More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0196 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010830  Aasi_1150  hypothetical protein  52.97 
 
 		 780 aa  816    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2189  DNA topoisomerase I  54.53 
 
 		 857 aa  776    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.824425  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0754  DNA topoisomerase I  50.32 
 
 		 788 aa  703    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1851  DNA topoisomerase I  51.6 
 
 		 839 aa  756    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3010  DNA topoisomerase I  44.78 
 
 		 783 aa  637    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.846821  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1210  DNA topoisomerase I  54.92 
 
 		 792 aa  818    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00167448  hitchhiker  0.000869825 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0334  DNA topoisomerase I  53.33 
 
 		 825 aa  769    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0196  DNA topoisomerase  100 
 
 		 835 aa  1696    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1955  DNA topoisomerase I  51.6 
 
 		 784 aa  772    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.3591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2343  DNA topoisomerase I  55.48 
 
 		 841 aa  846    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.767533 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2030  DNA topoisomerase I  50.35 
 
 		 894 aa  780    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0825092  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00715  DNA topoisomerase I  52.34 
 
 		 841 aa  763    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.446013  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2632  DNA topoisomerase I  44.89 
 
 		 797 aa  623  1e-177  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.080388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2090  DNA topoisomerase I  42.58 
 
 		 834 aa  615  1e-175  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.475207  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2277  DNA topoisomerase I  43.3 
 
 		 854 aa  611  1e-173  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0137658 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0191  DNA topoisomerase I  44.54 
 
 		 823 aa  597  1e-169  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2326  DNA topoisomerase I  42.87 
 
 		 799 aa  591  1e-167  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.240337  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3591  DNA topoisomerase I  41.88 
 
 		 824 aa  583  1.0000000000000001e-165  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.405231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1869  DNA topoisomerase I  41.13 
 
 		 815 aa  578  1.0000000000000001e-163  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1934  DNA topoisomerase I  41.24 
 
 		 815 aa  578  1.0000000000000001e-163  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04049  DNA topoisomerase I  42 
 
 		 830 aa  577  1.0000000000000001e-163  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26120  DNA topoisomerase I  40.04 
 
 		 904 aa  513  1e-144  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.650116  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3469  DNA topoisomerase I  37.81 
 
 		 891 aa  511  1e-143  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.661677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0227  DNA topoisomerase I  38.74 
 
 		 845 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0428468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25110  DNA topoisomerase I  39.58 
 
 		 868 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3660  DNA topoisomerase I  43.53 
 
 		 783 aa  509  9.999999999999999e-143  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.739108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2148  DNA topoisomerase I  39.46 
 
 		 868 aa  503  1e-141  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0485  DNA topoisomerase I  43.23 
 
 		 711 aa  499  1e-140  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4545  DNA topoisomerase I  39.55 
 
 		 926 aa  501  1e-140  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0605  DNA topoisomerase I  37.67 
 
 		 954 aa  499  1e-140  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0309  DNA topoisomerase I  38.54 
 
 		 1023 aa  498  1e-139  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.130268  normal  0.23063 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3876  DNA topoisomerase I  39.29 
 
 		 876 aa  496  1e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.198302  normal  0.779454 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14470  DNA topoisomerase I  38.99 
 
 		 868 aa  498  1e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0528  DNA topoisomerase I  43.55 
 
 		 776 aa  497  1e-139  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000697651  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1583  DNA topoisomerase I  39.05 
 
 		 868 aa  495  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.590699 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0406  DNA topoisomerase I  45.1 
 
 		 841 aa  494  9.999999999999999e-139  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.064646  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0891  DNA topoisomerase I  41.1 
 
 		 758 aa  492  9.999999999999999e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000570299  decreased coverage  1.1513e-16 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1704  DNA topoisomerase I  37.54 
 
 		 858 aa  495  9.999999999999999e-139  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.11411  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2339  DNA topoisomerase I  36.51 
 
 		 893 aa  494  9.999999999999999e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.786994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2356  DNA topoisomerase I  39.07 
 
 		 879 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0613436  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4953  DNA topoisomerase I  37 
 
 		 946 aa  493  9.999999999999999e-139  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.47647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0015  DNA topoisomerase I  44.58 
 
 		 851 aa  494  9.999999999999999e-139  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0016  DNA topoisomerase I  44.58 
 
 		 851 aa  494  9.999999999999999e-139  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.954343  normal  0.0614036 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1347  DNA topoisomerase I  45.54 
 
 		 780 aa  491  1e-137  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000873362  unclonable  0.0000000469192 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2316  DNA topoisomerase I  37.49 
 
 		 880 aa  489  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3689  DNA topoisomerase I  44.36 
 
 		 756 aa  491  1e-137  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000324271  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3266  DNA topoisomerase I  43.8 
 
 		 758 aa  491  1e-137  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000837338  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1560  DNA topoisomerase I  44.02 
 
 		 877 aa  489  1e-137  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9223  DNA topoisomerase  37.03 
 
 		 883 aa  491  1e-137  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2139  DNA topoisomerase I  43.29 
 
 		 869 aa  489  1e-136  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.124713 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3514  DNA topoisomerase I  44.93 
 
 		 869 aa  488  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3287  DNA topoisomerase I  43.23 
 
 		 870 aa  489  1e-136  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1690  DNA topoisomerase I  45.61 
 
 		 836 aa  488  1e-136  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0132784  unclonable  0.00000000244427 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4305  DNA topoisomerase I  38.04 
 
 		 1049 aa  488  1e-136  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1655  DNA topoisomerase I  43.29 
 
 		 869 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.967668  normal  0.788315 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1783  DNA topoisomerase I  43.39 
 
 		 903 aa  486  1e-136  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2001  DNA topoisomerase I  37.74 
 
 		 964 aa  487  1e-136  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1679  DNA topoisomerase I  43.29 
 
 		 869 aa  489  1e-136  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229175 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3603  DNA topoisomerase I  43.29 
 
 		 869 aa  489  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0171104  normal  0.313127 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3876  DNA topoisomerase I  38.11 
 
 		 968 aa  487  1e-136  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2197  DNA topoisomerase I  37.9 
 
 		 923 aa  484  1e-135  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.777958  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3535  DNA topoisomerase I  37.5 
 
 		 911 aa  484  1e-135  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0344  DNA topoisomerase I  37.99 
 
 		 924 aa  485  1e-135  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3340  DNA topoisomerase  40.53 
 
 		 853 aa  485  1e-135  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.1537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13675  DNA topoisomerase I  37.51 
 
 		 934 aa  481  1e-134  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.000348117  normal  0.0874905 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1430  DNA topoisomerase I  45.26 
 
 		 789 aa  482  1e-134  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000308935  decreased coverage  0.00155997 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2784  DNA topoisomerase I  37.25 
 
 		 906 aa  480  1e-134  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.782627  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0575  DNA topoisomerase I  40.56 
 
 		 1031 aa  482  1e-134  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4027  DNA topoisomerase I  38.01 
 
 		 943 aa  482  1e-134  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.563129 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1211  DNA topoisomerase I  37.3 
 
 		 849 aa  482  1e-134  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2181  DNA topoisomerase I  44.34 
 
 		 693 aa  481  1e-134  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0024842  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4389  DNA topoisomerase I  45.04 
 
 		 793 aa  482  1e-134  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00166014  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0850  DNA topoisomerase I  37.14 
 
 		 884 aa  481  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.999873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0460  DNA topoisomerase I  44.39 
 
 		 702 aa  482  1e-134  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.159815  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5396  DNA topoisomerase I  37.75 
 
 		 955 aa  477  1e-133  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.585871  normal  0.0823046 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2549  DNA topoisomerase I  43.57 
 
 		 757 aa  476  1e-133  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0550694  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1855  DNA topoisomerase I  37.9 
 
 		 880 aa  478  1e-133  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000497797 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25040  DNA topoisomerase I  37.15 
 
 		 963 aa  476  1e-133  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1102  DNA topoisomerase I  43.35 
 
 		 691 aa  477  1e-133  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000153126  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0291  DNA topoisomerase I  37.82 
 
 		 923 aa  478  1e-133  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0497  DNA topoisomerase I  38.36 
 
 		 919 aa  476  1e-133  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.324618  normal  0.923376 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2609  DNA topoisomerase I  37.9 
 
 		 880 aa  478  1e-133  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0281339  decreased coverage  0.00102405 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2489  DNA topoisomerase I  37.9 
 
 		 880 aa  478  1e-133  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.297791  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1332  DNA topoisomerase I  39.77 
 
 		 876 aa  477  1e-133  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000656424  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0378  DNA topoisomerase I  37.54 
 
 		 905 aa  476  1e-133  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.381193  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1322  DNA topoisomerase I  37.72 
 
 		 872 aa  479  1e-133  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.425671  normal  0.143441 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1223  DNA topoisomerase I  42.83 
 
 		 697 aa  474  1e-132  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0393  DNA topoisomerase I  39.36 
 
 		 884 aa  474  1e-132  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000925228  unclonable  0.0000000013775 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5182  DNA topoisomerase I  38.05 
 
 		 957 aa  476  1e-132  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00490347 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1712  DNA topoisomerase I  36.7 
 
 		 911 aa  474  1e-132  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.583112  normal  0.397735 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2496  DNA topoisomerase I  37.78 
 
 		 880 aa  475  1e-132  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1394  DNA topoisomerase I  37.68 
 
 		 941 aa  474  1e-132  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.590373 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1026  DNA topoisomerase I  43.46 
 
 		 697 aa  475  1e-132  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00786254  unclonable  0.0000000108626 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0083  DNA topoisomerase I  43.29 
 
 		 751 aa  474  1e-132  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2328  DNA topoisomerase I  37.23 
 
 		 895 aa  474  1e-132  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.664503  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2437  DNA topoisomerase I  37 
 
 		 936 aa  473  1e-132  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0547767  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07540  DNA topoisomerase I  43.89 
 
 		 691 aa  475  1e-132  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00641456  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1381  DNA topoisomerase I  42.66 
 
 		 696 aa  473  1e-132  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0659  DNA topoisomerase I  36.68 
 
 		 851 aa  474  1e-132  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.579537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4882  DNA topoisomerase I  38.05 
 
 		 957 aa  476  1e-132  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.010742 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>