More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3476 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3476  beta-lactamase  100 
 
 		 474 aa  935    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2252  beta-lactamase  28.95 
 
 		 460 aa  143  6e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  0.0203286 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1136  beta-lactamase  34.39 
 
 		 357 aa  109  8.000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.167829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0951  beta-lactamase  34.29 
 
 		 345 aa  107  5e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0224352  decreased coverage  0.0053447 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2143  beta-lactamase  28.49 
 
 		 401 aa  100  4e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.559529  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1301  beta-lactamase  34.81 
 
 		 417 aa  99.4  1e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.207216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1258  beta-lactamase  35.59 
 
 		 377 aa  95.5  2e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.775815  normal  0.0157714 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1795  beta-lactamase  30.07 
 
 		 494 aa  94.7  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.478102  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4638  beta-lactamase  29.71 
 
 		 390 aa  95.1  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3022  alkaline D-peptidase and alkaline D-peptidase fusion  28.25 
 
 		 720 aa  92.8  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0802631  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0971  beta-lactamase  29.52 
 
 		 352 aa  90.9  5e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.596257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6777  beta-lactamase  23.04 
 
 		 446 aa  89  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2207  beta-lactamase  25.15 
 
 		 404 aa  87.8  4e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124088  hitchhiker  0.00264676 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1298  beta-lactamase  28.23 
 
 		 566 aa  87  6e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3688  beta-lactamase  23.21 
 
 		 543 aa  85.5  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.011807 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2177  beta-lactamase  23.21 
 
 		 543 aa  85.5  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.816506 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0618  beta-lactamase  24.41 
 
 		 450 aa  84.7  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1755  beta-lactamase  27.61 
 
 		 450 aa  84.3  0.000000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4308  beta-lactamase  28.53 
 
 		 650 aa  80.5  0.00000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.805936  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1351  beta-lactamase class C-like protein  23.51 
 
 		 384 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.512666 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1856  beta-lactamase  28.89 
 
 		 498 aa  78.6  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2778  beta-lactamase  24.68 
 
 		 380 aa  78.2  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.701087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4637  beta-lactamase  25.99 
 
 		 491 aa  77.4  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4671  alkaline D-peptidase, putative  29.67 
 
 		 330 aa  77  0.0000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.126225  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3287  beta-lactamase  26.92 
 
 		 463 aa  75.5  0.000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0209216 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2991  beta-lactamase  29.66 
 
 		 475 aa  75.9  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12878  beta-lactamase, putative  23.28 
 
 		 504 aa  74.3  0.000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23940  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  28.47 
 
 		 378 aa  73.9  0.000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0755223  normal  0.0888544 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9203  beta-lactamase  31.9 
 
 		 635 aa  73.6  0.000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.606578 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2137  beta-lactamase  30 
 
 		 366 aa  73.6  0.000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.113996 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2573  beta-lactamase  27.21 
 
 		 476 aa  73.2  0.000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.369136  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5304  beta-lactamase  33.18 
 
 		 513 aa  73.2  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0784  beta-lactamase  27.21 
 
 		 638 aa  72.4  0.00000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.433281 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2336  beta-lactamase  26.13 
 
 		 359 aa  72.8  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2953  beta-lactamase  21.33 
 
 		 513 aa  72.4  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2481  beta-lactamase  29.49 
 
 		 359 aa  72  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13238  penicillin-binding protein, putative  22.54 
 
 		 431 aa  72  0.00000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.652866  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1876  beta-lactamase  27.82 
 
 		 493 aa  72  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2616  beta-lactamase  24.21 
 
 		 353 aa  71.2  0.00000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2550  Beta-lactamase class C and other penicillin binding protein-like protein  29.29 
 
 		 489 aa  71.2  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5142  alkaline D-peptidase  29.45 
 
 		 428 aa  71.2  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00324654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4911  beta-lactamase  33.08 
 
 		 405 aa  70.9  0.00000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366711  normal  0.312194 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0099  D-stereospecific peptide hydrolase  28.93 
 
 		 443 aa  70.5  0.00000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000129924  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3206  beta-lactamase  26.26 
 
 		 389 aa  70.5  0.00000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5618  beta-lactamase  29.46 
 
 		 456 aa  70.5  0.00000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.357665  normal  0.013094 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1664  beta-lactamase  31.14 
 
 		 348 aa  70.1  0.00000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.15284 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2997  beta-lactamase  20.47 
 
 		 513 aa  69.7  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3018  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  27.67 
 
 		 389 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.470862  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0439  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  28.43 
 
 		 392 aa  69.7  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.919528 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1439  Beta-lactamase  27.4 
 
 		 330 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0862025  normal  0.346233 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2357  beta-lactamase  32.16 
 
 		 368 aa  69.3  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3362  beta-lactamase  25.42 
 
 		 717 aa  69.7  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.450789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11747  penicillin-binding protein  26.95 
 
 		 539 aa  69.7  0.0000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.47398 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4519  beta-lactamase  27.92 
 
 		 451 aa  68.9  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.302372  normal  0.700128 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4865  beta-lactamase  31.54 
 
 		 405 aa  68.9  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00560097 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3247  beta-lactamase  23.7 
 
 		 513 aa  68.9  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0660544 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35970  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  32.87 
 
 		 582 aa  68.9  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.796833  normal  0.223324 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2038  beta-lactamase  28.77 
 
 		 378 aa  69.3  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.666233 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3749  beta-lactamase  31.36 
 
 		 380 aa  68.6  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.794636  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1465  beta-lactamase  27.65 
 
 		 657 aa  68.6  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.16455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4402  beta-lactamase  30.77 
 
 		 405 aa  68.2  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.254761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6008  beta-lactamase  30.81 
 
 		 389 aa  68.2  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2415  beta-lactamase  20.87 
 
 		 442 aa  67.8  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0834226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4058  beta-lactamase  24.92 
 
 		 405 aa  68.2  0.0000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00809672  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00323  beta-lactamase/D-alanine carboxypeptidase  35.66 
 
 		 385 aa  67.4  0.0000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2932  penicillin-binding protein  20.47 
 
 		 513 aa  67.4  0.0000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3243  beta-lactamase family protein  20.81 
 
 		 513 aa  67.4  0.0000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0636  beta-lactam binding protein AmpH  31.02 
 
 		 380 aa  67.4  0.0000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.259822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5167  beta-lactamase  27.56 
 
 		 713 aa  67.4  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.619685  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00327  hypothetical protein  35.66 
 
 		 385 aa  67.4  0.0000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3233  beta-lactamase  35.66 
 
 		 385 aa  67.4  0.0000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0439  beta-lactam binding protein AmpH  35.66 
 
 		 385 aa  67.4  0.0000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3256  beta-lactam binding protein AmpH  35.66 
 
 		 385 aa  67.4  0.0000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.896265  normal  0.574239 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0293  beta-lactam binding protein AmpH  35.66 
 
 		 385 aa  67.4  0.0000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0404  beta-lactam binding protein AmpH  35.66 
 
 		 385 aa  67.4  0.0000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0398  beta-lactam binding protein AmpH  35.66 
 
 		 385 aa  67.4  0.0000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.447104  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0448  beta-lactam binding protein AmpH  35.66 
 
 		 385 aa  67.4  0.0000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6304  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  29.83 
 
 		 420 aa  67  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.397924  normal  0.258712 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3175  beta-lactamase  26.37 
 
 		 375 aa  67  0.0000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.702373  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5714  beta-lactamase  25.79 
 
 		 446 aa  66.6  0.0000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3512  beta-lactamase  22.22 
 
 		 364 aa  66.2  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2381  alkaline D-peptidase  27.37 
 
 		 385 aa  66.2  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0825231  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01875  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  25.66 
 
 		 346 aa  65.9  0.000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6008  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  29.83 
 
 		 420 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.960624  normal  0.883146 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5567  beta-lactamase  28.57 
 
 		 351 aa  65.9  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.310819 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5715  beta-lactamase  27.17 
 
 		 437 aa  65.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1929  beta-lactamase  29.12 
 
 		 407 aa  65.9  0.000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01195  penicillin-binding protein  21.23 
 
 		 559 aa  66.2  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.119719  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6561  beta-lactamase  32.83 
 
 		 389 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.926404  normal  0.294217 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10400  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  26.69 
 
 		 421 aa  66.6  0.000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.15445  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3069  alkaline D-peptidase  25.65 
 
 		 388 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0417304  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2704  beta-lactamase  26.02 
 
 		 371 aa  65.9  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2409  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  25.82 
 
 		 388 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.37701  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3141  beta-lactamase  29.89 
 
 		 447 aa  65.5  0.000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0095  beta-lactamase  22.25 
 
 		 580 aa  65.9  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1923  beta-lactamase  29.47 
 
 		 389 aa  65.9  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0471  beta-lactam binding protein AmpH  33.13 
 
 		 385 aa  65.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.598882  normal  0.181498 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1447  beta-lactam binding protein AmpH  28.72 
 
 		 383 aa  64.7  0.000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000414942  normal  0.794569 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1776  beta-lactamase  28.21 
 
 		 390 aa  64.7  0.000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0801  beta-lactamase  29.33 
 
 		 478 aa  64.7  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.87828  normal  0.048033 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>