34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0189 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0189  type-4 fimbrial biogenesis transmembrane protein PilV  100 
 
 		 180 aa  363  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.316341 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1291  putative type-4 fimbrial biogenesis PILV transmembrane protein  53.71 
 
 		 179 aa  195  3e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.749934 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5188  type IV pilus modification protein PilV  33.09 
 
 		 206 aa  70.5  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2271  Type IV fimbrial biogenesis protein PilV  30.99 
 
 		 182 aa  65.5  0.0000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0858  type IV pilus modification protein PilV  34.92 
 
 		 170 aa  65.5  0.0000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3828  type IV pilus modification protein PilV  26.49 
 
 		 215 aa  59.3  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.200288 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3183  type IV pilus modification protein PilV  30.71 
 
 		 157 aa  57  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2536  type IV pilus modification protein PilV  30.4 
 
 		 237 aa  54.7  0.0000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2660  methylation  30.3 
 
 		 205 aa  54.7  0.0000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.68265  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3132  type IV pilus modification protein PilV  29.92 
 
 		 186 aa  54.3  0.0000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2953  type IV pilus modification protein PilV  29.51 
 
 		 188 aa  52.8  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.192573  normal  0.254456 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0501  type IV pilus modification protein PilV  27.85 
 
 		 219 aa  52.8  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03026  hypothetical protein  31.11 
 
 		 220 aa  50.8  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.287922  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0685  hypothetical protein  27.03 
 
 		 179 aa  48.1  0.00007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5194  type IV pilus modification protein PilV  30.33 
 
 		 210 aa  47.8  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.524323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3228  Tfp pilus assembly protein PilV-like protein  24.84 
 
 		 170 aa  47.4  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0020  type IV pilus modification protein PilV  23.72 
 
 		 159 aa  47.4  0.0001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.908433  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0024  pre-pilin leader sequence  23.53 
 
 		 159 aa  47.4  0.0001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0668  hypothetical protein  26.35 
 
 		 179 aa  46.6  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1063  type IV pilus modification protein PilV  29.09 
 
 		 183 aa  46.2  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0784  hypothetical protein  30.16 
 
 		 194 aa  45.8  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.944216  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2910  type IV pilus modification protein PilV  25.41 
 
 		 192 aa  44.7  0.0007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.389723  normal  0.0418103 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2665  type IV pilus modification protein PilV  31.15 
 
 		 160 aa  44.7  0.0007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.636874  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3106  type IV pilus modification protein PilV  30 
 
 		 185 aa  43.9  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457485  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3554  type IV pilus modification protein PilV  35 
 
 		 225 aa  43.9  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.431306  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5191  type IV pilus modification protein PilV  28.57 
 
 		 185 aa  44.3  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.186729  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2822  type IV pilus modification protein PilV  41.82 
 
 		 223 aa  43.1  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2158  hypothetical protein  26.57 
 
 		 155 aa  43.5  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000473129  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1861  hypothetical protein  35 
 
 		 880 aa  42.7  0.003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1125  type IV pilus modification protein PilV  27.27 
 
 		 187 aa  42  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1103  type IV pilus modification protein PilV  28.57 
 
 		 173 aa  41.6  0.006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.803755 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1058  type IV pilus modification protein PilV  26.45 
 
 		 195 aa  40.8  0.01  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3039  hypothetical protein  35.82 
 
 		 128 aa  40.8  0.01  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.430738  normal  0.140833 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2561  ribosome recycling factor  27.12 
 
 		 156 aa  40.8  0.01  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.19815  normal  0.374667 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>