More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2104 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2104  major facilitator transporter  100 
 
 		 573 aa  1152    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.437602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2388  major facilitator transporter  78.42 
 
 		 573 aa  910    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.729986  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2598  major facilitator transporter  76.55 
 
 		 575 aa  884    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.823661  normal  0.545914 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2005  major facilitator transporter  77.32 
 
 		 573 aa  903    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.685164  hitchhiker  0.0000601576 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1452  hypothetical protein  47.02 
 
 		 604 aa  530  1e-149  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0485  major facilitator superfamily MFS_1  33.66 
 
 		 485 aa  179  1e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.165691  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2851  transporter, putative  26.29 
 
 		 512 aa  159  1e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2875  major facilitator transporter  32.28 
 
 		 517 aa  152  1e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1052  major facilitator transporter  30.24 
 
 		 510 aa  147  5e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1341  major facilitator transporter  30.91 
 
 		 513 aa  144  4e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2826  major facilitator transporter  31.33 
 
 		 514 aa  144  5e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1258  major facilitator transporter  31.23 
 
 		 513 aa  143  9e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3017  major facilitator superfamily MFS_1  30.91 
 
 		 513 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.227562  normal  0.425104 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2748  major facilitator transporter  31.33 
 
 		 514 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0914  major facilitator transporter  30.74 
 
 		 511 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2924  major facilitator transporter  31.01 
 
 		 514 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.771721  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1505  transporter, putative  31.01 
 
 		 514 aa  141  3e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1000  major facilitator transporter  31.21 
 
 		 510 aa  140  6e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0920  major facilitator transporter  29.94 
 
 		 512 aa  140  7.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.732822 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1331  major facilitator transporter  30.6 
 
 		 513 aa  140  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0891  major facilitator transporter  34.67 
 
 		 510 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.891594  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0597  major facilitator transporter  27.3 
 
 		 475 aa  94.4  5e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.234612 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3854  major facilitator transporter  28.97 
 
 		 469 aa  93.2  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.447345 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0196  amino acid/peptide transporter  22.89 
 
 		 566 aa  92  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0834  amino acid/peptide transporter  27.51 
 
 		 432 aa  81.3  0.00000000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.655453  normal  0.033682 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0669  proton/peptide symporter family protein  31.65 
 
 		 461 aa  79.7  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.3578e-43 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0682  proton/peptide symporter family protein  31.65 
 
 		 461 aa  79.3  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00298567  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3647  peptide/proton symporter family protein  31.58 
 
 		 479 aa  78.6  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0651  proton/peptide symporter family protein  31.65 
 
 		 461 aa  78.2  0.0000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000984184  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6851  amino acid/peptide transporter  33.54 
 
 		 498 aa  78.2  0.0000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0689877 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1881  amino acid/peptide transporter  28.04 
 
 		 517 aa  77.4  0.0000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0879055  hitchhiker  0.00292537 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1505  amino acid/peptide transporter  30.11 
 
 		 444 aa  77  0.0000000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000267924 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1313  amino acid/peptide transporter  28.17 
 
 		 489 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000607679  normal  0.565693 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1380  amino acid/peptide transporter  28.17 
 
 		 489 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00016017  normal  0.180173 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0134  amino acid/peptide transporter  25.3 
 
 		 489 aa  76.3  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0825  di-/tripeptide transporter  29.2 
 
 		 451 aa  74.3  0.000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3942  amino acid/peptide transporter  27.84 
 
 		 496 aa  73.2  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0547773  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2903  amino acid/peptide transporter  31.89 
 
 		 584 aa  73.2  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00422026 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0823  amino acid/peptide transporter  27.1 
 
 		 517 aa  73.2  0.00000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2266  amino acid/peptide transporter  28.22 
 
 		 490 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000291592  hitchhiker  0.00874925 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3244  amino acid/peptide transporter  28.65 
 
 		 495 aa  72.4  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.950565  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3034  alkaline phosphatase  27.73 
 
 		 491 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.513893  hitchhiker  0.00921345 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1397  amino acid/peptide transporter  28.57 
 
 		 489 aa  71.6  0.00000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000128075  normal  0.33376 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1373  amino acid/peptide transporter  26.19 
 
 		 489 aa  71.2  0.00000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000302128  hitchhiker  0.00000791426 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5954  hypothetical protein  26.67 
 
 		 509 aa  71.6  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0911535  normal  0.0715474 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01330  hypothetical protein  27.05 
 
 		 462 aa  71.2  0.00000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1649  amino acid/peptide transporter  28.63 
 
 		 490 aa  71.2  0.00000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000051541  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0580  proton/peptide symporter family protein  31.65 
 
 		 452 aa  70.9  0.00000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00403619  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0614  proton/peptide symporter family protein  31.65 
 
 		 452 aa  70.9  0.00000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000352854  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0510  permease  28.48 
 
 		 463 aa  70.9  0.00000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1845  amino acid/peptide transporter  28.65 
 
 		 504 aa  70.9  0.00000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.241988 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0757  di-/tripeptide transporter  24.2 
 
 		 517 aa  70.9  0.00000000007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.548363  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2556  amino acid/peptide transporter  23.38 
 
 		 484 aa  70.5  0.00000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.109155  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0685  di-/tripeptide transporter  29.94 
 
 		 351 aa  70.1  0.0000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.284877  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0523  amino acid/peptide transporter  27.88 
 
 		 463 aa  70.1  0.0000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562889  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1345  di-/tripeptide transporter  24.2 
 
 		 516 aa  69.7  0.0000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004134  di-/tripeptide transporter  29.07 
 
 		 462 aa  68.9  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04805  proton/peptide symporter family protein  29.28 
 
 		 533 aa  69.3  0.0000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1357  amino acid/peptide transporter  26.29 
 
 		 489 aa  68.6  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000317071  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1344  di-/tripeptide transporter  29.26 
 
 		 507 aa  68.2  0.0000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.938084  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0834  amino acid/peptide transporter  26.1 
 
 		 499 aa  67.8  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000422142 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1438  TGF-beta receptor type I/II extracellular region  28.57 
 
 		 683 aa  67.8  0.0000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0528  amino acid/peptide transporter  25.17 
 
 		 449 aa  66.2  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000146171  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17650  amino acid/peptide transporter (peptide:H symporter)  30.92 
 
 		 511 aa  66.6  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2925  amino acid/peptide transporter  29.11 
 
 		 528 aa  66.6  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.69108  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0954  amino acid/peptide transporter  23.38 
 
 		 527 aa  66.6  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.935259  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194.1  peptide transporter  27.49 
 
 		 324 aa  65.9  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2905  amino acid/peptide transporter  27.09 
 
 		 500 aa  65.9  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000347826  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2904  amino acid/peptide transporter  26.84 
 
 		 497 aa  65.9  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00155043 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1664  amino acid/peptide transporter  26.37 
 
 		 512 aa  65.9  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.182008  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1555  proton dependent peptide transporter  26.37 
 
 		 512 aa  65.9  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1058  amino acid/peptide transporter  29.01 
 
 		 467 aa  65.9  0.000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0183593  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3792  amino acid/peptide transporter  26.8 
 
 		 482 aa  65.5  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0641583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4332  amino acid/peptide transporter  27.72 
 
 		 497 aa  65.1  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0463  hypothetical protein  28.16 
 
 		 446 aa  64.7  0.000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0457  hypothetical protein  28.16 
 
 		 446 aa  64.7  0.000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1737  amino acid/peptide transporter  27.7 
 
 		 497 aa  64.3  0.000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.824621  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0524  POT family peptide transport protein  30.57 
 
 		 449 aa  64.3  0.000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.2191900000000004e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0524  POT family peptide transport protein  30.57 
 
 		 449 aa  64.3  0.000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000299815  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4686  peptide transport protein, POT family  30.57 
 
 		 449 aa  64.7  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000138038  hitchhiker  8.70422e-24 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0742  proton/peptide symporter family protein  30.57 
 
 		 395 aa  64.3  0.000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000114111  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0757  proton/peptide symporter family protein  31.65 
 
 		 461 aa  63.5  0.000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000369558  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1393  amino acid/peptide transporter  30.54 
 
 		 501 aa  63.5  0.000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.825614  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0600  peptide symporter family protein  31.65 
 
 		 461 aa  63.5  0.000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000822499  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1064  major facilitator superfamily MFS_1  23.23 
 
 		 493 aa  63.5  0.000000009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.902671 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03062  putative proton-dependent peptide transporter  27.88 
 
 		 483 aa  63.5  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000506345  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0531  amino acid/peptide transporter  31.65 
 
 		 463 aa  63.5  0.00000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0236293  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0655  proton/peptide symporter family protein  31.65 
 
 		 461 aa  63.5  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000039773  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0599  peptide symporter family protein  31.65 
 
 		 461 aa  63.5  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000279304  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0093  di-tripeptide ABC transporter  29.93 
 
 		 497 aa  63.5  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.569603  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0604  amino acid/peptide transporter  31.65 
 
 		 461 aa  63.5  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000192962  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0721  proton/peptide symporter family protein  31.65 
 
 		 461 aa  63.2  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000879332  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0689  proton/peptide symporter family protein  31.65 
 
 		 461 aa  63.5  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000179263  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0817  proton/peptide symporter family protein  31.65 
 
 		 461 aa  63.2  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000167379  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4615  proton/peptide symporter family protein  31.65 
 
 		 461 aa  63.2  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000740471  normal  0.0901188 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0744  proton/peptide symporter family protein  31.65 
 
 		 461 aa  63.5  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000387987 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1468  amino acid/peptide transporter  29.94 
 
 		 501 aa  62  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00129299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2895  amino acid/peptide transporter  29.94 
 
 		 501 aa  62.4  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000544318  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04219  di-tripeptide transporter  31.41 
 
 		 502 aa  62.4  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.189754  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3303  amino acid/peptide transporter  25.82 
 
 		 516 aa  62  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>