198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1000 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1052  major facilitator transporter  91.96 
 
 		 510 aa  970    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1505  transporter, putative  86.06 
 
 		 514 aa  884    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3017  major facilitator superfamily MFS_1  85.86 
 
 		 513 aa  884    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.227562  normal  0.425104 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2875  major facilitator transporter  84.23 
 
 		 517 aa  854    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2748  major facilitator transporter  85.1 
 
 		 514 aa  885    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2826  major facilitator transporter  85.1 
 
 		 514 aa  885    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0914  major facilitator transporter  83.6 
 
 		 511 aa  854    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2924  major facilitator transporter  85.86 
 
 		 514 aa  886    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.771721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2851  transporter, putative  83.63 
 
 		 512 aa  863    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1341  major facilitator transporter  86.06 
 
 		 513 aa  887    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0920  major facilitator transporter  91.57 
 
 		 512 aa  962    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.732822 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1258  major facilitator transporter  85.86 
 
 		 513 aa  885    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1331  major facilitator transporter  85.26 
 
 		 513 aa  879    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1000  major facilitator transporter  100 
 
 		 510 aa  1032    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0891  major facilitator transporter  93.91 
 
 		 510 aa  984    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.891594  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0485  major facilitator superfamily MFS_1  30.1 
 
 		 485 aa  228  2e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.165691  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2005  major facilitator transporter  30.48 
 
 		 573 aa  146  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.685164  hitchhiker  0.0000601576 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2598  major facilitator transporter  30.48 
 
 		 575 aa  144  3e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.823661  normal  0.545914 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2388  major facilitator transporter  30.43 
 
 		 573 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.729986  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2104  major facilitator transporter  31.21 
 
 		 573 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.437602  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1452  hypothetical protein  34.8 
 
 		 604 aa  119  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0597  major facilitator transporter  25.24 
 
 		 475 aa  108  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.234612 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3854  major facilitator transporter  22.69 
 
 		 469 aa  89.7  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.447345 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2847  major facilitator family transporter  22.33 
 
 		 424 aa  74.7  0.000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000267919 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2746  amino acid/peptide transporter  22.74 
 
 		 482 aa  73.9  0.000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.210246  normal  0.74954 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0259  major facilitator family transporter  23.61 
 
 		 423 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.129777  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0222  major facilitator transporter  23.81 
 
 		 424 aa  68.9  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3792  amino acid/peptide transporter  21.82 
 
 		 482 aa  68.6  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0641583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0278  major facilitator family transporter  24.05 
 
 		 423 aa  68.6  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.248198  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1737  amino acid/peptide transporter  30.67 
 
 		 497 aa  67.8  0.0000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.824621  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0229  major facilitator family transporter  24.52 
 
 		 423 aa  67.4  0.0000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.421152  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0216  permease; multidrug resistance protein  24.52 
 
 		 423 aa  67.4  0.0000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0244  major facilitator family transporter  24.52 
 
 		 423 aa  67.4  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1064  major facilitator superfamily MFS_1  21.36 
 
 		 493 aa  67.8  0.0000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.902671 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0256  major facilitator family transporter  24.52 
 
 		 423 aa  67.4  0.0000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1826  major facilitator superfamily MFS_1  23.97 
 
 		 415 aa  67.4  0.0000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.793514  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0264  major facilitator family transporter  24.29 
 
 		 423 aa  67  0.0000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0402115  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3647  peptide/proton symporter family protein  25.74 
 
 		 479 aa  67  0.0000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3208  major facilitator transporter  25.93 
 
 		 415 aa  67  0.0000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.54065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5066  major facilitator family transporter  22.41 
 
 		 423 aa  66.6  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00487655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0231  major facilitator transporter  23.92 
 
 		 424 aa  66.6  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5676  major facilitator transporter  22.17 
 
 		 424 aa  65.5  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.858387  decreased coverage  0.000722949 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6851  amino acid/peptide transporter  33.56 
 
 		 498 aa  65.9  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0689877 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2904  amino acid/peptide transporter  26.61 
 
 		 497 aa  65.1  0.000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00155043 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0834  amino acid/peptide transporter  28.48 
 
 		 432 aa  64.7  0.000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.655453  normal  0.033682 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17650  amino acid/peptide transporter (peptide:H symporter)  33.33 
 
 		 511 aa  64.3  0.000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2868  amino acid/peptide transporter  29.53 
 
 		 495 aa  64.3  0.000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00750801  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1426  major facilitator superfamily MFS_1  23.14 
 
 		 415 aa  63.5  0.000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.681295  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3166  hypothetical protein  21.01 
 
 		 393 aa  62.8  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0358769  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3416  hypothetical protein  21.01 
 
 		 393 aa  62.8  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004134  di-/tripeptide transporter  25.78 
 
 		 462 aa  62  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0093  di-tripeptide ABC transporter  28.9 
 
 		 497 aa  62  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.569603  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0810  major facilitator transporter  31.58 
 
 		 416 aa  62.4  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000673475 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0218  permease; multidrug resistance protein  24.69 
 
 		 423 aa  61.6  0.00000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3675  Dipeptide/tripeptide permease-like protein  30.46 
 
 		 520 aa  61.6  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.290329  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0682  proton/peptide symporter family protein  25.86 
 
 		 461 aa  61.2  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00298567  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0523  amino acid/peptide transporter  23.18 
 
 		 463 aa  61.2  0.00000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562889  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3386  hypothetical protein  21.32 
 
 		 393 aa  61.2  0.00000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0669  proton/peptide symporter family protein  26.24 
 
 		 461 aa  60.8  0.00000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.3578e-43 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0651  proton/peptide symporter family protein  26.24 
 
 		 461 aa  60.5  0.00000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000984184  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3150  membrane protein; TGF-beta receptor, type I/II extracellular region  21.57 
 
 		 393 aa  60.1  0.00000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000153748  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3060  membrane protein; TGF-beta receptor, type I/II extracellular region  21.83 
 
 		 393 aa  60.1  0.00000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000191911  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3244  amino acid/peptide transporter  27.78 
 
 		 495 aa  60.1  0.00000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.950565  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0510  permease  26.4 
 
 		 463 aa  60.1  0.00000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0744  major facilitator transporter  24.13 
 
 		 408 aa  60.1  0.00000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.871557 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2849  amino acid/peptide transporter  28.47 
 
 		 498 aa  58.5  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1444  proton/peptide symporter family protein  29.8 
 
 		 490 aa  58.9  0.0000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000293034  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0685  di-/tripeptide transporter  25.82 
 
 		 351 aa  58.9  0.0000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.284877  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2556  amino acid/peptide transporter  27.67 
 
 		 484 aa  58.9  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.109155  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0750  amino acid/peptide transporter  24.18 
 
 		 501 aa  58.5  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.603499  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0767  amino acid/peptide transporter  24.18 
 
 		 501 aa  58.5  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01330  hypothetical protein  23.55 
 
 		 462 aa  58.2  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03062  putative proton-dependent peptide transporter  29.81 
 
 		 483 aa  57.4  0.0000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000506345  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3387  hypothetical protein  21.64 
 
 		 395 aa  57.4  0.0000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.113682  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1258  putative MFS transporter family protein  20.92 
 
 		 442 aa  57.4  0.0000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.63699  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0984  dipeptide/tripeptide permease  27.68 
 
 		 483 aa  57.4  0.0000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00152732  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1954  amino acid/peptide transporter  30.92 
 
 		 501 aa  57  0.0000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.457543 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2925  amino acid/peptide transporter  29.56 
 
 		 528 aa  56.6  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.69108  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1861  hypothetical protein  20.88 
 
 		 398 aa  56.6  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1421  amino acid/peptide transporter  30.88 
 
 		 494 aa  56.2  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1845  amino acid/peptide transporter  23.99 
 
 		 504 aa  55.5  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.241988 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5954  hypothetical protein  28.19 
 
 		 509 aa  55.8  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0911535  normal  0.0715474 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194.1  peptide transporter  26.17 
 
 		 324 aa  55.1  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1344  di-/tripeptide transporter  29.61 
 
 		 507 aa  55.1  0.000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.938084  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2181  multidrug resistance protein MdtH  20.54 
 
 		 401 aa  54.7  0.000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.815188  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4332  amino acid/peptide transporter  28.4 
 
 		 497 aa  54.3  0.000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0196  amino acid/peptide transporter  28.05 
 
 		 566 aa  54.3  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3364  hypothetical protein  20.31 
 
 		 397 aa  53.9  0.000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1649  amino acid/peptide transporter  24.32 
 
 		 490 aa  53.9  0.000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000051541  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3596  amino acid/peptide transporter  28.02 
 
 		 501 aa  53.5  0.000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.161382  normal  0.0248648 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3391  major facilitator family protein  20.06 
 
 		 399 aa  53.1  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.271693  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1313  amino acid/peptide transporter  23.93 
 
 		 489 aa  53.1  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000607679  normal  0.565693 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1380  amino acid/peptide transporter  23.93 
 
 		 489 aa  53.1  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00016017  normal  0.180173 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04805  proton/peptide symporter family protein  25.31 
 
 		 533 aa  53.1  0.00001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2076  major facilitator transporter  21.11 
 
 		 426 aa  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.754596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3773  amino acid/peptide transporter  35.05 
 
 		 471 aa  52.8  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0854  major facilitator transporter  20.84 
 
 		 432 aa  52.4  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3942  amino acid/peptide transporter  30.2 
 
 		 496 aa  52.4  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0547773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_50811  POT family transporter: dipeptide/tripeptide:proton  27.68 
 
 		 449 aa  52  0.00002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.030888 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2276  multidrug resistance protein MdtH  21.39 
 
 		 398 aa  52.8  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>