More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4305 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_2197  DNA topoisomerase I  57.93 
 
 		 923 aa  978    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.777958  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18080  DNA topoisomerase I  56.29 
 
 		 944 aa  960    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06301  DNA topoisomerase I  46.79 
 
 		 916 aa  716    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.059761 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3274  DNA topoisomerase I  47.99 
 
 		 910 aa  769    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.384669 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9223  DNA topoisomerase  62.5 
 
 		 883 aa  1083    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1276  topoisomerase I  50.52 
 
 		 1028 aa  856    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04601  DNA topoisomerase I  44.4 
 
 		 868 aa  673    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13675  DNA topoisomerase I  61.32 
 
 		 934 aa  1067    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.000348117  normal  0.0874905 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04911  DNA topoisomerase I  45.37 
 
 		 868 aa  672    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.425235  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3469  DNA topoisomerase I  62.46 
 
 		 891 aa  1087    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.661677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35810  DNA topoisomerase I  62.46 
 
 		 921 aa  1125    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.203227 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3149  DNA topoisomerase I  56.76 
 
 		 912 aa  988    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0309  DNA topoisomerase I  80.19 
 
 		 1023 aa  1518    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.130268  normal  0.23063 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2784  DNA topoisomerase I  64.51 
 
 		 906 aa  1123    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.782627  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1768  DNA topoisomerase I  44.72 
 
 		 968 aa  708    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0575  DNA topoisomerase I  61.73 
 
 		 1031 aa  888    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0605  DNA topoisomerase I  65.93 
 
 		 954 aa  1139    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0030  DNA topoisomerase I  48.65 
 
 		 881 aa  763    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2200  DNA topoisomerase I  47.65 
 
 		 895 aa  760    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.170187  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25040  DNA topoisomerase I  52.19 
 
 		 963 aa  922    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04981  DNA topoisomerase I  45.05 
 
 		 870 aa  669    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.225706  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1765  DNA topoisomerase I  49.83 
 
 		 899 aa  741    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.125266  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0597  DNA topoisomerase I  49.33 
 
 		 899 aa  744    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.577445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0487  DNA topoisomerase I  57.43 
 
 		 963 aa  969    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.957852  decreased coverage  0.00303001 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0571  DNA topoisomerase I  58.59 
 
 		 907 aa  959    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.600151  hitchhiker  0.00349746 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0846  DNA topoisomerase I  49.32 
 
 		 877 aa  770    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0435  DNA topoisomerase I  45.61 
 
 		 868 aa  665    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1416  DNA topoisomerase I  48.8 
 
 		 883 aa  761    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4408  DNA topoisomerase I  62.39 
 
 		 949 aa  1067    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0610462 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4305  DNA topoisomerase I  100 
 
 		 1049 aa  2092    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1921  DNA topoisomerase I  54.77 
 
 		 850 aa  878    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0497  DNA topoisomerase I  63.15 
 
 		 919 aa  1078    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.324618  normal  0.923376 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1704  DNA topoisomerase I  50.4 
 
 		 858 aa  771    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.11411  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04331  DNA topoisomerase I  47.37 
 
 		 899 aa  714    Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0369496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4027  DNA topoisomerase I  63.41 
 
 		 943 aa  1097    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.563129 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0873  DNA topoisomerase I  49.32 
 
 		 877 aa  771    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.143011 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2001  DNA topoisomerase I  55.92 
 
 		 964 aa  980    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4796  DNA topoisomerase I  61.14 
 
 		 957 aa  1064    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0291  DNA topoisomerase I  63.31 
 
 		 923 aa  1119    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0344  DNA topoisomerase I  58.19 
 
 		 924 aa  982    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0027  DNA topoisomerase I  49.34 
 
 		 874 aa  816    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0657  DNA topoisomerase I  57.72 
 
 		 913 aa  988    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4953  DNA topoisomerase I  64.99 
 
 		 946 aa  1152    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.47647  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8444  DNA topoisomerase I  59.83 
 
 		 944 aa  1022    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0264145 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1394  DNA topoisomerase I  61.13 
 
 		 941 aa  1074    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.590373 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5182  DNA topoisomerase I  61.14 
 
 		 957 aa  1064    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00490347 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3876  DNA topoisomerase I  59.24 
 
 		 968 aa  1031    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04911  DNA topoisomerase I  44.93 
 
 		 968 aa  708    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.624674 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3355  DNA topoisomerase I  56.2 
 
 		 911 aa  973    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1273  DNA topoisomerase  50.21 
 
 		 948 aa  848    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.188892 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1972  DNA topoisomerase I  59.91 
 
 		 898 aa  1038    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4545  DNA topoisomerase I  62.42 
 
 		 926 aa  1054    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0738  DNA topoisomerase I  61.5 
 
 		 978 aa  1080    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32680  DNA topoisomerase I  56.37 
 
 		 962 aa  979    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0378  DNA topoisomerase I  59.47 
 
 		 905 aa  988    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.381193  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4882  DNA topoisomerase I  61.14 
 
 		 957 aa  1064    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.010742 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2193  DNA topoisomerase I  48.93 
 
 		 883 aa  776    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5396  DNA topoisomerase I  60.28 
 
 		 955 aa  1065    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.585871  normal  0.0823046 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3437  DNA topoisomerase I  50.67 
 
 		 872 aa  819    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.500167 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26120  DNA topoisomerase I  55.34 
 
 		 904 aa  954    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.650116  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2831  DNA topoisomerase I  40.57 
 
 		 894 aa  572  1e-161  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.442826 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1354  DNA topoisomerase I  40.11 
 
 		 849 aa  557  1e-157  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.75959  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3914  DNA topoisomerase I  40.32 
 
 		 901 aa  548  1e-154  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.445243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1756  DNA topoisomerase I  39.53 
 
 		 904 aa  542  9.999999999999999e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0932  DNA topoisomerase I  38.89 
 
 		 914 aa  532  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.231933  normal  0.891499 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1387  DNA topoisomerase I  38.62 
 
 		 884 aa  527  1e-148  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.903307  normal  0.17492 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3671  DNA topoisomerase I  39.14 
 
 		 885 aa  527  1e-148  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1211  DNA topoisomerase I  38.98 
 
 		 849 aa  523  1e-147  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1505  DNA topoisomerase I  39.14 
 
 		 896 aa  521  1e-146  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.143439 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0485  DNA topoisomerase I  44.56 
 
 		 711 aa  521  1e-146  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3309  DNA topoisomerase I  38.9 
 
 		 888 aa  514  1e-144  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0604  DNA topoisomerase I  38.47 
 
 		 877 aa  515  1e-144  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0850  DNA topoisomerase I  39.71 
 
 		 884 aa  509  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.999873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1712  DNA topoisomerase I  39.28 
 
 		 911 aa  511  1e-143  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.583112  normal  0.397735 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2178  DNA topoisomerase I  39.62 
 
 		 884 aa  509  1e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0843  DNA topoisomerase I  37.12 
 
 		 869 aa  512  1e-143  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.077347  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2419  DNA topoisomerase I  39.58 
 
 		 911 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0527527  normal  0.116125 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3508  DNA topoisomerase I  37.81 
 
 		 909 aa  512  1e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.989959 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2437  DNA topoisomerase I  39.66 
 
 		 936 aa  512  1e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0547767  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0334  DNA topoisomerase I  38.55 
 
 		 825 aa  512  1e-143  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4350  DNA topoisomerase I  38.74 
 
 		 913 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.350571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3033  DNA topoisomerase I  39.22 
 
 		 914 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.298843  normal  0.412116 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0569  DNA topoisomerase I  38.25 
 
 		 877 aa  509  9.999999999999999e-143  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3535  DNA topoisomerase I  39.67 
 
 		 911 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2549  DNA topoisomerase I  41.1 
 
 		 757 aa  504  1e-141  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0550694  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1295  DNA topoisomerase I  36.87 
 
 		 884 aa  505  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.722616  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3202  DNA topoisomerase I  38.28 
 
 		 915 aa  503  1e-141  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3631  DNA topoisomerase I  37.95 
 
 		 910 aa  505  1e-141  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.391987 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3308  DNA topoisomerase I  37.95 
 
 		 910 aa  506  1e-141  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.603325 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3417  DNA topoisomerase I  38.72 
 
 		 961 aa  505  1e-141  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0414891  normal  0.668216 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1282  DNA topoisomerase I  38.37 
 
 		 867 aa  504  1e-141  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.390974  normal  0.233625 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3689  DNA topoisomerase I  40.35 
 
 		 756 aa  501  1e-140  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000324271  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0227  DNA topoisomerase I  38.17 
 
 		 845 aa  502  1e-140  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0428468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2339  DNA topoisomerase I  38.66 
 
 		 893 aa  501  1e-140  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.786994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1137  DNA topoisomerase I  37.59 
 
 		 900 aa  499  1e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2090  DNA topoisomerase I  40.05 
 
 		 834 aa  498  1e-139  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.475207  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1645  DNA topoisomerase I  37.5 
 
 		 924 aa  496  1e-139  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.247282 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2189  DNA topoisomerase I  37.07 
 
 		 857 aa  498  1e-139  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.824425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0891  DNA topoisomerase I  40.96 
 
 		 758 aa  496  1e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000570299  decreased coverage  1.1513e-16 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2239  DNA topoisomerase I  38.85 
 
 		 922 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0515029  normal  0.0535493 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>