221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3854 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3854  major facilitator transporter  100 
 
 		 469 aa  946    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.447345 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0597  major facilitator transporter  85.07 
 
 		 475 aa  800    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.234612 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0485  major facilitator superfamily MFS_1  25.22 
 
 		 485 aa  134  5e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.165691  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2388  major facilitator transporter  27.73 
 
 		 573 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.729986  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1452  hypothetical protein  30.2 
 
 		 604 aa  115  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2598  major facilitator transporter  32.22 
 
 		 575 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.823661  normal  0.545914 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2005  major facilitator transporter  28.97 
 
 		 573 aa  108  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.685164  hitchhiker  0.0000601576 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3017  major facilitator superfamily MFS_1  23.02 
 
 		 513 aa  106  9e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.227562  normal  0.425104 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2104  major facilitator transporter  30.36 
 
 		 573 aa  106  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.437602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2826  major facilitator transporter  22.72 
 
 		 514 aa  104  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2924  major facilitator transporter  22.91 
 
 		 514 aa  104  3e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.771721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1341  major facilitator transporter  22.82 
 
 		 513 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1064  major facilitator superfamily MFS_1  25.83 
 
 		 493 aa  104  4e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.902671 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2851  transporter, putative  23.69 
 
 		 512 aa  103  5e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0920  major facilitator transporter  23.3 
 
 		 512 aa  103  6e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.732822 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2748  major facilitator transporter  22.91 
 
 		 514 aa  103  7e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1505  transporter, putative  22.91 
 
 		 514 aa  102  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1331  major facilitator transporter  22.63 
 
 		 513 aa  101  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1258  major facilitator transporter  22.96 
 
 		 513 aa  100  6e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0891  major facilitator transporter  23.14 
 
 		 510 aa  94.7  3e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.891594  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2875  major facilitator transporter  23.02 
 
 		 517 aa  94.4  4e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1000  major facilitator transporter  23.62 
 
 		 510 aa  94.4  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1052  major facilitator transporter  23.56 
 
 		 510 aa  92.8  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0914  major facilitator transporter  22.15 
 
 		 511 aa  91.3  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0954  amino acid/peptide transporter  31.61 
 
 		 527 aa  75.5  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.935259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1420  amino acid/peptide transporter  29.46 
 
 		 558 aa  75.1  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1505  amino acid/peptide transporter  30.81 
 
 		 444 aa  72.4  0.00000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000267924 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3303  amino acid/peptide transporter  30.98 
 
 		 516 aa  72  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1088  amino acid/peptide transporter  28.24 
 
 		 584 aa  70.1  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4484  amino acid/peptide transporter  30.39 
 
 		 516 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0470977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0945  amino acid/peptide transporter  28.65 
 
 		 534 aa  67  0.0000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.985856  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2318  putative tripeptide transporter permease  31.05 
 
 		 506 aa  66.6  0.0000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1585  amino acid/peptide transporter  28.92 
 
 		 539 aa  66.6  0.0000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1555  amino acid/peptide transporter  28.92 
 
 		 539 aa  66.6  0.0000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0834  amino acid/peptide transporter  28.51 
 
 		 432 aa  66.6  0.0000000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.655453  normal  0.033682 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1551  amino acid/peptide transporter  28.92 
 
 		 539 aa  66.6  0.0000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2795  amino acid/peptide transporter  28.92 
 
 		 539 aa  66.6  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.274379  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0682  proton/peptide symporter family protein  24.94 
 
 		 461 aa  65.9  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00298567  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0600  peptide symporter family protein  24.32 
 
 		 461 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000822499  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4615  proton/peptide symporter family protein  24.83 
 
 		 461 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000740471  normal  0.0901188 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1845  amino acid/peptide transporter  26.05 
 
 		 504 aa  65.9  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.241988 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0757  proton/peptide symporter family protein  24.32 
 
 		 461 aa  64.7  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000369558  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0651  proton/peptide symporter family protein  24.94 
 
 		 461 aa  65.1  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000984184  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2017  putative tripeptide transporter permease  30.27 
 
 		 506 aa  65.1  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.617443  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0744  proton/peptide symporter family protein  24.55 
 
 		 461 aa  64.3  0.000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000387987 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0721  proton/peptide symporter family protein  24.1 
 
 		 461 aa  64.3  0.000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000879332  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0655  proton/peptide symporter family protein  24.1 
 
 		 461 aa  64.3  0.000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000039773  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0599  peptide symporter family protein  24.1 
 
 		 461 aa  64.3  0.000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000279304  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0689  proton/peptide symporter family protein  24.1 
 
 		 461 aa  64.3  0.000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000179263  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0817  proton/peptide symporter family protein  24.32 
 
 		 461 aa  63.9  0.000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000167379  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0669  proton/peptide symporter family protein  24.94 
 
 		 461 aa  63.9  0.000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.3578e-43 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0604  amino acid/peptide transporter  24.55 
 
 		 461 aa  63.2  0.000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000192962  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3647  peptide/proton symporter family protein  29.38 
 
 		 479 aa  62.4  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1778  putative tripeptide transporter permease  29.41 
 
 		 501 aa  62  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1886  putative tripeptide transporter permease  29.41 
 
 		 511 aa  62  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.348979  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2233  putative tripeptide transporter permease  27.11 
 
 		 506 aa  62.4  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000348133 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0580  proton/peptide symporter family protein  25.06 
 
 		 452 aa  61.6  0.00000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00403619  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0614  proton/peptide symporter family protein  25.06 
 
 		 452 aa  61.6  0.00000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000352854  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3369  proton/peptide symporter family protein  26.86 
 
 		 544 aa  60.8  0.00000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31641  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1105  alkaline phosphatase  28.04 
 
 		 544 aa  60.8  0.00000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.377732 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004134  di-/tripeptide transporter  24.3 
 
 		 462 aa  60.8  0.00000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01330  hypothetical protein  24.05 
 
 		 462 aa  60.8  0.00000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1549  putative tripeptide transporter permease  31.55 
 
 		 501 aa  60.5  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.507438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1622  putative tripeptide transporter permease  31.55 
 
 		 501 aa  60.5  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.185719  normal  0.452221 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0652  tripeptide permease TppB  29.71 
 
 		 504 aa  60.5  0.00000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.068993  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1890  putative tripeptide transporter permease  31.55 
 
 		 501 aa  60.5  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1525  di-/tripeptide transporter  29.71 
 
 		 528 aa  60.5  0.00000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0251804  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1722  putative tripeptide transporter permease  31.55 
 
 		 501 aa  60.5  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00217506  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1562  putative tripeptide transporter permease  31.55 
 
 		 501 aa  60.5  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0485322  normal  0.102163 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2548  putative tripeptide transporter permease  30.06 
 
 		 488 aa  60.5  0.00000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01604  putative tripeptide transporter permease  30.06 
 
 		 500 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00542523  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2006  amino acid/peptide transporter  30.06 
 
 		 500 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0749107  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1710  putative tripeptide transporter permease  30.06 
 
 		 500 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0064967  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1995  putative tripeptide transporter permease  30.06 
 
 		 500 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.46141  normal  0.0309863 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0163  amino acid/peptide transporter  28.96 
 
 		 707 aa  59.7  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01594  hypothetical protein  30.06 
 
 		 500 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00471162  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1565  putative tripeptide transporter permease  30.06 
 
 		 500 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1824  putative tripeptide transporter permease  30.06 
 
 		 500 aa  59.3  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1177  proton-dependent oligopeptide transporter (POT) family protein  26.7 
 
 		 506 aa  58.5  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.980946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1844  putative tripeptide transporter permease  30.06 
 
 		 500 aa  59.3  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000345542  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1814  putative tripeptide transporter permease  29.82 
 
 		 502 aa  58.9  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000684589  decreased coverage  0.000347242 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0825  di-/tripeptide transporter  24.02 
 
 		 451 aa  58.9  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2346  putative tripeptide transporter permease  30.06 
 
 		 500 aa  59.3  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0609489  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2851  hypothetical protein  26.95 
 
 		 500 aa  58.2  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2720  hypothetical protein  26.95 
 
 		 500 aa  58.5  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2266  amino acid/peptide transporter  29.23 
 
 		 490 aa  58.2  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000291592  hitchhiker  0.00874925 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1357  amino acid/peptide transporter  28.72 
 
 		 489 aa  56.6  0.0000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000317071  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1397  amino acid/peptide transporter  28.21 
 
 		 489 aa  57  0.0000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000128075  normal  0.33376 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0623  amino acid/peptide transporter  25.11 
 
 		 495 aa  57  0.0000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000100169  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0510  permease  26.86 
 
 		 463 aa  55.5  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3034  alkaline phosphatase  27.69 
 
 		 491 aa  55.1  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.513893  hitchhiker  0.00921345 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2221  amino acid/peptide transporter  27.32 
 
 		 551 aa  54.7  0.000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3826  inner membrane transporter YhiP  23.97 
 
 		 489 aa  54.7  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1649  amino acid/peptide transporter  28.21 
 
 		 490 aa  54.7  0.000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000051541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4440  amino acid/peptide transporter  28.33 
 
 		 513 aa  54.7  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03345  predicted transporter  23.97 
 
 		 489 aa  54.3  0.000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.199197  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03298  hypothetical protein  23.97 
 
 		 489 aa  54.3  0.000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.240113  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3978  inner membrane transporter YhiP  23.97 
 
 		 489 aa  54.3  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3966  inner membrane transporter YhiP  23.31 
 
 		 490 aa  54.3  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.826151  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3905  inner membrane transporter YhiP  23.31 
 
 		 490 aa  53.9  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>