More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1426 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1426  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 		 415 aa  811    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.681295  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1826  major facilitator superfamily MFS_1  97.34 
 
 		 415 aa  793    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.793514  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3208  major facilitator transporter  70.68 
 
 		 415 aa  568  1e-161  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.54065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0291  major facilitator superfamily MFS_1  47.45 
 
 		 411 aa  283  5.000000000000001e-75  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.505334  normal  0.0430819 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4929  major facilitator superfamily MFS_1  41.76 
 
 		 395 aa  234  2.0000000000000002e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.127537  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1048  major facilitator superfamily MFS_1  41.03 
 
 		 477 aa  228  1e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.137816  normal  0.36117 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1618  major facilitator transporter  36.26 
 
 		 412 aa  215  1.9999999999999998e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2602  major facilitator superfamily MFS_1  33.58 
 
 		 422 aa  189  8e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.954157  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1445  major facilitator transporter  35.71 
 
 		 419 aa  185  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.804439  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1463  major facilitator superfamily transporter  35.71 
 
 		 419 aa  185  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0911464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5855  major facilitator superfamily transporter  34.92 
 
 		 420 aa  186  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4237  major facilitator superfamily MFS_1  34.69 
 
 		 422 aa  185  2.0000000000000003e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4559  major facilitator transporter  34.84 
 
 		 421 aa  184  2.0000000000000003e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4972  major facilitator transporter  33.89 
 
 		 425 aa  177  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.702579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0900  major facilitator transporter  33.99 
 
 		 420 aa  175  9.999999999999999e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2309  major facilitator transporter  36.17 
 
 		 426 aa  173  3.9999999999999995e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.559549 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4715  major facilitator superfamily MFS_1  34.46 
 
 		 413 aa  168  2e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4586  major facilitator transporter  35.9 
 
 		 426 aa  166  5e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.101779  decreased coverage  0.00026814 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4198  major facilitator transporter  34.12 
 
 		 418 aa  165  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4264  major facilitator superfamily transporter  34.12 
 
 		 418 aa  165  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.396919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4425  major facilitator transporter  34.12 
 
 		 418 aa  165  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.226942  normal  0.426578 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10866  integral membrane transport protein  35.62 
 
 		 419 aa  154  2e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.25313  hitchhiker  0.00190628 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4401  major facilitator transporter  34.53 
 
 		 414 aa  145  2e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.868968  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2181  multidrug resistance protein MdtH  28.57 
 
 		 401 aa  133  6e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.815188  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0744  major facilitator transporter  33.23 
 
 		 408 aa  129  9.000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.871557 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2079  multidrug resistance protein MdtH  28.79 
 
 		 401 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0994516  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2162  multidrug resistance protein MdtH  28.97 
 
 		 401 aa  127  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.976846  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2050  multidrug resistance protein MdtH  28.97 
 
 		 401 aa  127  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2443  multidrug resistance protein MdtH  28.97 
 
 		 401 aa  127  5e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.313716  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1802  multidrug resistance protein MdtH  29.62 
 
 		 401 aa  125  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.888492  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2796  multidrug resistance protein MdtH  29.17 
 
 		 401 aa  124  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.141154 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1579  multidrug resistance protein MdtH  27.42 
 
 		 402 aa  123  5e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01061  predicted drug efflux system  26.67 
 
 		 402 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2581  major facilitator superfamily MFS_1  26.67 
 
 		 402 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.487081  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2064  multidrug resistance protein MdtH  26.67 
 
 		 402 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.182289 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2261  multidrug resistance protein MdtH  26.67 
 
 		 402 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01069  hypothetical protein  26.67 
 
 		 402 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1188  multidrug resistance protein MdtH  26.67 
 
 		 402 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2535  multidrug resistance protein MdtH  26.67 
 
 		 402 aa  121  3e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  normal  0.203452 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1188  multidrug resistance protein MdtH  26.67 
 
 		 402 aa  121  3e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.812353  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1444  multidrug resistance protein MdtH  26.67 
 
 		 402 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.723421  hitchhiker  0.006681 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2022  multidrug resistance protein MdtH  26.72 
 
 		 402 aa  119  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1278  multidrug resistance protein MdtH  26.72 
 
 		 402 aa  119  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.742422 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1263  multidrug resistance protein MdtH  26.72 
 
 		 402 aa  119  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.21889 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2206  multidrug resistance protein MdtH  26.72 
 
 		 402 aa  119  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.151391 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0239  multidrug resistance protein MdtH  26.41 
 
 		 411 aa  119  9.999999999999999e-26  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1234  multidrug resistance protein MdtH  26.47 
 
 		 402 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.182579 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2276  multidrug resistance protein MdtH  28.41 
 
 		 398 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1664  major facilitator superfamily MFS_1  29.59 
 
 		 406 aa  107  3e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4228  hypothetical protein  28.03 
 
 		 443 aa  90.1  6e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.642554  normal  0.06951 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2132  major facilitator transporter  25.14 
 
 		 393 aa  89.4  1e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5044  major facilitator transporter  23.71 
 
 		 403 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.183022  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3166  hypothetical protein  21.7 
 
 		 393 aa  77  0.0000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0358769  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3416  hypothetical protein  21.7 
 
 		 393 aa  77  0.0000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0485  major facilitator superfamily MFS_1  27.42 
 
 		 485 aa  75.5  0.000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.165691  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3387  hypothetical protein  21.41 
 
 		 395 aa  74.7  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.113682  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3386  hypothetical protein  20.85 
 
 		 393 aa  74.7  0.000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2847  major facilitator family transporter  24.72 
 
 		 424 aa  74.7  0.000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000267919 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_880  major facilitator family transporter  25.89 
 
 		 423 aa  73.6  0.000000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0896  major facilitator transporter  24.88 
 
 		 395 aa  73.6  0.000000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3150  membrane protein; TGF-beta receptor, type I/II extracellular region  20.7 
 
 		 393 aa  72.8  0.00000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000153748  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3364  hypothetical protein  21.72 
 
 		 397 aa  72.8  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1861  hypothetical protein  21.16 
 
 		 398 aa  72.8  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3060  membrane protein; TGF-beta receptor, type I/II extracellular region  21.43 
 
 		 393 aa  72  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000191911  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1052  major facilitator transporter  23.14 
 
 		 510 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3391  major facilitator family protein  21.16 
 
 		 399 aa  70.9  0.00000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.271693  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2875  major facilitator transporter  21.86 
 
 		 517 aa  70.1  0.00000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0891  major facilitator transporter  23.55 
 
 		 510 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.891594  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4917  major facilitator transporter  23.06 
 
 		 419 aa  68.2  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0995629 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2826  major facilitator transporter  24.18 
 
 		 514 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2924  major facilitator transporter  24.81 
 
 		 514 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.771721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2748  major facilitator transporter  24.81 
 
 		 514 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3017  major facilitator superfamily MFS_1  24.42 
 
 		 513 aa  67  0.0000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.227562  normal  0.425104 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1258  major facilitator transporter  24.03 
 
 		 513 aa  67.4  0.0000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5066  major facilitator family transporter  25.41 
 
 		 423 aa  67  0.0000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00487655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1341  major facilitator transporter  24.42 
 
 		 513 aa  67  0.0000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0278  major facilitator family transporter  24.51 
 
 		 423 aa  66.6  0.0000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.248198  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0264  major facilitator family transporter  24.65 
 
 		 423 aa  66.6  0.0000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0402115  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5676  major facilitator transporter  23.38 
 
 		 424 aa  65.5  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.858387  decreased coverage  0.000722949 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0259  major facilitator family transporter  25.82 
 
 		 423 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.129777  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0231  major facilitator transporter  23.16 
 
 		 424 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0920  major facilitator transporter  22.73 
 
 		 512 aa  65.1  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.732822 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0222  major facilitator transporter  24.79 
 
 		 424 aa  64.7  0.000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1505  transporter, putative  23.26 
 
 		 514 aa  65.1  0.000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1331  major facilitator transporter  24.03 
 
 		 513 aa  64.3  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0812  tetracycline resistance protein  30.85 
 
 		 397 aa  63.9  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1000  major facilitator transporter  23.14 
 
 		 510 aa  63.5  0.000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0218  permease; multidrug resistance protein  25.34 
 
 		 423 aa  63.2  0.000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0914  major facilitator transporter  22.04 
 
 		 511 aa  62.8  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0256  major facilitator family transporter  23.69 
 
 		 423 aa  62  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0229  major facilitator family transporter  23.69 
 
 		 423 aa  62  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.421152  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0216  permease; multidrug resistance protein  23.69 
 
 		 423 aa  62  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0244  major facilitator family transporter  23.69 
 
 		 423 aa  62  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3307  major facilitator transporter  29.12 
 
 		 405 aa  62  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0906362  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0693  major facilitator superfamily permease  30.98 
 
 		 405 aa  61.6  0.00000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.883245  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2238  major facilitator superfamily MFS_1  24.57 
 
 		 421 aa  60.8  0.00000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1028  multidrug resistance protein  29.41 
 
 		 408 aa  60.8  0.00000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0302699  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1262  major facilitator transporter  27.95 
 
 		 421 aa  60.8  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0631224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0267  hypothetical protein  23.88 
 
 		 434 aa  60.1  0.00000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2709  major facilitator superfamily MFS_1  25.48 
 
 		 414 aa  60.1  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>