.07 
 
 		 217 aa  62.4  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0809226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0537  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  27.07 
 
 		 217 aa  62.4  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.355505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2576  TetR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 233 aa  62  0.000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2643  TetR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 233 aa  62  0.000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0225  TetR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 240 aa  62  0.000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1419  TetR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 232 aa  61.6  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2914  transcriptional regulator, TetR family  20.54 
 
 		 202 aa  61.2  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2751  TetR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 232 aa  60.5  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1231  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 289 aa  60.5  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00074883  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3944  putative transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 		 183 aa  60.1  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000137534  hitchhiker  0.00939559 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1189  regulatory protein TetR  24.74 
 
 		 195 aa  59.7  0.00000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.904899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3796  TetR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 275 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0252  transcriptional regulator, TetR family  45.71 
 
 		 194 aa  58.9  0.00000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2192  TetR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 225 aa  58.9  0.00000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3298  TetR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 206 aa  58.9  0.00000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3277  TetR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 275 aa  58.5  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02513  transcriptional regulator, TetR family protein  30.13 
 
 		 214 aa  57.8  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 206 aa  58.2  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  44.07 
 
 		 200 aa  58.2  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21800  transcriptional regulator  33.06 
 
 		 265 aa  58.2  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.391718  normal  0.223847 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1759  transcriptional regulator, TetR family  28.66 
 
 		 217 aa  57.8  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3046  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  30.11 
 
 		 216 aa  57.4  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.303422  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0293  TetR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 226 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  27.88 
 
 		 206 aa  57.4  0.0000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3368  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 229 aa  57  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.823068  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2619  transcriptional regulator, TetR family  30.19 
 
 		 192 aa  56.6  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1145  TetR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.770966  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2768  TetR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.379756  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 241 aa  56.2  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5462  TetR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5400  TetR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00236367 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.07 
 
 		 213 aa  56.2  0.0000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3012  transcriptional regulator, TetR family  39.66 
 
 		 200 aa  56.2  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2924  TetR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 224 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.288766  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00415  DNA-binding transcriptional repressor  36.51 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3146  transcriptional regulator, TetR family  36.51 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0376592  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2601  regulatory protein, TetR  23.67 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.354794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0540  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.51 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00420  hypothetical protein  36.51 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2564  TetR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 214 aa  56.2  0.0000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.454515 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3152  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.51 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0507  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.51 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.480121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0554  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.51 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0396  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.51 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3240  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  31.94 
 
 		 213 aa  56.2  0.0000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.501766  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0498  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.51 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2692  transcriptional regulator, TetR family  28.81 
 
 		 249 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0675  regulatory protein, TetR  30.3 
 
 		 220 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 226 aa  55.8  0.0000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2104  TetR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 191 aa  55.5  0.0000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.230608 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1012  transcriptional regulator, TetR family  30.11 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.156612  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4804  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 201 aa  55.5  0.0000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.120851  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 291 aa  55.5  0.0000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5451  transcriptional regulator TetR family  23.81 
 
 		 241 aa  55.5  0.0000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2468  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 198 aa  55.5  0.0000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1639  TetR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1669  TetR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 235 aa  55.5  0.0000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1128  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  36.51 
 
 		 227 aa  55.1  0.0000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000181094 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3999  regulatory protein, TetR  31.58 
 
 		 258 aa  55.1  0.0000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.163281  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0994  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 271 aa  55.1  0.0000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03122  DNA-binding transcriptional regulator  22.68 
 
 		 220 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.889925  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0442  transcriptional regulator, TetR family  22.68 
 
 		 220 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.671353  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3647  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  22.51 
 
 		 220 aa  54.7  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0126984  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0771  transcriptional regulator, TetR family  29.55 
 
 		 218 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.353788  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  34.15 
 
 		 229 aa  55.1  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2507  TetR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 211 aa  54.7  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142913 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03073  hypothetical protein  22.68 
 
 		 220 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.807649  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6709  TetR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 230 aa  55.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.408759  normal  0.497229 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3457  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  22.68 
 
 		 220 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000315342  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4581  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  22.68 
 
 		 220 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00305215  normal  0.159786 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4290  transcriptional regulator, TetR family  32.41 
 
 		 226 aa  55.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567463  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0442  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  22.68 
 
 		 220 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.114804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3749  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  22.68 
 
 		 220 aa  54.7  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000431628  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>