More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_6008 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007509  Bcep18194_C7182  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  80.95 
 
 		 420 aa  707    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0226696 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6304  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  97.86 
 
 		 420 aa  837    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.397924  normal  0.258712 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6008  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  100 
 
 		 420 aa  854    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.960624  normal  0.883146 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2538  beta-lactamase  50.41 
 
 		 416 aa  373  1e-102  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2647  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  51.91 
 
 		 429 aa  362  8e-99  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.180779  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3053  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  46.27 
 
 		 420 aa  352  8.999999999999999e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2316  beta-lactamase  47.17 
 
 		 467 aa  332  6e-90  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0048462  decreased coverage  0.0000015739 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5738  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  44.02 
 
 		 447 aa  284  3.0000000000000004e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.38713 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5360  twin-arginine translocation pathway signal  44.02 
 
 		 447 aa  282  8.000000000000001e-75  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5451  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  44.02 
 
 		 447 aa  282  8.000000000000001e-75  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0503905 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4325  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  41.49 
 
 		 405 aa  281  1e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0248121  normal  0.0483573 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4094  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  40.96 
 
 		 405 aa  278  2e-73  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4170  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  40.96 
 
 		 405 aa  278  2e-73  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4546  beta-lactamase  44.61 
 
 		 740 aa  268  2e-70  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.207661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0375  beta-lactamase  44.58 
 
 		 381 aa  264  2e-69  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0606  serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  42.65 
 
 		 438 aa  262  8e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5167  beta-lactamase  36.98 
 
 		 713 aa  216  5e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.619685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3027  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  34.62 
 
 		 406 aa  203  4e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.899556  normal  0.874043 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2587  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  34.67 
 
 		 413 aa  194  3e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.607083  normal  0.306741 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3215  beta-lactamase  34.78 
 
 		 405 aa  182  1e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000372743  hitchhiker  0.00147977 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4430  beta-lactamase  30.48 
 
 		 434 aa  167  4e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.134179 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6205  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  33.23 
 
 		 378 aa  166  5.9999999999999996e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1094  beta-lactamase  33.33 
 
 		 349 aa  159  1e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3468  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  38.79 
 
 		 415 aa  155  1e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.560934  normal  0.0158413 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3206  beta-lactamase  32.86 
 
 		 389 aa  153  5e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2537  beta-lactamase  34.29 
 
 		 393 aa  152  8.999999999999999e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630976  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0099  D-stereospecific peptide hydrolase  32.43 
 
 		 443 aa  152  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000129924  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3018  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  31.09 
 
 		 389 aa  149  6e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.470862  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2217  alkaline D-peptidase  30.4 
 
 		 388 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.66047e-16 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3030  alkaline D-peptidase  30.4 
 
 		 388 aa  147  5e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3022  alkaline D-peptidase and alkaline D-peptidase fusion  31.21 
 
 		 720 aa  146  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0802631  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0570  alkaline D-peptidase  32.65 
 
 		 370 aa  145  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.126759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0368  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  33.85 
 
 		 399 aa  144  3e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00562308  normal  0.495103 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6210  Beta-lactamase class C and other penicillin binding protein-like protein  31.85 
 
 		 391 aa  143  6e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.126759  normal  0.402021 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2043  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  29.87 
 
 		 421 aa  142  9.999999999999999e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.956781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3391  beta-lactamase  30.21 
 
 		 420 aa  140  6e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.351493 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5169  beta-lactamase  30.47 
 
 		 382 aa  139  7e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4368  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  31.62 
 
 		 416 aa  139  7.999999999999999e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041515 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1119  hypothetical protein  30.42 
 
 		 371 aa  139  8.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4155  beta-lactamase  27.43 
 
 		 378 aa  139  8.999999999999999e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.222212  normal  0.15208 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2576  putative D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  31.18 
 
 		 389 aa  139  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.145811 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3175  beta-lactamase  28.01 
 
 		 375 aa  139  1e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.702373  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2093  putative D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  30.48 
 
 		 407 aa  138  2e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2381  alkaline D-peptidase  28.31 
 
 		 385 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0825231  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3064  alkaline D-peptidase  29.25 
 
 		 388 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0312865  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3147  putative D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  29.46 
 
 		 407 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.943509  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1123  hypothetical protein  29.72 
 
 		 371 aa  137  5e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5013  alkaline D-peptidase  31.88 
 
 		 374 aa  137  5e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.394865  normal  0.0638413 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2416  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  31.92 
 
 		 411 aa  136  6.0000000000000005e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.758876  normal  0.129808 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2051  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  28.73 
 
 		 385 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.319079  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2860  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  30.48 
 
 		 385 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28769  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4727  beta-lactamase  29.62 
 
 		 366 aa  135  9.999999999999999e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8711  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  28.92 
 
 		 383 aa  135  1.9999999999999998e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0541056  normal  0.0995944 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2053  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  28.73 
 
 		 385 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00880281  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2755  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  30.15 
 
 		 388 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0494186  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8159  alkaline D-peptidase  30.75 
 
 		 375 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.533807 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3027  alkaline D-peptidase  29.36 
 
 		 388 aa  134  3e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3069  alkaline D-peptidase  29.07 
 
 		 388 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0417304  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2296  alkaline D-peptidase  28.73 
 
 		 385 aa  134  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000100431 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1969  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  32.62 
 
 		 414 aa  134  3.9999999999999996e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.980127  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2409  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  28.76 
 
 		 388 aa  133  5e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.37701  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2769  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  29.07 
 
 		 389 aa  133  6e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.48212  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2819  alkaline D-peptidase  29.07 
 
 		 388 aa  133  6.999999999999999e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118082  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3033  alkaline d-peptidase  29.07 
 
 		 388 aa  133  6.999999999999999e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.400662  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2824  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  28.38 
 
 		 388 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.130693  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3984  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  30.6 
 
 		 390 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2478  alkaline D-peptidase  28.49 
 
 		 388 aa  131  3e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.431844  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2661  alkaline d-peptidase  28.49 
 
 		 388 aa  131  3e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2440  alkaline D-peptidase (D-stereospecific peptide hydrolase)  28.49 
 
 		 388 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00540718  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2677  putative D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  28.49 
 
 		 388 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000522854 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5142  alkaline D-peptidase  29.31 
 
 		 428 aa  129  7.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00324654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3352  beta-lactamase  28.42 
 
 		 416 aa  129  8.000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.237036  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1771  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  30.12 
 
 		 380 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.1791 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4644  alkaline D-peptidase  29.46 
 
 		 397 aa  127  4.0000000000000003e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00635481  normal  0.333853 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0727  alkaline D-peptidase  29.18 
 
 		 429 aa  127  5e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0034  alkaline D-peptidase  32.73 
 
 		 392 aa  126  6e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.698522 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0278  beta-lactamase  30.77 
 
 		 406 aa  125  2e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2778  beta-lactamase  30.35 
 
 		 380 aa  125  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.701087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4765  Beta-lactamase class C and other penicillin binding protein-like protein  29.25 
 
 		 514 aa  124  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.263187 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1013  beta-lactamase  33.84 
 
 		 449 aa  123  5e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2405  beta-lactamase  30.94 
 
 		 382 aa  123  7e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.261903  hitchhiker  0.00562199 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3534  amino acid adenylation  29.76 
 
 		 2457 aa  123  7e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0544  beta-lactamase  28.84 
 
 		 578 aa  122  8e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129057 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3689  beta-lactamase  36.42 
 
 		 422 aa  123  8e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3339  beta-lactamase  29.31 
 
 		 381 aa  122  9.999999999999999e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2315  beta-lactamase  39.19 
 
 		 440 aa  120  3e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00477679  hitchhiker  0.0000358597 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5306  beta-lactamase  29.11 
 
 		 411 aa  120  3.9999999999999996e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2415  beta-lactamase  29.7 
 
 		 442 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0834226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3281  beta-lactamase  30.35 
 
 		 414 aa  119  7e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.916487  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3510  beta-lactamase  27.49 
 
 		 409 aa  119  9.999999999999999e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143562 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0504  beta-lactamase  28.88 
 
 		 409 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.35102  hitchhiker  0.00000257291 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4691  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  30.28 
 
 		 383 aa  117  3e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1072  Beta-lactamase  27.48 
 
 		 412 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2565  beta-lactamase  27.62 
 
 		 378 aa  117  5e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129252  normal  0.077085 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10404  lipoprotein lpqK  37.35 
 
 		 409 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3305  beta-lactamase  28.76 
 
 		 403 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0079678 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3254  beta-lactamase  28.76 
 
 		 403 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.655061 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1378  beta-lactamase  31.18 
 
 		 337 aa  114  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.389159  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13238  penicillin-binding protein, putative  28.42 
 
 		 431 aa  114  3e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.652866  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0618  beta-lactamase  29.01 
 
 		 450 aa  114  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>