284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A2936 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010468  EcolC_3897  amino acid/peptide transporter  79.88 
 
 
485 aa  783    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04001  predicted transporter  80.29 
 
 
485 aa  788    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3861  amino acid/peptide transporter  80.08 
 
 
485 aa  787    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4371  amino acid/peptide transporter  80.08 
 
 
485 aa  787    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.113976  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2802  inner membrane transporter YbgH  100 
 
 
486 aa  974    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.883594  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4685  amino acid/peptide transporter  80.29 
 
 
485 aa  788    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2719  inner membrane transporter YbgH  100 
 
 
486 aa  974    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.945342  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03963  hypothetical protein  80.29 
 
 
485 aa  788    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5646  amino acid/peptide transporter  79.88 
 
 
485 aa  786    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4599  amino acid/peptide transporter  79.88 
 
 
485 aa  782    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.148198  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2936  inner membrane transporter YbgH  100 
 
 
486 aa  974    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2823  inner membrane transporter YbgH  100 
 
 
486 aa  974    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2761  inner membrane transporter YbgH  100 
 
 
486 aa  974    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3766  amino acid/peptide transporter  66.25 
 
 
482 aa  624  1e-178  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000840749  normal  0.111557 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2927  amino acid/peptide transporter  58.44 
 
 
493 aa  549  1e-155  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0757  amino acid/peptide transporter  58.44 
 
 
493 aa  549  1e-155  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0626  amino acid/peptide transporter  58.23 
 
 
493 aa  546  1e-154  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0867  inner membrane transporter YbgH  58.86 
 
 
493 aa  547  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.591966 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00669  predicted transporter  58.23 
 
 
493 aa  547  1e-154  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2946  amino acid/peptide transporter  58.23 
 
 
493 aa  547  1e-154  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.701623  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0734  amino acid/peptide transporter  58.23 
 
 
493 aa  545  1e-154  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0799  amino acid/peptide transporter  58.23 
 
 
493 aa  547  1e-154  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.256216  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00658  hypothetical protein  58.23 
 
 
493 aa  547  1e-154  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0818  inner membrane transporter YbgH  58.86 
 
 
493 aa  547  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0757  inner membrane transporter YbgH  58.86 
 
 
493 aa  547  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0724  amino acid/peptide transporter  58.23 
 
 
493 aa  548  1e-154  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.470702  normal  0.430255 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0770  inner membrane transporter YbgH  58.65 
 
 
493 aa  545  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.493131 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0832  inner membrane transporter YbgH  58.86 
 
 
493 aa  547  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.582174  hitchhiker  0.00189799 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3303  amino acid/peptide transporter  33.33 
 
 
516 aa  234  3e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4484  amino acid/peptide transporter  32.83 
 
 
516 aa  229  9e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0470977  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0954  amino acid/peptide transporter  33.33 
 
 
527 aa  228  2e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.935259  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0669  proton/peptide symporter family protein  29.46 
 
 
461 aa  207  3e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.3578e-43 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0945  amino acid/peptide transporter  30.04 
 
 
534 aa  207  3e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.985856  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1555  amino acid/peptide transporter  30.91 
 
 
539 aa  207  3e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0682  proton/peptide symporter family protein  29.55 
 
 
461 aa  207  4e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00298567  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1551  amino acid/peptide transporter  30.91 
 
 
539 aa  207  5e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1585  amino acid/peptide transporter  30.91 
 
 
539 aa  207  5e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2795  amino acid/peptide transporter  30.71 
 
 
539 aa  205  1e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.274379  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0651  proton/peptide symporter family protein  29.55 
 
 
461 aa  205  1e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000984184  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1105  alkaline phosphatase  31.87 
 
 
544 aa  202  7e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.377732 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4508  amino acid/peptide transporter  31.82 
 
 
507 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0182547  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3369  proton/peptide symporter family protein  31.06 
 
 
544 aa  199  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31641  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1737  amino acid/peptide transporter  28.19 
 
 
497 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.824621  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2318  putative tripeptide transporter permease  31.49 
 
 
506 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1814  putative tripeptide transporter permease  31.97 
 
 
502 aa  197  5.000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000684589  decreased coverage  0.000347242 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0457  hypothetical protein  31.12 
 
 
446 aa  197  5.000000000000001e-49  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0463  hypothetical protein  31.12 
 
 
446 aa  197  5.000000000000001e-49  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1890  putative tripeptide transporter permease  31.18 
 
 
501 aa  196  6e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2017  putative tripeptide transporter permease  31.76 
 
 
506 aa  196  7e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.617443  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1622  putative tripeptide transporter permease  31.18 
 
 
501 aa  196  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.185719  normal  0.452221 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1562  putative tripeptide transporter permease  31.18 
 
 
501 aa  196  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0485322  normal  0.102163 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1722  putative tripeptide transporter permease  31.18 
 
 
501 aa  196  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00217506  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1549  putative tripeptide transporter permease  31.18 
 
 
501 aa  196  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.507438  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3261  amino acid/peptide transporter  29.61 
 
 
506 aa  194  4e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0234728 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0984  dipeptide/tripeptide permease  32.06 
 
 
483 aa  194  4e-48  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00152732  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0531  amino acid/peptide transporter  30.65 
 
 
463 aa  192  1e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0236293  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01604  putative tripeptide transporter permease  30.3 
 
 
500 aa  191  2e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00542523  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2006  amino acid/peptide transporter  30.3 
 
 
500 aa  191  2e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0749107  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01594  hypothetical protein  30.3 
 
 
500 aa  191  2e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00471162  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1824  putative tripeptide transporter permease  30.3 
 
 
500 aa  191  2e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2849  amino acid/peptide transporter  29.57 
 
 
498 aa  191  2e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1844  putative tripeptide transporter permease  30.3 
 
 
500 aa  191  2e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000345542  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2346  putative tripeptide transporter permease  30.3 
 
 
500 aa  191  2e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0609489  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1565  putative tripeptide transporter permease  30.3 
 
 
500 aa  191  2e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1995  putative tripeptide transporter permease  30.3 
 
 
500 aa  191  2e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.46141  normal  0.0309863 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0759  major facilitator superfamily peptide/H(+)symporter  31.21 
 
 
513 aa  190  4e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1177  proton-dependent oligopeptide transporter (POT) family protein  28.66 
 
 
506 aa  190  4e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.980946  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1710  putative tripeptide transporter permease  30.35 
 
 
500 aa  190  5e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0064967  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2233  putative tripeptide transporter permease  30.5 
 
 
506 aa  189  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000348133 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0580  proton/peptide symporter family protein  28.91 
 
 
452 aa  189  1e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00403619  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0614  proton/peptide symporter family protein  28.91 
 
 
452 aa  189  1e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000352854  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3244  amino acid/peptide transporter  30.11 
 
 
495 aa  188  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.950565  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2910  amino acid/peptide transporter  28.99 
 
 
516 aa  188  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.380758  normal  0.476442 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1088  amino acid/peptide transporter  28.55 
 
 
584 aa  188  2e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3089  amino acid/peptide transporter  29.08 
 
 
516 aa  188  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000368989  normal  0.0911268 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1102  amino acid/peptide transporter  29.18 
 
 
546 aa  188  2e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3942  amino acid/peptide transporter  33.04 
 
 
496 aa  187  3e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0547773  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01330  hypothetical protein  27.46 
 
 
462 aa  187  3e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2992  amino acid/peptide transporter  28.99 
 
 
516 aa  187  3e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0360187  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4728  amino acid/peptide transporter  30.34 
 
 
506 aa  187  4e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0834  amino acid/peptide transporter  32.03 
 
 
432 aa  187  4e-46  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.655453  normal  0.033682 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1344  di-/tripeptide transporter  27.8 
 
 
507 aa  187  5e-46  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.938084  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5415  amino acid/peptide transporter  30.08 
 
 
506 aa  186  6e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0615  proton/peptide symporter family protein  29.79 
 
 
492 aa  186  7e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4868  amino acid/peptide transporter  30.08 
 
 
507 aa  186  7e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0113  amino acid/peptide transporter  30.19 
 
 
506 aa  186  9e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5316  amino acid/peptide transporter  29.57 
 
 
506 aa  186  9e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.179594  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5544  amino acid/peptide transporter  29.57 
 
 
506 aa  186  9e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1277  proton-dependent oligopeptide transporter (POT) family protein  28.19 
 
 
516 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1572  di-/tripeptide transporter  29.79 
 
 
492 aa  186  1.0000000000000001e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.827276  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1881  amino acid/peptide transporter  29.15 
 
 
517 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0879055  hitchhiker  0.00292537 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1357  amino acid/peptide transporter  30.67 
 
 
489 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000317071  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0922  amino acid/peptide transporter  29.72 
 
 
477 aa  184  4.0000000000000006e-45  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000322625  unclonable  8.27442e-19 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4440  amino acid/peptide transporter  30.52 
 
 
513 aa  183  6e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1117  amino acid/peptide transporter  28.51 
 
 
523 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0834  amino acid/peptide transporter  30.31 
 
 
499 aa  182  9.000000000000001e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000422142 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4615  proton/peptide symporter family protein  27.97 
 
 
461 aa  182  1e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000740471  normal  0.0901188 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0655  proton/peptide symporter family protein  27.77 
 
 
461 aa  182  1e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000039773  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0599  peptide symporter family protein  27.77 
 
 
461 aa  182  1e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000279304  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0689  proton/peptide symporter family protein  27.77 
 
 
461 aa  182  1e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000179263  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>