More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1783 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01250  DNA topoisomerase I  65.75 
 
 		 865 aa  1198    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.856005  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2375  DNA topoisomerase I  65.75 
 
 		 865 aa  1198    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000189026  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1164  DNA topoisomerase I  63.68 
 
 		 879 aa  1177    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144967  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2139  DNA topoisomerase I  69.56 
 
 		 869 aa  1305    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.124713 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2304  DNA topoisomerase I  64.49 
 
 		 871 aa  1174    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.926517  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2015  DNA topoisomerase I  64.38 
 
 		 866 aa  1174    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00844458  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1498  DNA topoisomerase I  65.64 
 
 		 865 aa  1197    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1197  DNA topoisomerase I  62.41 
 
 		 899 aa  1125    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1904  DNA topoisomerase I  65.75 
 
 		 865 aa  1196    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.42777  hitchhiker  2.78185e-16 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2250  DNA topoisomerase I  68.47 
 
 		 880 aa  1259    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2705  DNA topoisomerase I  68.52 
 
 		 878 aa  1265    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3514  DNA topoisomerase I  70.39 
 
 		 869 aa  1317    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14470  DNA topoisomerase I  69.63 
 
 		 868 aa  1314    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2609  DNA topoisomerase I  68.47 
 
 		 880 aa  1262    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0281339  decreased coverage  0.00102405 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3287  DNA topoisomerase I  70.27 
 
 		 870 aa  1313    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1660  DNA topoisomerase I  59.5 
 
 		 892 aa  1080    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000915276  normal  0.794129 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1803  DNA topoisomerase I  66.93 
 
 		 906 aa  1222    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0789615  hitchhiker  0.0000387309 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2162  DNA topoisomerase I  64.6 
 
 		 867 aa  1187    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.010806  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2033  DNA topoisomerase I  64.72 
 
 		 871 aa  1180    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2148  DNA topoisomerase I  69.52 
 
 		 868 aa  1309    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2841  DNA topoisomerase I  66.63 
 
 		 889 aa  1211    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.598505  hitchhiker  0.00000400834 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2489  DNA topoisomerase I  68.47 
 
 		 880 aa  1262    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.297791  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3876  DNA topoisomerase I  69.86 
 
 		 876 aa  1320    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.198302  normal  0.779454 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2354  DNA topoisomerase I  65.75 
 
 		 865 aa  1198    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.01053  unclonable  0.0000000472675 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1906  DNA topoisomerase I  65.75 
 
 		 865 aa  1197    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.176274  hitchhiker  0.000000000000101765 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02352  DNA topoisomerase I  66.25 
 
 		 886 aa  1200    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.346512  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2496  DNA topoisomerase I  68.47 
 
 		 880 aa  1264    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2657  DNA topoisomerase I  65.37 
 
 		 865 aa  1180    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000104499  unclonable  0.0000000870588 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3603  DNA topoisomerase I  69.56 
 
 		 869 aa  1305    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0171104  normal  0.313127 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1846  DNA topoisomerase I  65.75 
 
 		 865 aa  1197    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.996923  normal  0.0120486 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1855  DNA topoisomerase I  68.47 
 
 		 880 aa  1262    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000497797 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1924  DNA topoisomerase I  64 
 
 		 868 aa  1162    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.25353  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1614  DNA topoisomerase I  65.75 
 
 		 865 aa  1197    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.848842  hitchhiker  0.000000000000466003 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01574  DNA topoisomerase I  62.93 
 
 		 876 aa  1164    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01260  hypothetical protein  65.75 
 
 		 865 aa  1198    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.742047  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2114  DNA topoisomerase I  71.38 
 
 		 875 aa  1325    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000002449 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1535  DNA topoisomerase I  67.43 
 
 		 896 aa  1223    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.351865  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2196  DNA topoisomerase I  64.6 
 
 		 865 aa  1176    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.735168  unclonable  0.00000487546 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1783  DNA topoisomerase I  100 
 
 		 903 aa  1879    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2328  DNA topoisomerase I  68.44 
 
 		 895 aa  1249    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.664503  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1560  DNA topoisomerase I  69.97 
 
 		 877 aa  1282    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2316  DNA topoisomerase I  64.83 
 
 		 866 aa  1177    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.105291  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1901  DNA topoisomerase I  59.73 
 
 		 896 aa  1084    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.164413  normal  0.306298 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0302  DNA topoisomerase I  53.81 
 
 		 857 aa  983    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003948  DNA topoisomerase I  62.7 
 
 		 876 aa  1162    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0644345  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1146  DNA topoisomerase I  70.68 
 
 		 879 aa  1326    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.368466  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1383  DNA topoisomerase I  65.75 
 
 		 865 aa  1198    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2356  DNA topoisomerase I  65.5 
 
 		 879 aa  1198    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0613436  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1679  DNA topoisomerase I  69.67 
 
 		 869 aa  1306    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229175 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1923  DNA topoisomerase I  64.72 
 
 		 871 aa  1180    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0924763  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0914  DNA topoisomerase I  62.08 
 
 		 868 aa  1120    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1585  DNA topoisomerase I  68.29 
 
 		 894 aa  1262    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.328544  normal  0.0409432 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1660  DNA topoisomerase I  68.44 
 
 		 894 aa  1259    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.367793  unclonable  0.0000368554 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1474  DNA topoisomerase I  65.75 
 
 		 865 aa  1196    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00320061  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2478  DNA topoisomerase I  68.58 
 
 		 895 aa  1248    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0393  DNA topoisomerase I  60.59 
 
 		 884 aa  1093    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000925228  unclonable  0.0000000013775 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25110  DNA topoisomerase I  69.41 
 
 		 868 aa  1309    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1841  DNA topoisomerase I  65.64 
 
 		 865 aa  1194    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.253396  hitchhiker  0.0000000000877757 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1857  DNA topoisomerase I  65.75 
 
 		 865 aa  1197    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.2475e-18 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2224  DNA topoisomerase I  67.51 
 
 		 898 aa  1209    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.648811  hitchhiker  0.00821912 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1729  DNA topoisomerase I  68.63 
 
 		 894 aa  1266    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0724746 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1583  DNA topoisomerase I  71.35 
 
 		 868 aa  1328    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.590699 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1655  DNA topoisomerase I  69.33 
 
 		 869 aa  1299    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.967668  normal  0.788315 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1322  DNA topoisomerase I  68.38 
 
 		 872 aa  1254    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.425671  normal  0.143441 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1432  DNA topoisomerase I  65.75 
 
 		 865 aa  1196    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0283977  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1971  DNA topoisomerase I  63.22 
 
 		 883 aa  1147    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.819086  normal  0.697086 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1332  DNA topoisomerase I  62.81 
 
 		 876 aa  1154    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000656424  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2693  DNA topoisomerase I  41.87 
 
 		 813 aa  554  1e-156  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.305019  normal  0.0402807 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3340  DNA topoisomerase  41.83 
 
 		 853 aa  550  1e-155  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.1537  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07540  DNA topoisomerase I  42.06 
 
 		 691 aa  546  1e-154  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00641456  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1381  DNA topoisomerase I  41.13 
 
 		 695 aa  545  1e-153  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.500118 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2699  DNA topoisomerase  42.5 
 
 		 831 aa  541  9.999999999999999e-153  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.737668  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4636  DNA topoisomerase I  39.79 
 
 		 894 aa  542  9.999999999999999e-153  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2885  DNA topoisomerase I  42.23 
 
 		 831 aa  536  1e-151  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.106774  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2792  DNA topoisomerase I  42.42 
 
 		 831 aa  538  1e-151  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0208029  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0213  DNA topoisomerase I  40.77 
 
 		 767 aa  537  1e-151  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00304522  normal  0.312261 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4389  DNA topoisomerase I  39.9 
 
 		 793 aa  531  1e-149  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00166014  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0011  DNA topoisomerase I  41.02 
 
 		 760 aa  531  1e-149  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1984  DNA topoisomerase I  39.58 
 
 		 710 aa  531  1e-149  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.073944  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1026  DNA topoisomerase I  39.79 
 
 		 697 aa  529  1e-148  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00786254  unclonable  0.0000000108626 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1700  DNA topoisomerase I  40.5 
 
 		 693 aa  523  1e-147  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00616947  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0083  DNA topoisomerase I  38.42 
 
 		 751 aa  523  1e-147  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2069  DNA topoisomerase I  42.36 
 
 		 758 aa  523  1e-147  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0485  DNA topoisomerase I  40.81 
 
 		 711 aa  523  1e-147  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0106  DNA topoisomerase I  40.92 
 
 		 747 aa  519  1e-146  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0840  DNA topoisomerase  39.24 
 
 		 694 aa  522  1e-146  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000150599  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1347  DNA topoisomerase I  41.26 
 
 		 780 aa  520  1e-146  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000873362  unclonable  0.0000000469192 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0161  DNA topoisomerase I  40.24 
 
 		 695 aa  516  1.0000000000000001e-145  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1381  DNA topoisomerase I  39.56 
 
 		 696 aa  516  1.0000000000000001e-145  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2296  DNA topoisomerase I  40.97 
 
 		 704 aa  519  1.0000000000000001e-145  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1690  DNA topoisomerase I  41.15 
 
 		 836 aa  515  1e-144  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0132784  unclonable  0.00000000244427 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0460  DNA topoisomerase I  39.71 
 
 		 702 aa  513  1e-144  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.159815  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1223  DNA topoisomerase I  38.61 
 
 		 697 aa  514  1e-144  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0171  DNA topoisomerase I  39.47 
 
 		 743 aa  514  1e-144  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1430  DNA topoisomerase I  40.68 
 
 		 789 aa  511  1e-143  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000308935  decreased coverage  0.00155997 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0571  DNA topoisomerase I  41.09 
 
 		 702 aa  510  1e-143  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2181  DNA topoisomerase I  39.59 
 
 		 693 aa  511  1e-143  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0024842  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1854  DNA topoisomerase I  39.66 
 
 		 700 aa  506  9.999999999999999e-143  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1678  DNA topoisomerase I  39.92 
 
 		 700 aa  508  9.999999999999999e-143  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2741  DNA topoisomerase I  40.44 
 
 		 746 aa  506  9.999999999999999e-143  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.123661  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>