More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2189 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PG0754  DNA topoisomerase I  55.11 
 
 		 788 aa  791    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2030  DNA topoisomerase I  53.21 
 
 		 894 aa  882    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0825092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1150  hypothetical protein  55.89 
 
 		 780 aa  845    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2189  DNA topoisomerase I  100 
 
 		 857 aa  1754    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.824425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0196  DNA topoisomerase  54.53 
 
 		 835 aa  776    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00715  DNA topoisomerase I  59.51 
 
 		 841 aa  965    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.446013  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1210  DNA topoisomerase I  57.9 
 
 		 792 aa  871    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00167448  hitchhiker  0.000869825 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1955  DNA topoisomerase I  59.44 
 
 		 784 aa  879    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.3591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2343  DNA topoisomerase I  60.45 
 
 		 841 aa  882    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.767533 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1851  DNA topoisomerase I  59.57 
 
 		 839 aa  941    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0334  DNA topoisomerase I  60.33 
 
 		 825 aa  962    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2090  DNA topoisomerase I  44.5 
 
 		 834 aa  619  1e-176  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.475207  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2326  DNA topoisomerase I  45 
 
 		 799 aa  611  1e-173  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.240337  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1934  DNA topoisomerase I  44.17 
 
 		 815 aa  603  1.0000000000000001e-171  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1869  DNA topoisomerase I  44.14 
 
 		 815 aa  602  1e-170  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2632  DNA topoisomerase I  42.84 
 
 		 797 aa  595  1e-168  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.080388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3591  DNA topoisomerase I  43.99 
 
 		 824 aa  592  1e-167  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.405231  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0191  DNA topoisomerase I  42.82 
 
 		 823 aa  586  1e-166  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2277  DNA topoisomerase I  44.01 
 
 		 854 aa  585  1.0000000000000001e-165  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0137658 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04049  DNA topoisomerase I  42.73 
 
 		 830 aa  582  1.0000000000000001e-165  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3010  DNA topoisomerase I  41.87 
 
 		 783 aa  563  1.0000000000000001e-159  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.846821  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0227  DNA topoisomerase I  40.14 
 
 		 845 aa  531  1e-149  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0428468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1354  DNA topoisomerase I  38.43 
 
 		 849 aa  516  1.0000000000000001e-145  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.75959  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3469  DNA topoisomerase I  38.26 
 
 		 891 aa  516  1.0000000000000001e-145  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.661677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1282  DNA topoisomerase I  37.65 
 
 		 867 aa  510  1e-143  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.390974  normal  0.233625 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0309  DNA topoisomerase I  39.21 
 
 		 1023 aa  507  9.999999999999999e-143  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.130268  normal  0.23063 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2200  DNA topoisomerase I  38.27 
 
 		 895 aa  508  9.999999999999999e-143  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.170187  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9223  DNA topoisomerase  38.59 
 
 		 883 aa  509  9.999999999999999e-143  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3417  DNA topoisomerase I  35.69 
 
 		 961 aa  503  1e-141  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0414891  normal  0.668216 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1387  DNA topoisomerase I  37.39 
 
 		 884 aa  504  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.903307  normal  0.17492 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2316  DNA topoisomerase I  37.91 
 
 		 880 aa  504  1e-141  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0604  DNA topoisomerase I  37.19 
 
 		 877 aa  502  1e-140  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3671  DNA topoisomerase I  37.62 
 
 		 885 aa  502  1e-140  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0485  DNA topoisomerase I  43.38 
 
 		 711 aa  501  1e-140  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2831  DNA topoisomerase I  36.87 
 
 		 894 aa  500  1e-140  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.442826 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3266  DNA topoisomerase I  45.38 
 
 		 758 aa  499  1e-140  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000837338  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0850  DNA topoisomerase I  38.13 
 
 		 884 aa  496  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.999873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0569  DNA topoisomerase I  36.97 
 
 		 877 aa  497  1e-139  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0932  DNA topoisomerase I  36.54 
 
 		 914 aa  494  9.999999999999999e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231933  normal  0.891499 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2784  DNA topoisomerase I  38.31 
 
 		 906 aa  494  9.999999999999999e-139  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.782627  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2178  DNA topoisomerase I  37.71 
 
 		 884 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0891  DNA topoisomerase I  42.47 
 
 		 758 aa  495  9.999999999999999e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000570299  decreased coverage  1.1513e-16 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3689  DNA topoisomerase I  40.9 
 
 		 756 aa  495  9.999999999999999e-139  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000324271  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0750  DNA topoisomerase I  36.57 
 
 		 820 aa  493  9.999999999999999e-139  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1756  DNA topoisomerase I  37.35 
 
 		 904 aa  494  9.999999999999999e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3660  DNA topoisomerase I  40.49 
 
 		 783 aa  495  9.999999999999999e-139  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.739108  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0659  DNA topoisomerase I  38.25 
 
 		 851 aa  495  9.999999999999999e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.579537  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0575  DNA topoisomerase I  37.29 
 
 		 1031 aa  490  1e-137  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1295  DNA topoisomerase I  36.2 
 
 		 884 aa  492  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.722616  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1690  DNA topoisomerase I  42.3 
 
 		 836 aa  489  1e-137  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0132784  unclonable  0.00000000244427 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1430  DNA topoisomerase I  45.21 
 
 		 789 aa  491  1e-137  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000308935  decreased coverage  0.00155997 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4953  DNA topoisomerase I  37.69 
 
 		 946 aa  491  1e-137  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.47647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3202  DNA topoisomerase I  37.04 
 
 		 915 aa  491  1e-137  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4305  DNA topoisomerase I  37.4 
 
 		 1049 aa  492  1e-137  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3847  DNA topoisomerase I  35.99 
 
 		 977 aa  489  1e-137  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0674028 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3340  DNA topoisomerase  40.82 
 
 		 853 aa  487  1e-136  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.1537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2339  DNA topoisomerase I  35.71 
 
 		 893 aa  487  1e-136  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.786994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4389  DNA topoisomerase I  39.83 
 
 		 793 aa  486  1e-136  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00166014  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1712  DNA topoisomerase I  36.99 
 
 		 911 aa  484  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.583112  normal  0.397735 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2419  DNA topoisomerase I  37.44 
 
 		 911 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0527527  normal  0.116125 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4027  DNA topoisomerase I  37.01 
 
 		 943 aa  485  1e-135  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.563129 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1529  DNA topoisomerase I  43.24 
 
 		 779 aa  483  1e-135  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  6.23259e-34 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2711  DNA topoisomerase I  43.09 
 
 		 779 aa  484  1e-135  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000391579  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2549  DNA topoisomerase I  41.46 
 
 		 757 aa  481  1e-134  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0550694  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0605  DNA topoisomerase I  36.56 
 
 		 954 aa  479  1e-134  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2839  DNA topoisomerase I  43.12 
 
 		 768 aa  482  1e-134  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0344  DNA topoisomerase I  41.08 
 
 		 924 aa  479  1e-134  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0497  DNA topoisomerase I  36.66 
 
 		 919 aa  479  1e-134  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.324618  normal  0.923376 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1347  DNA topoisomerase I  42.72 
 
 		 780 aa  482  1e-134  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000873362  unclonable  0.0000000469192 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2437  DNA topoisomerase I  37.1 
 
 		 936 aa  481  1e-134  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0547767  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2001  DNA topoisomerase I  37.36 
 
 		 964 aa  482  1e-134  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1211  DNA topoisomerase I  37.94 
 
 		 849 aa  482  1e-134  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3355  DNA topoisomerase I  38.96 
 
 		 911 aa  481  1e-134  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26120  DNA topoisomerase I  39.5 
 
 		 904 aa  482  1e-134  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.650116  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1146  DNA topoisomerase I  41.79 
 
 		 879 aa  478  1e-133  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.368466  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0010  DNA topoisomerase I  37.91 
 
 		 857 aa  478  1e-133  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.301606 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3437  DNA topoisomerase I  36.18 
 
 		 872 aa  478  1e-133  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.500167 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3149  DNA topoisomerase I  37.98 
 
 		 912 aa  476  1e-133  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1803  DNA topoisomerase I  38.4 
 
 		 859 aa  477  1e-133  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.120095  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1394  DNA topoisomerase I  37.17 
 
 		 941 aa  476  1e-133  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.590373 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3033  DNA topoisomerase I  37.3 
 
 		 914 aa  478  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.298843  normal  0.412116 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4545  DNA topoisomerase I  37.93 
 
 		 926 aa  476  1e-133  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1984  DNA topoisomerase I  42.81 
 
 		 710 aa  476  1e-133  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.073944  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1102  DNA topoisomerase I  45.24 
 
 		 691 aa  476  1e-133  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000153126  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13675  DNA topoisomerase I  36.42 
 
 		 934 aa  476  1e-133  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.000348117  normal  0.0874905 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0378  DNA topoisomerase I  37.3 
 
 		 905 aa  479  1e-133  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.381193  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3308  DNA topoisomerase I  36.1 
 
 		 910 aa  473  1e-132  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.603325 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5182  DNA topoisomerase I  40.32 
 
 		 957 aa  473  1e-132  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00490347 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0323  DNA topoisomerase I  36.11 
 
 		 820 aa  475  1e-132  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0218677  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4733  DNA topoisomerase I  37.91 
 
 		 916 aa  475  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.767724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0406  DNA topoisomerase I  43.26 
 
 		 841 aa  474  1e-132  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.064646  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35810  DNA topoisomerase I  36.34 
 
 		 921 aa  475  1e-132  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.203227 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02352  DNA topoisomerase I  44.23 
 
 		 886 aa  475  1e-132  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.346512  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0460  DNA topoisomerase I  42.9 
 
 		 702 aa  474  1e-132  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.159815  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2239  DNA topoisomerase I  37.59 
 
 		 922 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0515029  normal  0.0535493 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3914  DNA topoisomerase I  36.21 
 
 		 901 aa  475  1e-132  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.445243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1310  DNA topoisomerase I  42.79 
 
 		 691 aa  473  1e-132  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1335  DNA topoisomerase I  42.79 
 
 		 691 aa  473  1e-132  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.419976  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0528  DNA topoisomerase I  43.3 
 
 		 776 aa  473  1e-132  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000697651  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4882  DNA topoisomerase I  40.32 
 
 		 957 aa  473  1e-132  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.010742 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>