59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0961 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0961  type IV pilus modification protein PilV  100 
 
 		 186 aa  386  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.747798  normal  0.89267 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5191  type IV pilus modification protein PilV  45.9 
 
 		 185 aa  170  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.186729  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5188  type IV pilus modification protein PilV  28.93 
 
 		 206 aa  63.2  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2561  ribosome recycling factor  31.45 
 
 		 156 aa  60.1  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.19815  normal  0.374667 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2822  type IV pilus modification protein PilV  26.47 
 
 		 223 aa  60.1  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1379  type IV pilus modification protein PilV  50 
 
 		 165 aa  57  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.29272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3228  Tfp pilus assembly protein PilV-like protein  31.68 
 
 		 170 aa  56.6  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3828  type IV pilus modification protein PilV  25.93 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.200288 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3183  type IV pilus modification protein PilV  32.54 
 
 		 157 aa  54.7  0.0000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5183  type IV pilus modification protein PilV  28.21 
 
 		 200 aa  54.3  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0958149  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4846  hypothetical protein  40.3 
 
 		 149 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0501  type IV pilus modification protein PilV  26.47 
 
 		 219 aa  53.1  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2158  hypothetical protein  32.28 
 
 		 155 aa  53.5  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000473129  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0784  hypothetical protein  47.27 
 
 		 194 aa  52.8  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.944216  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0234  type IV fimbrial biogenesis protein PilV  36.99 
 
 		 216 aa  52.4  0.000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3168  type IV pilus modification protein PilV  44.64 
 
 		 138 aa  52  0.000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0854  type IV pilus modification protein PilV  44.64 
 
 		 138 aa  52  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1213  type IV pilus modification protein PilV  45.61 
 
 		 193 aa  52  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2536  type IV pilus modification protein PilV  38.81 
 
 		 237 aa  52  0.000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2271  Type IV fimbrial biogenesis protein PilV  29.23 
 
 		 182 aa  52  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0727  putative type-4 fimbrial biogenesis PILV-related transmembrane protein  25.6 
 
 		 205 aa  50.4  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.698407 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2882  type IV pilus modification protein PilV  27.93 
 
 		 181 aa  50.4  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5194  type IV pilus modification protein PilV  25.48 
 
 		 210 aa  50.1  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.524323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1768  putative type IV pilus assembly protein PilV  44.44 
 
 		 160 aa  49.3  0.00003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3554  type IV pilus modification protein PilV  24 
 
 		 225 aa  49.7  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.431306  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1706  type IV pilus modification protein PilV  44.44 
 
 		 160 aa  49.3  0.00003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1103  type IV pilus modification protein PilV  34.67 
 
 		 173 aa  49.7  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.803755 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1087  type IV pilus modification protein PilV  41.27 
 
 		 186 aa  49.3  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0858  type IV pilus modification protein PilV  45.45 
 
 		 170 aa  48.1  0.00008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3106  type IV pilus modification protein PilV  23.9 
 
 		 185 aa  48.1  0.00008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457485  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2660  methylation  38.18 
 
 		 205 aa  47.8  0.00009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.68265  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3039  hypothetical protein  38.71 
 
 		 128 aa  47.4  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.430738  normal  0.140833 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2881  putative type 4 fimbrial biogenesis related transmembrane protein  30.1 
 
 		 189 aa  47.4  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.779883  normal  0.387783 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2886  type IV pilus modification protein PilV  36.07 
 
 		 182 aa  46.6  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.313421  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3231  type IV pilus modification protein PilV  25 
 
 		 195 aa  45.4  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1160  type IV pilus modification protein PilV  25.61 
 
 		 195 aa  45.8  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.574429 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0016  type IV pilus modification protein PilV  37.5 
 
 		 159 aa  45.4  0.0005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3405  fimbrial biogenesis protein  50 
 
 		 151 aa  45.4  0.0005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0430921 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0867  type IV pilus modification protein PilV  36.51 
 
 		 177 aa  45.4  0.0005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00712578  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1125  type IV pilus modification protein PilV  24.42 
 
 		 187 aa  45.1  0.0006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1295  type IV pilus modification protein PilV  35.48 
 
 		 188 aa  45.1  0.0006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.444338 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2023  hypothetical protein  38.33 
 
 		 180 aa  45.1  0.0007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0812  hypothetical protein  36.36 
 
 		 171 aa  44.7  0.0007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2665  type IV pilus modification protein PilV  27.69 
 
 		 160 aa  44.7  0.0007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.636874  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0716  type IV pilus assembly protein PilV  36.36 
 
 		 171 aa  44.7  0.0008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1063  type IV pilus modification protein PilV  35 
 
 		 183 aa  44.3  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3528  hypothetical protein  35.48 
 
 		 187 aa  43.9  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0024  pre-pilin leader sequence  40 
 
 		 159 aa  43.9  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0020  type IV pilus modification protein PilV  34.78 
 
 		 159 aa  43.9  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.908433  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0756  hypothetical protein  36.07 
 
 		 180 aa  44.3  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1291  putative type-4 fimbrial biogenesis PILV transmembrane protein  38.18 
 
 		 179 aa  43.5  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.749934 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1058  type IV pilus modification protein PilV  24.39 
 
 		 195 aa  43.5  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3132  type IV pilus modification protein PilV  35 
 
 		 186 aa  43.1  0.003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0486  methylation  38.98 
 
 		 139 aa  42.4  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0388  putative type IV pilin  37.88 
 
 		 125 aa  42  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11840  type IV pilus assembly hypothetical protein, PilV-like protein  30.6 
 
 		 177 aa  42  0.006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03026  hypothetical protein  31.82 
 
 		 220 aa  41.2  0.008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.287922  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2521  hypothetical protein  38.1 
 
 		 147 aa  41.2  0.008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0254  pilus assembly protein  41.82 
 
 		 140 aa  40.8  0.01  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>