62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3528 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3528  hypothetical protein  100 
 
 		 187 aa  382  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1125  type IV pilus modification protein PilV  82.89 
 
 		 187 aa  328  2e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3231  type IV pilus modification protein PilV  82.35 
 
 		 195 aa  328  4e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1160  type IV pilus modification protein PilV  80.75 
 
 		 195 aa  324  6e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.574429 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1058  type IV pilus modification protein PilV  81.28 
 
 		 195 aa  323  7e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3132  type IV pilus modification protein PilV  64.92 
 
 		 186 aa  246  1e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1103  type IV pilus modification protein PilV  63.79 
 
 		 173 aa  228  3e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.803755 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2953  type IV pilus modification protein PilV  59.9 
 
 		 188 aa  217  7.999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.192573  normal  0.254456 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3035  type IV pilus modification protein PilV  59.38 
 
 		 186 aa  214  5.9999999999999996e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0760005 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1063  type IV pilus modification protein PilV  57.14 
 
 		 183 aa  213  9.999999999999999e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1295  type IV pilus modification protein PilV  60.33 
 
 		 188 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.444338 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2719  methylation  57.22 
 
 		 184 aa  204  5e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1087  type IV pilus modification protein PilV  53.3 
 
 		 186 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0928  type IV pilus assembly protein PilV  61.58 
 
 		 172 aa  194  6e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1198  type IV pilus modification protein PilV  62.29 
 
 		 173 aa  194  6e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0125256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2886  type IV pilus modification protein PilV  50.82 
 
 		 182 aa  176  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.313421  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1213  type IV pilus modification protein PilV  34.52 
 
 		 193 aa  85.9  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2271  Type IV fimbrial biogenesis protein PilV  33.79 
 
 		 182 aa  74.7  0.0000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2881  putative type 4 fimbrial biogenesis related transmembrane protein  29.61 
 
 		 189 aa  69.7  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.779883  normal  0.387783 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2914  putative type 4 fimbrial biogenesis related transmembrane protein  28.65 
 
 		 198 aa  67  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5686  Type IV fimbrial biogenesis, pilV-related transmembrane protein  33.13 
 
 		 202 aa  66.2  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3228  Tfp pilus assembly protein PilV-like protein  31.37 
 
 		 170 aa  65.9  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11840  type IV pilus assembly hypothetical protein, PilV-like protein  33.8 
 
 		 177 aa  65.1  0.0000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0867  type IV pilus modification protein PilV  31.53 
 
 		 177 aa  63.5  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00712578  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2158  hypothetical protein  51.79 
 
 		 155 aa  60.1  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000473129  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2838  type IV pilus modification protein PilV  30.25 
 
 		 199 aa  58.9  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0708061  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0090  type IV fimbrial biogenesis protein PilV, putative  30.57 
 
 		 196 aa  58.5  0.00000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.662578  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2678  type 4 fimbrial biogenesis related transmembrane protein  32.74 
 
 		 196 aa  58.5  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0668  hypothetical protein  24.57 
 
 		 179 aa  56.2  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0685  hypothetical protein  24.57 
 
 		 179 aa  56.2  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0213  type IV pilus modification protein PilV  31.25 
 
 		 156 aa  53.9  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.035208 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2561  ribosome recycling factor  30.39 
 
 		 156 aa  54.3  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.19815  normal  0.374667 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0858  type IV pilus modification protein PilV  29.63 
 
 		 170 aa  53.9  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3106  type IV pilus modification protein PilV  28.91 
 
 		 185 aa  52.8  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457485  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4846  hypothetical protein  29.41 
 
 		 149 aa  52.4  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0812  hypothetical protein  28.86 
 
 		 171 aa  51.6  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3183  type IV pilus modification protein PilV  28.07 
 
 		 157 aa  51.2  0.000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2536  type IV pilus modification protein PilV  24.19 
 
 		 237 aa  51.2  0.000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2660  methylation  32.86 
 
 		 205 aa  51.2  0.000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.68265  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0716  type IV pilus assembly protein PilV  29.38 
 
 		 171 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0784  hypothetical protein  32.11 
 
 		 194 aa  49.3  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.944216  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1379  type IV pilus modification protein PilV  45.76 
 
 		 165 aa  48.9  0.00005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.29272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2822  type IV pilus modification protein PilV  37.31 
 
 		 223 aa  48.1  0.00007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3828  type IV pilus modification protein PilV  23.57 
 
 		 215 aa  48.1  0.00008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.200288 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2910  type IV pilus modification protein PilV  27.67 
 
 		 192 aa  47.8  0.00009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.389723  normal  0.0418103 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2665  type IV pilus modification protein PilV  44.64 
 
 		 160 aa  47.8  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.636874  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0486  methylation  43.4 
 
 		 139 aa  47  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0714  type IV pilus modification protein PilV  35.78 
 
 		 167 aa  46.6  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.254571 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0401  type 4 fimbrial biogenesis related transmembrane protein  30.81 
 
 		 200 aa  46.6  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0254  pilus assembly protein  47.17 
 
 		 140 aa  46.6  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5188  type IV pilus modification protein PilV  25.44 
 
 		 206 aa  45.4  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0020  type IV pilus modification protein PilV  32.76 
 
 		 159 aa  45.1  0.0007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.908433  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0501  type IV pilus modification protein PilV  35.71 
 
 		 219 aa  45.1  0.0007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0854  type IV pilus modification protein PilV  35.09 
 
 		 138 aa  44.7  0.0008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3168  type IV pilus modification protein PilV  35.09 
 
 		 138 aa  44.7  0.0008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0024  pre-pilin leader sequence  32.76 
 
 		 159 aa  44.7  0.0008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5191  type IV pilus modification protein PilV  22.88 
 
 		 185 aa  44.3  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.186729  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0961  type IV pilus modification protein PilV  35.48 
 
 		 186 aa  43.9  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.747798  normal  0.89267 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0671  type IV pilus modification protein PilV  32.41 
 
 		 167 aa  43.1  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.663596 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0675  hypothetical protein  28.16 
 
 		 195 aa  42.7  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01321  type IV pilus modification protein PilV  27.19 
 
 		 138 aa  42.4  0.004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.539325  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3554  type IV pilus modification protein PilV  33.33 
 
 		 225 aa  41.6  0.008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.431306  normal  0.623336 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>