More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1955 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1210  DNA topoisomerase I  57.6 
 
 		 792 aa  862    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00167448  hitchhiker  0.000869825 
 
 
-
 
NC_002950  PG0754  DNA topoisomerase I  53.64 
 
 		 788 aa  769    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0196  DNA topoisomerase  51.13 
 
 		 835 aa  776    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00715  DNA topoisomerase I  56.7 
 
 		 841 aa  835    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.446013  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2343  DNA topoisomerase I  56.98 
 
 		 841 aa  837    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.767533 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1150  hypothetical protein  54.76 
 
 		 780 aa  800    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1955  DNA topoisomerase I  100 
 
 		 784 aa  1609    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.3591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2189  DNA topoisomerase I  59.71 
 
 		 857 aa  893    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.824425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1851  DNA topoisomerase I  56.91 
 
 		 839 aa  804    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0334  DNA topoisomerase I  56.04 
 
 		 825 aa  812    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2030  DNA topoisomerase I  52.7 
 
 		 894 aa  816    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0825092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1869  DNA topoisomerase I  44.35 
 
 		 815 aa  615  1e-175  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3591  DNA topoisomerase I  45.92 
 
 		 824 aa  618  1e-175  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.405231  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1934  DNA topoisomerase I  44.67 
 
 		 815 aa  613  9.999999999999999e-175  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04049  DNA topoisomerase I  44.92 
 
 		 830 aa  611  1e-173  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2277  DNA topoisomerase I  43.63 
 
 		 854 aa  605  9.999999999999999e-173  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0137658 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3010  DNA topoisomerase I  42.81 
 
 		 783 aa  603  1.0000000000000001e-171  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.846821  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2090  DNA topoisomerase I  43.53 
 
 		 834 aa  604  1.0000000000000001e-171  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.475207  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0191  DNA topoisomerase I  42.68 
 
 		 823 aa  600  1e-170  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2326  DNA topoisomerase I  42.42 
 
 		 799 aa  592  1e-168  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.240337  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2632  DNA topoisomerase I  43.17 
 
 		 797 aa  587  1e-166  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.080388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0309  DNA topoisomerase I  38.87 
 
 		 1023 aa  514  1e-144  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.130268  normal  0.23063 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3266  DNA topoisomerase I  42.99 
 
 		 758 aa  499  1e-140  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000837338  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9223  DNA topoisomerase  37.67 
 
 		 883 aa  502  1e-140  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3469  DNA topoisomerase I  37.78 
 
 		 891 aa  501  1e-140  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.661677  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4953  DNA topoisomerase I  37.47 
 
 		 946 aa  496  1e-139  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.47647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0891  DNA topoisomerase I  41.77 
 
 		 758 aa  493  9.999999999999999e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000570299  decreased coverage  1.1513e-16 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_624  topoisomerase IA  43.55 
 
 		 703 aa  493  9.999999999999999e-139  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3689  DNA topoisomerase I  44.2 
 
 		 756 aa  491  1e-137  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000324271  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1700  DNA topoisomerase I  44.14 
 
 		 693 aa  490  1e-137  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00616947  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2001  DNA topoisomerase I  36.83 
 
 		 964 aa  489  1e-137  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2197  DNA topoisomerase I  37.85 
 
 		 923 aa  492  1e-137  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.777958  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0485  DNA topoisomerase I  41.74 
 
 		 711 aa  489  1e-137  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3437  DNA topoisomerase I  38.41 
 
 		 872 aa  489  1e-137  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.500167 
 
 
-
 
NC_002936  DET0717  DNA topoisomerase I  43.4 
 
 		 703 aa  489  1e-136  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0604415  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0406  DNA topoisomerase I  44.58 
 
 		 841 aa  488  1e-136  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.064646  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2784  DNA topoisomerase I  37.29 
 
 		 906 aa  483  1e-135  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.782627  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1146  DNA topoisomerase I  43.9 
 
 		 879 aa  484  1e-135  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.368466  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1416  DNA topoisomerase I  38.8 
 
 		 883 aa  485  1e-135  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2711  DNA topoisomerase I  42.75 
 
 		 779 aa  484  1e-135  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000391579  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1282  DNA topoisomerase I  36.05 
 
 		 867 aa  484  1e-135  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.390974  normal  0.233625 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1335  DNA topoisomerase I  42.7 
 
 		 691 aa  481  1e-134  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.419976  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1310  DNA topoisomerase I  42.7 
 
 		 691 aa  481  1e-134  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2316  DNA topoisomerase I  37.09 
 
 		 880 aa  479  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4305  DNA topoisomerase I  35.23 
 
 		 1049 aa  480  1e-134  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2200  DNA topoisomerase I  37.27 
 
 		 895 aa  480  1e-134  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.170187  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1529  DNA topoisomerase I  42.45 
 
 		 779 aa  480  1e-134  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  6.23259e-34 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2831  DNA topoisomerase I  36.06 
 
 		 894 aa  480  1e-134  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.442826 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3660  DNA topoisomerase I  42.27 
 
 		 783 aa  481  1e-134  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.739108  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0344  DNA topoisomerase I  37.39 
 
 		 924 aa  478  1e-133  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0605  DNA topoisomerase I  36.95 
 
 		 954 aa  476  1e-133  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0010  DNA topoisomerase I  37.67 
 
 		 857 aa  477  1e-133  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.301606 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3914  DNA topoisomerase I  37.82 
 
 		 901 aa  477  1e-133  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.445243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0227  DNA topoisomerase I  36.61 
 
 		 845 aa  477  1e-133  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0428468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1984  DNA topoisomerase I  41.41 
 
 		 710 aa  476  1e-133  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.073944  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1972  DNA topoisomerase I  37.97 
 
 		 898 aa  476  1e-133  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2549  DNA topoisomerase I  42.79 
 
 		 757 aa  475  1e-132  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0550694  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0816  DNA topoisomerase I  42.22 
 
 		 689 aa  474  1e-132  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.996687  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0604  DNA topoisomerase I  36.03 
 
 		 877 aa  473  1e-132  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0932  DNA topoisomerase I  35.29 
 
 		 914 aa  475  1e-132  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231933  normal  0.891499 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1026  DNA topoisomerase I  41.43 
 
 		 697 aa  475  1e-132  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00786254  unclonable  0.0000000108626 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3340  DNA topoisomerase  40.86 
 
 		 853 aa  473  1e-132  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.1537  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0291  DNA topoisomerase I  37.27 
 
 		 923 aa  474  1e-132  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1223  DNA topoisomerase I  41.5 
 
 		 697 aa  474  1e-132  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1387  DNA topoisomerase I  35.54 
 
 		 884 aa  475  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.903307  normal  0.17492 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4027  DNA topoisomerase I  37.09 
 
 		 943 aa  473  1e-132  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.563129 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2181  DNA topoisomerase I  43.96 
 
 		 693 aa  473  1e-132  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0024842  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0652  DNA topoisomerase I  43.25 
 
 		 703 aa  474  1e-132  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.957627  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3671  DNA topoisomerase I  35.62 
 
 		 885 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3684  DNA topoisomerase I  43.27 
 
 		 692 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0116868  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3592  DNA topoisomerase I  43.27 
 
 		 692 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00080901  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0015  DNA topoisomerase I  41.89 
 
 		 851 aa  469  1.0000000000000001e-131  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1381  DNA topoisomerase I  41.5 
 
 		 696 aa  470  1.0000000000000001e-131  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26120  DNA topoisomerase I  37.83 
 
 		 904 aa  469  1.0000000000000001e-131  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.650116  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3971  DNA topoisomerase I  43.27 
 
 		 692 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000571341  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1704  DNA topoisomerase I  37.09 
 
 		 858 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.11411  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1803  DNA topoisomerase I  35.8 
 
 		 859 aa  471  1.0000000000000001e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.120095  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3845  DNA topoisomerase I  43.27 
 
 		 692 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.270330000000001e-60 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0016  DNA topoisomerase I  41.89 
 
 		 851 aa  469  1.0000000000000001e-131  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.954343  normal  0.0614036 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0846  DNA topoisomerase I  37.94 
 
 		 877 aa  469  1.0000000000000001e-131  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0873  DNA topoisomerase I  37.94 
 
 		 877 aa  469  9.999999999999999e-131  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.143011 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3574  DNA topoisomerase I  43.12 
 
 		 692 aa  469  9.999999999999999e-131  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000026995  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1312  DNA topoisomerase I  43.43 
 
 		 692 aa  466  9.999999999999999e-131  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000876522  unclonable  7.60195e-25 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1211  DNA topoisomerase I  35.12 
 
 		 849 aa  467  9.999999999999999e-131  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0528  DNA topoisomerase I  40.21 
 
 		 776 aa  468  9.999999999999999e-131  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000697651  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3875  DNA topoisomerase I  43.27 
 
 		 692 aa  464  1e-129  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000221974  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3931  DNA topoisomerase I  43.27 
 
 		 692 aa  462  1e-129  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000332787  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0657  DNA topoisomerase I  34.88 
 
 		 913 aa  464  1e-129  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13675  DNA topoisomerase I  36.81 
 
 		 934 aa  462  1e-129  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.000348117  normal  0.0874905 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5182  DNA topoisomerase I  36.87 
 
 		 957 aa  462  1e-129  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00490347 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1394  DNA topoisomerase I  36.99 
 
 		 941 aa  464  1e-129  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.590373 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0569  DNA topoisomerase I  35.69 
 
 		 877 aa  464  1e-129  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0597  DNA topoisomerase I  38.88 
 
 		 899 aa  463  1e-129  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.577445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3656  DNA topoisomerase I  43.79 
 
 		 692 aa  463  1e-129  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000216314  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3717  DNA topoisomerase I  41.92 
 
 		 696 aa  463  1e-129  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000589001  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4796  DNA topoisomerase I  36.87 
 
 		 957 aa  462  1e-129  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3880  DNA topoisomerase I  43.12 
 
 		 692 aa  462  1e-129  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000115411  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2056  DNA topoisomerase I  42.72 
 
 		 706 aa  462  1e-129  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3847  DNA topoisomerase I  35.58 
 
 		 977 aa  464  1e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0674028 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4882  DNA topoisomerase I  36.87 
 
 		 957 aa  462  1e-129  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.010742 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>