43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5183 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5183  type IV pilus modification protein PilV  100 
 
 		 200 aa  405  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0958149  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3228  Tfp pilus assembly protein PilV-like protein  30.97 
 
 		 170 aa  73.6  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0867  type IV pilus modification protein PilV  43.33 
 
 		 177 aa  72.8  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00712578  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0784  hypothetical protein  30.83 
 
 		 194 aa  68.6  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.944216  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0685  hypothetical protein  29.32 
 
 		 179 aa  67.4  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0668  hypothetical protein  29.32 
 
 		 179 aa  67.8  0.0000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0501  type IV pilus modification protein PilV  29.13 
 
 		 219 aa  67.8  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2271  Type IV fimbrial biogenesis protein PilV  29.46 
 
 		 182 aa  62  0.000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3828  type IV pilus modification protein PilV  29.09 
 
 		 215 aa  61.6  0.000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.200288 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3183  type IV pilus modification protein PilV  32.05 
 
 		 157 aa  60.1  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2561  ribosome recycling factor  30.66 
 
 		 156 aa  58.5  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.19815  normal  0.374667 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0727  putative type-4 fimbrial biogenesis PILV-related transmembrane protein  26.95 
 
 		 205 aa  57  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.698407 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0961  type IV pilus modification protein PilV  28.72 
 
 		 186 aa  55.1  0.0000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.747798  normal  0.89267 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2536  type IV pilus modification protein PilV  30.23 
 
 		 237 aa  53.5  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4846  hypothetical protein  44.93 
 
 		 149 aa  52.4  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2660  methylation  28.08 
 
 		 205 aa  52.8  0.000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.68265  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5686  Type IV fimbrial biogenesis, pilV-related transmembrane protein  46.55 
 
 		 202 aa  51.6  0.000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5188  type IV pilus modification protein PilV  26.63 
 
 		 206 aa  51.2  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2914  putative type 4 fimbrial biogenesis related transmembrane protein  41.57 
 
 		 198 aa  50.4  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3554  type IV pilus modification protein PilV  26.58 
 
 		 225 aa  50.4  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.431306  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0716  type IV pilus assembly protein PilV  43.55 
 
 		 171 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0812  hypothetical protein  43.55 
 
 		 171 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2822  type IV pilus modification protein PilV  40.32 
 
 		 223 aa  49.3  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5194  type IV pilus modification protein PilV  27.22 
 
 		 210 aa  49.3  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.524323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2881  putative type 4 fimbrial biogenesis related transmembrane protein  41.94 
 
 		 189 aa  48.1  0.00009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.779883  normal  0.387783 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2023  hypothetical protein  33.72 
 
 		 180 aa  47.8  0.0001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5191  type IV pilus modification protein PilV  25.44 
 
 		 185 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.186729  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0263  putative type IV fimbrial biogenesis protein PilV  41.05 
 
 		 188 aa  46.6  0.0002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.427533 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0714  type IV pilus modification protein PilV  26.49 
 
 		 167 aa  47  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.254571 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3106  type IV pilus modification protein PilV  29.08 
 
 		 185 aa  46.6  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457485  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0234  type IV fimbrial biogenesis protein PilV  38.71 
 
 		 216 aa  46.2  0.0004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0671  type IV pilus modification protein PilV  25.95 
 
 		 167 aa  45.1  0.0006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.663596 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1291  putative type-4 fimbrial biogenesis PILV transmembrane protein  28.29 
 
 		 179 aa  45.4  0.0006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.749934 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0213  type IV pilus modification protein PilV  31.82 
 
 		 156 aa  45.1  0.0007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.035208 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0858  type IV pilus modification protein PilV  34.78 
 
 		 170 aa  44.7  0.0009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0989  hypothetical protein  30.69 
 
 		 131 aa  44.7  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.670007  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0189  type-4 fimbrial biogenesis transmembrane protein PilV  30.47 
 
 		 180 aa  44.3  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.316341 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1379  type IV pilus modification protein PilV  37.5 
 
 		 165 aa  43.9  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.29272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2158  hypothetical protein  38.33 
 
 		 155 aa  43.5  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000473129  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2910  type IV pilus modification protein PilV  27.69 
 
 		 192 aa  42.7  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.389723  normal  0.0418103 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0675  hypothetical protein  42.59 
 
 		 195 aa  41.2  0.009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2886  type IV pilus modification protein PilV  29.79 
 
 		 182 aa  41.2  0.01  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.313421  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0486  methylation  36.67 
 
 		 139 aa  41.2  0.01  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>