More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_3215 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_3215  beta-lactamase  100 
 
 
405 aa  805    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000372743  hitchhiker  0.00147977 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2537  beta-lactamase  36.21 
 
 
393 aa  194  3e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630976  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2538  beta-lactamase  35.06 
 
 
416 aa  193  5e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2647  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  33.5 
 
 
429 aa  188  1e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.180779  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2316  beta-lactamase  35.19 
 
 
467 aa  188  2e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0048462  decreased coverage  0.0000015739 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6008  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  34.78 
 
 
420 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.960624  normal  0.883146 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6304  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  32.21 
 
 
420 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.397924  normal  0.258712 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7182  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  32.27 
 
 
420 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0226696 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5167  beta-lactamase  35.19 
 
 
713 aa  176  5e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.619685  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3027  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  34.81 
 
 
406 aa  175  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.899556  normal  0.874043 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4430  beta-lactamase  35.8 
 
 
434 aa  173  5.999999999999999e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.134179 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2587  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  32.45 
 
 
413 aa  171  2e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.607083  normal  0.306741 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0375  beta-lactamase  31.94 
 
 
381 aa  170  5e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4546  beta-lactamase  31.19 
 
 
740 aa  166  8e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.207661  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1094  beta-lactamase  36.57 
 
 
349 aa  160  5e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5738  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  31.23 
 
 
447 aa  158  2e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.38713 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3053  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  31.96 
 
 
420 aa  157  4e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2043  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  35.04 
 
 
421 aa  155  8e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.956781  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5360  twin-arginine translocation pathway signal  30.95 
 
 
447 aa  155  2e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5451  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  30.95 
 
 
447 aa  155  2e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0503905 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0606  serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  29.26 
 
 
438 aa  155  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3206  beta-lactamase  32.49 
 
 
389 aa  151  2e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4325  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  29.7 
 
 
405 aa  149  7e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0248121  normal  0.0483573 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6205  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  33.43 
 
 
378 aa  149  1.0000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0034  alkaline D-peptidase  35.89 
 
 
392 aa  148  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.698522 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4094  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  29.32 
 
 
405 aa  146  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4170  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  29.32 
 
 
405 aa  146  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1969  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  37.8 
 
 
414 aa  146  8.000000000000001e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.980127  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3018  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  31.64 
 
 
389 aa  145  1e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.470862  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2416  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  36.24 
 
 
411 aa  144  4e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.758876  normal  0.129808 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2093  putative D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  29.4 
 
 
407 aa  143  6e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4689  beta-lactamase  37.85 
 
 
374 aa  142  9.999999999999999e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0791767  normal  0.116144 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2819  alkaline D-peptidase  29.71 
 
 
388 aa  140  4.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118082  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2769  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  29.71 
 
 
389 aa  140  4.999999999999999e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.48212  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3033  alkaline d-peptidase  29.71 
 
 
388 aa  140  4.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.400662  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0099  D-stereospecific peptide hydrolase  32.76 
 
 
443 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000129924  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3027  alkaline D-peptidase  29.41 
 
 
388 aa  138  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1134  beta-lactamase  33.73 
 
 
459 aa  138  2e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23940  penicillin-binding protein, beta-lactamase class C  34.66 
 
 
378 aa  138  2e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0755223  normal  0.0888544 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1013  beta-lactamase  35.19 
 
 
449 aa  138  2e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3064  alkaline D-peptidase  28.92 
 
 
388 aa  138  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0312865  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3510  beta-lactamase  32.11 
 
 
409 aa  137  4e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.143562 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3534  amino acid adenylation  31.36 
 
 
2457 aa  137  5e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0727  alkaline D-peptidase  32.91 
 
 
429 aa  136  5e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2051  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  30.11 
 
 
385 aa  136  8e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.319079  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2381  alkaline D-peptidase  29.36 
 
 
385 aa  136  8e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0825231  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3069  alkaline D-peptidase  29.41 
 
 
388 aa  135  9e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0417304  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3147  putative D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  29.02 
 
 
407 aa  135  9e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.943509  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2315  beta-lactamase  31.7 
 
 
440 aa  135  9.999999999999999e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00477679  hitchhiker  0.0000358597 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2053  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  29.83 
 
 
385 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00880281  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3689  beta-lactamase  29.72 
 
 
422 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2755  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein)  29.12 
 
 
388 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0494186  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2860  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  31.13 
 
 
385 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28769  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3022  alkaline D-peptidase and alkaline D-peptidase fusion  31.41 
 
 
720 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0802631  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2296  alkaline D-peptidase  29.56 
 
 
385 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000100431 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2576  putative D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  31.07 
 
 
389 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.145811 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3175  beta-lactamase  28.8 
 
 
375 aa  133  5e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.702373  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3243  beta-lactamase  31.69 
 
 
387 aa  133  6e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3305  beta-lactamase  31.69 
 
 
403 aa  132  7.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0079678 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3254  beta-lactamase  31.69 
 
 
403 aa  132  7.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.655061 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0570  alkaline D-peptidase  34.66 
 
 
370 aa  132  1.0000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.126759  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3984  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  32.6 
 
 
390 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2217  alkaline D-peptidase  29.12 
 
 
388 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  3.66047e-16 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2824  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  28.77 
 
 
388 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.130693  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3391  beta-lactamase  31.73 
 
 
420 aa  130  3e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.351493 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6777  beta-lactamase  30.18 
 
 
446 aa  130  3e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0368  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  35.23 
 
 
399 aa  131  3e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00562308  normal  0.495103 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4644  alkaline D-peptidase  29.89 
 
 
397 aa  130  3e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00635481  normal  0.333853 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2415  beta-lactamase  31.91 
 
 
442 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0834226  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5013  alkaline D-peptidase  31.02 
 
 
374 aa  130  5.0000000000000004e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.394865  normal  0.0638413 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3030  alkaline D-peptidase  29.12 
 
 
388 aa  130  6e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0544  beta-lactamase  32.22 
 
 
578 aa  129  9.000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.129057 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0504  beta-lactamase  35.71 
 
 
409 aa  129  9.000000000000001e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.35102  hitchhiker  0.00000257291 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0278  beta-lactamase  32.62 
 
 
406 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2409  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  30.41 
 
 
388 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.37701  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1119  hypothetical protein  30.53 
 
 
371 aa  128  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2896  alkaline D-peptidase  32.71 
 
 
383 aa  127  4.0000000000000003e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.243898  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3352  beta-lactamase  33.21 
 
 
416 aa  127  5e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.237036  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4691  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  30.87 
 
 
383 aa  126  8.000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3468  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  33.08 
 
 
415 aa  125  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.560934  normal  0.0158413 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4368  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  31.89 
 
 
416 aa  125  1e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041515 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2478  alkaline D-peptidase  29.67 
 
 
388 aa  124  2e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.431844  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2677  putative D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  29.67 
 
 
388 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000522854 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2440  alkaline D-peptidase (D-stereospecific peptide hydrolase)  29.67 
 
 
388 aa  124  2e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00540718  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2661  alkaline d-peptidase  29.67 
 
 
388 aa  124  2e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1123  hypothetical protein  29.6 
 
 
371 aa  124  3e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2778  beta-lactamase  30.51 
 
 
380 aa  122  9e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.701087  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0398  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  34.16 
 
 
366 aa  122  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5306  beta-lactamase  28.84 
 
 
411 aa  121  3e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10404  lipoprotein lpqK  29.46 
 
 
409 aa  120  3e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4155  beta-lactamase  29.52 
 
 
378 aa  120  3.9999999999999996e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.222212  normal  0.15208 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4687  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  38.25 
 
 
373 aa  120  4.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4733  beta-lactamase  29.22 
 
 
403 aa  119  7e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2294  penicillin-binding protein, putative  27.12 
 
 
434 aa  119  7e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.272122  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13238  penicillin-binding protein, putative  29.37 
 
 
431 aa  119  9.999999999999999e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.652866  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2573  beta-lactamase  31.35 
 
 
476 aa  118  9.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.369136  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5169  beta-lactamase  32.93 
 
 
382 aa  118  1.9999999999999998e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3986  hypothetical protein  33.57 
 
 
369 aa  117  5e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.82683 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2717  beta-lactamase  28.88 
 
 
470 aa  116  8.999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0467  beta-lactamase  32 
 
 
381 aa  115  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.411945  decreased coverage  0.000353045 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>