286 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_1886 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009436  Ent638_1814  putative tripeptide transporter permease  79.71 
 
 
502 aa  790    Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000684589  decreased coverage  0.000347242 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1844  putative tripeptide transporter permease  75.93 
 
 
500 aa  768    Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000345542  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1562  putative tripeptide transporter permease  77.41 
 
 
501 aa  778    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0485322  normal  0.102163 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01604  putative tripeptide transporter permease  75.72 
 
 
500 aa  768    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00542523  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2006  amino acid/peptide transporter  75.72 
 
 
500 aa  768    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0749107  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1622  putative tripeptide transporter permease  77.21 
 
 
501 aa  778    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.185719  normal  0.452221 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2346  putative tripeptide transporter permease  75.51 
 
 
500 aa  767    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0609489  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1710  putative tripeptide transporter permease  75.72 
 
 
500 aa  768    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0064967  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1890  putative tripeptide transporter permease  77.21 
 
 
501 aa  777    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1722  putative tripeptide transporter permease  77.41 
 
 
501 aa  778    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00217506  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01594  hypothetical protein  75.72 
 
 
500 aa  768    Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00471162  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2017  putative tripeptide transporter permease  79.92 
 
 
506 aa  806    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.617443  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1778  putative tripeptide transporter permease  99.8 
 
 
501 aa  1010    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2233  putative tripeptide transporter permease  86.97 
 
 
506 aa  846    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000348133 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2318  putative tripeptide transporter permease  80.33 
 
 
506 aa  807    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1886  putative tripeptide transporter permease  100 
 
 
511 aa  1032    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.348979  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1565  putative tripeptide transporter permease  75.72 
 
 
500 aa  768    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1824  putative tripeptide transporter permease  75.93 
 
 
500 aa  768    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2548  putative tripeptide transporter permease  100 
 
 
488 aa  984    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1995  putative tripeptide transporter permease  75.72 
 
 
500 aa  768    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.46141  normal  0.0309863 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1549  putative tripeptide transporter permease  76.26 
 
 
501 aa  779    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.507438  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0509  putative tripeptide transporter permease  56.81 
 
 
514 aa  576  1.0000000000000001e-163  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0623  amino acid/peptide transporter  56.24 
 
 
495 aa  551  1e-155  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000100169  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03345  predicted transporter  51.72 
 
 
489 aa  502  1e-141  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.199197  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0219  amino acid/peptide transporter  51.72 
 
 
489 aa  503  1e-141  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4843  inner membrane transporter YhiP  51.72 
 
 
489 aa  502  1e-141  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.953433 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3826  inner membrane transporter YhiP  51.72 
 
 
489 aa  502  1e-141  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0220  inner membrane transporter YhiP  51.72 
 
 
489 aa  503  1e-141  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3696  inner membrane transporter YhiP  51.72 
 
 
489 aa  503  1e-141  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3785  inner membrane transporter YhiP  51.72 
 
 
489 aa  503  1e-141  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3978  inner membrane transporter YhiP  51.72 
 
 
489 aa  502  1e-141  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03298  hypothetical protein  51.72 
 
 
489 aa  502  1e-141  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.240113  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3785  inner membrane transporter YhiP  51.01 
 
 
490 aa  498  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0323752  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3862  inner membrane transporter YhiP  50.81 
 
 
490 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.31175  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3905  inner membrane transporter YhiP  50.81 
 
 
490 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3966  inner membrane transporter YhiP  50.81 
 
 
490 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.826151  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3795  inner membrane transporter YhiP  50.81 
 
 
490 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2851  hypothetical protein  45.66 
 
 
500 aa  432  1e-120  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2720  hypothetical protein  45.45 
 
 
500 aa  433  1e-120  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1525  di-/tripeptide transporter  47.72 
 
 
528 aa  422  1e-117  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0251804  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0652  tripeptide permease TppB  47.51 
 
 
504 aa  419  1e-116  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.068993  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4508  amino acid/peptide transporter  40.42 
 
 
507 aa  367  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0182547  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3261  amino acid/peptide transporter  39.33 
 
 
506 aa  331  2e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0234728 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3089  amino acid/peptide transporter  36.56 
 
 
516 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000368989  normal  0.0911268 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2910  amino acid/peptide transporter  36.56 
 
 
516 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.380758  normal  0.476442 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2992  amino acid/peptide transporter  36.56 
 
 
516 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0360187  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0759  major facilitator superfamily peptide/H(+)symporter  37.47 
 
 
513 aa  326  6e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1102  amino acid/peptide transporter  36.58 
 
 
546 aa  325  1e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4728  amino acid/peptide transporter  39.35 
 
 
506 aa  324  2e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2221  amino acid/peptide transporter  38.37 
 
 
551 aa  324  2e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4868  amino acid/peptide transporter  39.57 
 
 
507 aa  325  2e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5415  amino acid/peptide transporter  39.57 
 
 
506 aa  325  2e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1177  proton-dependent oligopeptide transporter (POT) family protein  37.1 
 
 
506 aa  323  4e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.980946  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3183  amino acid/peptide transporter  37.33 
 
 
517 aa  323  6e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0376329 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1255  amino acid/peptide transporter  38.7 
 
 
551 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1277  proton-dependent oligopeptide transporter (POT) family protein  35.97 
 
 
516 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0113  amino acid/peptide transporter  38.92 
 
 
506 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3023  amino acid/peptide transporter  39 
 
 
500 aa  320  3e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2907  amino acid/peptide transporter  39 
 
 
500 aa  320  3e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.464233  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1117  amino acid/peptide transporter  37.01 
 
 
523 aa  320  3.9999999999999996e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1207  amino acid/peptide transporter  37.2 
 
 
517 aa  319  7.999999999999999e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0390922  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1174  amino acid/peptide transporter  37.35 
 
 
521 aa  318  1e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.211879  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4440  amino acid/peptide transporter  37.68 
 
 
513 aa  317  3e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0348  amino acid/peptide transporter  38.8 
 
 
500 aa  317  3e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.781642  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0382  amino acid/peptide transporter  38.8 
 
 
500 aa  317  3e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1531  amino acid/peptide transporter  38.8 
 
 
500 aa  317  3e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1721  amino acid/peptide transporter  38.8 
 
 
500 aa  317  3e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.97984  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5316  amino acid/peptide transporter  39.39 
 
 
506 aa  317  4e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.179594  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5544  amino acid/peptide transporter  39.39 
 
 
506 aa  317  4e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0954  amino acid/peptide transporter  31.12 
 
 
527 aa  237  5.0000000000000005e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.935259  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1572  di-/tripeptide transporter  31.46 
 
 
492 aa  235  1.0000000000000001e-60  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.827276  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1189  amino acid/peptide transporter  33.87 
 
 
501 aa  234  2.0000000000000002e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.500547 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0615  proton/peptide symporter family protein  31.04 
 
 
492 aa  233  4.0000000000000004e-60  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3369  proton/peptide symporter family protein  31.5 
 
 
544 aa  230  4e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31641  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4484  amino acid/peptide transporter  29.07 
 
 
516 aa  228  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0470977  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0834  amino acid/peptide transporter  29.43 
 
 
499 aa  227  5.0000000000000005e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000422142 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0955  amino acid/peptide transporter  33.56 
 
 
510 aa  226  7e-58  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.334898  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3303  amino acid/peptide transporter  29.42 
 
 
516 aa  224  3e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5954  hypothetical protein  30.65 
 
 
509 aa  223  6e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0911535  normal  0.0715474 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1074  di-tripeptide ABC transporter membrane protein  32.69 
 
 
510 aa  218  1e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1421  amino acid/peptide transporter  27.49 
 
 
494 aa  213  7e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3744  amino acid/peptide transporter  32.52 
 
 
499 aa  213  9e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.971567 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0945  amino acid/peptide transporter  27.36 
 
 
534 aa  212  1e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.985856  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2266  amino acid/peptide transporter  31.01 
 
 
490 aa  209  7e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000291592  hitchhiker  0.00874925 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1393  amino acid/peptide transporter  30.86 
 
 
501 aa  208  2e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.825614  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1313  amino acid/peptide transporter  30.6 
 
 
489 aa  207  3e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000607679  normal  0.565693 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1380  amino acid/peptide transporter  30.6 
 
 
489 aa  207  3e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00016017  normal  0.180173 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3647  peptide/proton symporter family protein  28.4 
 
 
479 aa  207  5e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1373  amino acid/peptide transporter  30.6 
 
 
489 aa  207  5e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000302128  hitchhiker  0.00000791426 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2904  amino acid/peptide transporter  28.86 
 
 
497 aa  206  6e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00155043 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1105  alkaline phosphatase  29.19 
 
 
544 aa  206  6e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.377732 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2545  amino acid/peptide transporter  30.59 
 
 
501 aa  206  1e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1357  amino acid/peptide transporter  30.52 
 
 
489 aa  206  1e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000317071  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1505  amino acid/peptide transporter  33.33 
 
 
444 aa  204  3e-51  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000267924 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2895  amino acid/peptide transporter  29.61 
 
 
501 aa  204  3e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000544318  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3034  alkaline phosphatase  30.8 
 
 
491 aa  204  4e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.513893  hitchhiker  0.00921345 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1649  amino acid/peptide transporter  31.21 
 
 
490 aa  203  5e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000051541  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01330  hypothetical protein  29.22 
 
 
462 aa  203  5e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1468  amino acid/peptide transporter  29.8 
 
 
501 aa  203  5e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00129299  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3037  amino acid/peptide transporter  29.8 
 
 
501 aa  203  6e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000164206  normal  0.191533 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>