More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2005 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2005  major facilitator transporter  100 
 
 		 573 aa  1163    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.685164  hitchhiker  0.0000601576 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2104  major facilitator transporter  77.32 
 
 		 573 aa  903    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.437602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2388  major facilitator transporter  80.43 
 
 		 573 aa  952    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.729986  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2598  major facilitator transporter  80.56 
 
 		 575 aa  962    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.823661  normal  0.545914 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1452  hypothetical protein  49.58 
 
 		 604 aa  553  1e-156  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1505  transporter, putative  26.25 
 
 		 514 aa  172  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2826  major facilitator transporter  26.91 
 
 		 514 aa  169  1e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2924  major facilitator transporter  26.41 
 
 		 514 aa  169  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.771721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3017  major facilitator superfamily MFS_1  26.46 
 
 		 513 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.227562  normal  0.425104 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2748  major facilitator transporter  26.91 
 
 		 514 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0920  major facilitator transporter  25 
 
 		 512 aa  167  6.9999999999999995e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.732822 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2875  major facilitator transporter  27.26 
 
 		 517 aa  166  8e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0914  major facilitator transporter  28.28 
 
 		 511 aa  164  5.0000000000000005e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0485  major facilitator superfamily MFS_1  35.62 
 
 		 485 aa  161  4e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.165691  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1258  major facilitator transporter  25.59 
 
 		 513 aa  161  4e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1341  major facilitator transporter  24.75 
 
 		 513 aa  159  9e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1331  major facilitator transporter  25.62 
 
 		 513 aa  156  1e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1052  major facilitator transporter  30.79 
 
 		 510 aa  150  6e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2851  transporter, putative  31.83 
 
 		 512 aa  150  6e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0891  major facilitator transporter  30.48 
 
 		 510 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.891594  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1000  major facilitator transporter  30.48 
 
 		 510 aa  146  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0597  major facilitator transporter  28.09 
 
 		 475 aa  97.4  6e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.234612 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3854  major facilitator transporter  28.04 
 
 		 469 aa  95.5  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.447345 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0196  amino acid/peptide transporter  22.92 
 
 		 566 aa  84.7  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3647  peptide/proton symporter family protein  32.58 
 
 		 479 aa  84  0.000000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0834  amino acid/peptide transporter  32.14 
 
 		 432 aa  82.4  0.00000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.655453  normal  0.033682 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3244  amino acid/peptide transporter  21.32 
 
 		 495 aa  82  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.950565  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0669  proton/peptide symporter family protein  31.76 
 
 		 461 aa  80.1  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.3578e-43 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0682  proton/peptide symporter family protein  31.76 
 
 		 461 aa  80.1  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00298567  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0651  proton/peptide symporter family protein  31.76 
 
 		 461 aa  79  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000984184  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1505  amino acid/peptide transporter  29.89 
 
 		 444 aa  79  0.0000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000267924 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6851  amino acid/peptide transporter  31.55 
 
 		 498 aa  78.6  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0689877 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1881  amino acid/peptide transporter  31.03 
 
 		 517 aa  75.5  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0879055  hitchhiker  0.00292537 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0685  di-/tripeptide transporter  30.12 
 
 		 351 aa  75.1  0.000000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.284877  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3942  amino acid/peptide transporter  23.86 
 
 		 496 aa  75.1  0.000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0547773  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5954  hypothetical protein  23.32 
 
 		 509 aa  73.6  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0911535  normal  0.0715474 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0580  proton/peptide symporter family protein  32.43 
 
 		 452 aa  72  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00403619  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0614  proton/peptide symporter family protein  32.43 
 
 		 452 aa  72  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000352854  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0457  hypothetical protein  30.77 
 
 		 446 aa  72  0.00000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0463  hypothetical protein  30.77 
 
 		 446 aa  72  0.00000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0834  amino acid/peptide transporter  25.23 
 
 		 499 aa  71.6  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000422142 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0823  amino acid/peptide transporter  29.89 
 
 		 517 aa  71.6  0.00000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17650  amino acid/peptide transporter (peptide:H symporter)  29.53 
 
 		 511 aa  71.2  0.00000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0954  amino acid/peptide transporter  30.1 
 
 		 527 aa  71.6  0.00000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.935259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0825  di-/tripeptide transporter  27.43 
 
 		 451 aa  70.9  0.00000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0093  di-tripeptide ABC transporter  31.21 
 
 		 497 aa  71.2  0.00000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.569603  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2556  amino acid/peptide transporter  27.23 
 
 		 484 aa  70.9  0.00000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.109155  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1397  amino acid/peptide transporter  31.95 
 
 		 489 aa  70.5  0.00000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000128075  normal  0.33376 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1313  amino acid/peptide transporter  27.2 
 
 		 489 aa  70.5  0.00000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000607679  normal  0.565693 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1380  amino acid/peptide transporter  27.2 
 
 		 489 aa  70.5  0.00000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00016017  normal  0.180173 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2802  inner membrane transporter YbgH  26.23 
 
 		 486 aa  69.7  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.883594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2761  inner membrane transporter YbgH  26.23 
 
 		 486 aa  69.7  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2823  inner membrane transporter YbgH  26.23 
 
 		 486 aa  69.7  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2936  inner membrane transporter YbgH  26.23 
 
 		 486 aa  69.7  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2719  inner membrane transporter YbgH  26.23 
 
 		 486 aa  69.7  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.945342  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1649  amino acid/peptide transporter  28 
 
 		 490 aa  69.7  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000051541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1555  proton dependent peptide transporter  24.38 
 
 		 512 aa  68.9  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1664  amino acid/peptide transporter  24.38 
 
 		 512 aa  68.9  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.182008  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1373  amino acid/peptide transporter  30.18 
 
 		 489 aa  69.3  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000302128  hitchhiker  0.00000791426 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1344  di-/tripeptide transporter  30 
 
 		 507 aa  68.6  0.0000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.938084  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3034  alkaline phosphatase  27.27 
 
 		 491 aa  68.6  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.513893  hitchhiker  0.00921345 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1737  amino acid/peptide transporter  28.3 
 
 		 497 aa  68.2  0.0000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.824621  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1845  amino acid/peptide transporter  26.74 
 
 		 504 aa  68.2  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.241988 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01330  hypothetical protein  26.34 
 
 		 462 aa  67.8  0.0000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03062  putative proton-dependent peptide transporter  29.22 
 
 		 483 aa  67.8  0.0000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000506345  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0134  amino acid/peptide transporter  23.9 
 
 		 489 aa  67.8  0.0000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2903  amino acid/peptide transporter  31.18 
 
 		 584 aa  67.4  0.0000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00422026 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1058  amino acid/peptide transporter  28.4 
 
 		 467 aa  67.4  0.0000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0183593  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2266  amino acid/peptide transporter  26.32 
 
 		 490 aa  67.4  0.0000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000291592  hitchhiker  0.00874925 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3792  amino acid/peptide transporter  24.83 
 
 		 482 aa  67.4  0.0000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0641583  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04805  proton/peptide symporter family protein  29.38 
 
 		 533 aa  66.2  0.000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004134  di-/tripeptide transporter  28.49 
 
 		 462 aa  67  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2849  amino acid/peptide transporter  28.66 
 
 		 498 aa  65.9  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0531  amino acid/peptide transporter  31.76 
 
 		 463 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0236293  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2925  amino acid/peptide transporter  29.11 
 
 		 528 aa  65.9  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.69108  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0510  permease  27.27 
 
 		 463 aa  65.5  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0757  di-/tripeptide transporter  27.65 
 
 		 517 aa  65.1  0.000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.548363  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0524  POT family peptide transport protein  29.93 
 
 		 449 aa  65.1  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.2191900000000004e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0524  POT family peptide transport protein  29.93 
 
 		 449 aa  65.1  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000299815  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0528  amino acid/peptide transporter  29.93 
 
 		 449 aa  65.1  0.000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000146171  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2904  amino acid/peptide transporter  25.62 
 
 		 497 aa  65.1  0.000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00155043 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4686  peptide transport protein, POT family  29.93 
 
 		 449 aa  65.5  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000138038  hitchhiker  8.70422e-24 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4332  amino acid/peptide transporter  29.31 
 
 		 497 aa  65.1  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2868  amino acid/peptide transporter  29.94 
 
 		 495 aa  65.1  0.000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00750801  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0742  proton/peptide symporter family protein  29.93 
 
 		 395 aa  64.7  0.000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000114111  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1345  di-/tripeptide transporter  27.65 
 
 		 516 aa  64.7  0.000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0523  amino acid/peptide transporter  26.67 
 
 		 463 aa  64.3  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0562889  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1357  amino acid/peptide transporter  25.73 
 
 		 489 aa  63.9  0.000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000317071  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0604  amino acid/peptide transporter  27.71 
 
 		 461 aa  63.9  0.000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000192962  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0757  proton/peptide symporter family protein  27.71 
 
 		 461 aa  63.9  0.000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000369558  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0600  peptide symporter family protein  27.71 
 
 		 461 aa  63.9  0.000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000822499  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0655  proton/peptide symporter family protein  27.71 
 
 		 461 aa  63.5  0.000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000039773  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0599  peptide symporter family protein  27.71 
 
 		 461 aa  63.5  0.000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000279304  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0689  proton/peptide symporter family protein  27.71 
 
 		 461 aa  63.5  0.000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000179263  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0744  proton/peptide symporter family protein  27.71 
 
 		 461 aa  63.5  0.000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000387987 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194.1  peptide transporter  30.05 
 
 		 324 aa  63.5  0.00000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0817  proton/peptide symporter family protein  27.71 
 
 		 461 aa  63.2  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000167379  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0721  proton/peptide symporter family protein  27.71 
 
 		 461 aa  63.2  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000879332  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1420  amino acid/peptide transporter  30.77 
 
 		 558 aa  63.5  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4615  proton/peptide symporter family protein  27.71 
 
 		 461 aa  63.2  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000740471  normal  0.0901188 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>