70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2561 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2561  ribosome recycling factor  100 
 
 		 156 aa  325  2.0000000000000001e-88  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.19815  normal  0.374667 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2271  Type IV fimbrial biogenesis protein PilV  37.19 
 
 		 182 aa  83.2  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3183  type IV pilus modification protein PilV  32.8 
 
 		 157 aa  74.3  0.0000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3228  Tfp pilus assembly protein PilV-like protein  29.88 
 
 		 170 aa  70.1  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2953  type IV pilus modification protein PilV  38.24 
 
 		 188 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.192573  normal  0.254456 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1103  type IV pilus modification protein PilV  38.83 
 
 		 173 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.803755 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1063  type IV pilus modification protein PilV  36.27 
 
 		 183 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2536  type IV pilus modification protein PilV  33.06 
 
 		 237 aa  67.8  0.00000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0668  hypothetical protein  32.23 
 
 		 179 aa  67.8  0.00000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3828  type IV pilus modification protein PilV  32.24 
 
 		 215 aa  67.4  0.00000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.200288 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5188  type IV pilus modification protein PilV  31.71 
 
 		 206 aa  65.9  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0685  hypothetical protein  31.4 
 
 		 179 aa  65.5  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2660  methylation  33.06 
 
 		 205 aa  63.2  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.68265  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0501  type IV pilus modification protein PilV  27.61 
 
 		 219 aa  61.6  0.000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2158  hypothetical protein  33.83 
 
 		 155 aa  60.1  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000473129  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3132  type IV pilus modification protein PilV  31 
 
 		 186 aa  60.1  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0961  type IV pilus modification protein PilV  31.45 
 
 		 186 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.747798  normal  0.89267 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5194  type IV pilus modification protein PilV  33.33 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.524323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0020  type IV pilus modification protein PilV  30 
 
 		 159 aa  59.3  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.908433  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3035  type IV pilus modification protein PilV  30 
 
 		 186 aa  59.3  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0760005 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0024  pre-pilin leader sequence  34.21 
 
 		 159 aa  58.5  0.00000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1768  putative type IV pilus assembly protein PilV  29.92 
 
 		 160 aa  58.9  0.00000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1706  type IV pilus modification protein PilV  29.92 
 
 		 160 aa  58.9  0.00000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0213  type IV pilus modification protein PilV  36.36 
 
 		 156 aa  57.8  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.035208 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5191  type IV pilus modification protein PilV  31.09 
 
 		 185 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.186729  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2886  type IV pilus modification protein PilV  30.39 
 
 		 182 aa  56.6  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.313421  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1125  type IV pilus modification protein PilV  30.39 
 
 		 187 aa  56.2  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0858  type IV pilus modification protein PilV  29.2 
 
 		 170 aa  56.2  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0784  hypothetical protein  30.17 
 
 		 194 aa  56.2  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.944216  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1160  type IV pilus modification protein PilV  30.39 
 
 		 195 aa  55.8  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.574429 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3231  type IV pilus modification protein PilV  30.39 
 
 		 195 aa  55.1  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3528  hypothetical protein  30.39 
 
 		 187 aa  54.3  0.0000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5183  type IV pilus modification protein PilV  26.76 
 
 		 200 aa  54.3  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0958149  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3106  type IV pilus modification protein PilV  27.14 
 
 		 185 aa  53.9  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457485  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1058  type IV pilus modification protein PilV  29.41 
 
 		 195 aa  53.9  0.0000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0867  type IV pilus modification protein PilV  31.19 
 
 		 177 aa  53.1  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00712578  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3554  type IV pilus modification protein PilV  30.65 
 
 		 225 aa  53.5  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.431306  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11840  type IV pilus assembly hypothetical protein, PilV-like protein  28.15 
 
 		 177 aa  53.5  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1379  type IV pilus modification protein PilV  49.09 
 
 		 165 aa  53.1  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.29272  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1291  putative type-4 fimbrial biogenesis PILV transmembrane protein  27.34 
 
 		 179 aa  52  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.749934 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2719  methylation  30.77 
 
 		 184 aa  52.4  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0490  methylation  30.2 
 
 		 152 aa  52.4  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2665  type IV pilus modification protein PilV  27.13 
 
 		 160 aa  50.8  0.000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.636874  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3168  type IV pilus modification protein PilV  26.57 
 
 		 138 aa  50.4  0.000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0854  type IV pilus modification protein PilV  26.57 
 
 		 138 aa  50.4  0.000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0016  type IV pilus modification protein PilV  32.98 
 
 		 159 aa  50.1  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1213  type IV pilus modification protein PilV  32.41 
 
 		 193 aa  49.3  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03026  hypothetical protein  36.84 
 
 		 220 aa  48.9  0.00003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.287922  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0716  type IV pilus assembly protein PilV  44.23 
 
 		 171 aa  47.4  0.00008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0486  methylation  45.28 
 
 		 139 aa  46.6  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0234  type IV fimbrial biogenesis protein PilV  42.37 
 
 		 216 aa  47  0.0001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0812  hypothetical protein  30.7 
 
 		 171 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4846  hypothetical protein  41.51 
 
 		 149 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0675  hypothetical protein  33.33 
 
 		 195 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2822  type IV pilus modification protein PilV  30.43 
 
 		 223 aa  44.7  0.0005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2023  hypothetical protein  29.17 
 
 		 180 aa  44.3  0.0007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1087  type IV pilus modification protein PilV  28.85 
 
 		 186 aa  44.3  0.0007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3405  fimbrial biogenesis protein  50 
 
 		 151 aa  43.1  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0430921 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0488  hypothetical protein  31.67 
 
 		 161 aa  42.7  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000470807  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1198  type IV pilus modification protein PilV  37 
 
 		 173 aa  42.4  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0125256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2914  putative type 4 fimbrial biogenesis related transmembrane protein  26.92 
 
 		 198 aa  42.4  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2933  hypothetical protein  42.11 
 
 		 393 aa  42  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5686  Type IV fimbrial biogenesis, pilV-related transmembrane protein  29.52 
 
 		 202 aa  42  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2881  putative type 4 fimbrial biogenesis related transmembrane protein  25.37 
 
 		 189 aa  41.2  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.779883  normal  0.387783 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3039  hypothetical protein  25 
 
 		 128 aa  41.2  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.430738  normal  0.140833 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01321  type IV pilus modification protein PilV  33.01 
 
 		 138 aa  40.8  0.007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.539325  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0189  type-4 fimbrial biogenesis transmembrane protein PilV  27.12 
 
 		 180 aa  40.8  0.007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.316341 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2910  type IV pilus modification protein PilV  25.98 
 
 		 192 aa  40.8  0.007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.389723  normal  0.0418103 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1295  type IV pilus modification protein PilV  24.75 
 
 		 188 aa  40.8  0.007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.444338 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3253  PilD-dependent protein  31.33 
 
 		 138 aa  40.4  0.01  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>