More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0514 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0514  Diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 434 aa  900    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00534186 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28180  diaminopimelate decarboxylase  57.51 
 
 		 432 aa  528  1e-149  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000200142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0302  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  57.18 
 
 		 419 aa  508  1e-143  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3249  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  58.45 
 
 		 421 aa  505  9.999999999999999e-143  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1405  diaminopimelate decarboxylase  58.16 
 
 		 419 aa  499  1e-140  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0299  diaminopimelate decarboxylase  57.24 
 
 		 417 aa  493  9.999999999999999e-139  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000126182  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4876  diaminopimelate decarboxylase  51.66 
 
 		 416 aa  442  1e-123  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000066198  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1641  diaminopimelate decarboxylase  50.6 
 
 		 420 aa  434  1e-120  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0628  diaminopimelate decarboxylase  51.55 
 
 		 420 aa  429  1e-119  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1225  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.34 
 
 		 413 aa  382  1e-105  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00760  diaminopimelate decarboxylase  46.12 
 
 		 445 aa  366  1e-100  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2135  diaminopimelate decarboxylase  45.65 
 
 		 418 aa  361  1e-98  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000329469  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1355  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.55 
 
 		 421 aa  347  2e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.146910000000001e-28 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2859  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.09 
 
 		 421 aa  345  8.999999999999999e-94  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000208534  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2967  diaminopimelate decarboxylase  32 
 
 		 409 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  31.62 
 
 		 430 aa  184  3e-45  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0523  diaminopimelate decarboxylase  30.79 
 
 		 402 aa  183  6e-45  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  31 
 
 		 425 aa  182  7e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  31.87 
 
 		 430 aa  182  9.000000000000001e-45  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  30.94 
 
 		 430 aa  182  1e-44  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  32.43 
 
 		 402 aa  182  1e-44  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  31.39 
 
 		 402 aa  181  2.9999999999999997e-44  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  32.03 
 
 		 412 aa  180  4e-44  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  32.67 
 
 		 399 aa  179  8e-44  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  30.81 
 
 		 429 aa  178  1e-43  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  30.6 
 
 		 406 aa  179  1e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  31.06 
 
 		 402 aa  177  4e-43  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0227  diaminopimelate decarboxylase  31.79 
 
 		 424 aa  174  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690316  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2136  diaminopimelate decarboxylase  29.97 
 
 		 398 aa  174  3.9999999999999995e-42  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.509779  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  31.6 
 
 		 401 aa  172  7.999999999999999e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  28.64 
 
 		 433 aa  172  1e-41  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  31.39 
 
 		 420 aa  171  2e-41  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1275  diaminopimelate decarboxylase  30.05 
 
 		 386 aa  171  3e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162613  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1362  diaminopimelate decarboxylase  31.67 
 
 		 401 aa  171  3e-41  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.884156  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1043  diaminopimelate decarboxylase  31.05 
 
 		 382 aa  169  6e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.504589  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  31.67 
 
 		 407 aa  168  2e-40  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  29.7 
 
 		 403 aa  165  1.0000000000000001e-39  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  31.68 
 
 		 416 aa  166  1.0000000000000001e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3289  diaminopimelate decarboxylase  29.46 
 
 		 410 aa  162  9e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.721852 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1648  diaminopimelate decarboxylase  30.94 
 
 		 417 aa  162  9e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00420158  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1348  diaminopimelate decarboxylase  30.98 
 
 		 416 aa  162  1e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000478718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1411  diaminopimelate decarboxylase  29.83 
 
 		 386 aa  162  1e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0507581  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  31.5 
 
 		 427 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  28.85 
 
 		 407 aa  160  4e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  31.65 
 
 		 427 aa  160  4e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  31.65 
 
 		 427 aa  160  4e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08531  diaminopimelate decarboxylase  29.22 
 
 		 406 aa  160  6e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0425  diaminopimelate decarboxylase  28.95 
 
 		 393 aa  159  1e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  31.35 
 
 		 447 aa  159  1e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0515  diaminopimelate decarboxylase  29.9 
 
 		 436 aa  159  1e-37  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.843079  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  29.76 
 
 		 415 aa  158  2e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  30.46 
 
 		 422 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  28.93 
 
 		 418 aa  157  3e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0447  diaminopimelate decarboxylase  31.98 
 
 		 436 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.7159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1724  diaminopimelate decarboxylase  31.2 
 
 		 435 aa  156  7e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0207  diaminopimelate decarboxylase  31.94 
 
 		 435 aa  156  9e-37  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.235177  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3059  diaminopimelate decarboxylase  32.23 
 
 		 431 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.038181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  28.57 
 
 		 425 aa  154  2.9999999999999998e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  30.45 
 
 		 418 aa  154  4e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2534  diaminopimelate decarboxylase  27.7 
 
 		 416 aa  153  7e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73799  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1473  diaminopimelate decarboxylase  31.48 
 
 		 436 aa  152  8e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  29.46 
 
 		 423 aa  151  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  29.24 
 
 		 421 aa  151  2e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  30.05 
 
 		 419 aa  151  3e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0390  diaminopimelate decarboxylase  30.68 
 
 		 436 aa  150  3e-35  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  32.2 
 
 		 415 aa  150  4e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2664  diaminopimelate decarboxylase  28.15 
 
 		 434 aa  150  6e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.287942  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  29.9 
 
 		 451 aa  149  7e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  32.12 
 
 		 416 aa  149  8e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  29.41 
 
 		 423 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1787  diaminopimelate decarboxylase  31.27 
 
 		 422 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.16455 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0745  diaminopimelate decarboxylase  28.54 
 
 		 440 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.300133  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  31.48 
 
 		 415 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1553  diaminopimelate decarboxylase  30.45 
 
 		 417 aa  148  2.0000000000000003e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144272  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  30.24 
 
 		 419 aa  147  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2916  diaminopimelate decarboxylase  28.01 
 
 		 433 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0948953  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  30.75 
 
 		 445 aa  146  6e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0681  diaminopimelate decarboxylase  28.99 
 
 		 421 aa  146  6e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  31.11 
 
 		 422 aa  146  8.000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  31.28 
 
 		 421 aa  146  9e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  28.54 
 
 		 416 aa  145  9e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  31.28 
 
 		 421 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2020  diaminopimelate decarboxylase  30.26 
 
 		 421 aa  145  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0398534  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  26.98 
 
 		 418 aa  145  2e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2675  diaminopimelate decarboxylase  30.57 
 
 		 419 aa  144  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0056  diaminopimelate decarboxylase  30.51 
 
 		 424 aa  144  3e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  31.13 
 
 		 415 aa  143  5e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  31.33 
 
 		 415 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  31.33 
 
 		 415 aa  143  6e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4848  diaminopimelate decarboxylase  32.2 
 
 		 423 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0946328 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5726  diaminopimelate decarboxylase  31.25 
 
 		 416 aa  142  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1240  diaminopimelate decarboxylase  30.23 
 
 		 420 aa  141  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0790  diaminopimelate decarboxylase  29.32 
 
 		 385 aa  141  1.9999999999999998e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.867864 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3495  diaminopimelate decarboxylase  30.45 
 
 		 421 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.844313 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  31.08 
 
 		 415 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  29.9 
 
 		 414 aa  140  3e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0997  diaminopimelate decarboxylase  29.44 
 
 		 421 aa  140  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.877632  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  30.37 
 
 		 412 aa  141  3e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2802  diaminopimelate decarboxylase  29.03 
 
 		 420 aa  141  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0086  diaminopimelate decarboxylase  28.16 
 
 		 432 aa  140  3.9999999999999997e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>