49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2678 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2678  type 4 fimbrial biogenesis related transmembrane protein  100 
 
 		 196 aa  387  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2914  putative type 4 fimbrial biogenesis related transmembrane protein  72.73 
 
 		 198 aa  283  8e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5686  Type IV fimbrial biogenesis, pilV-related transmembrane protein  69 
 
 		 202 aa  254  6e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0401  type 4 fimbrial biogenesis related transmembrane protein  60.5 
 
 		 200 aa  217  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2881  putative type 4 fimbrial biogenesis related transmembrane protein  44.88 
 
 		 189 aa  133  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.779883  normal  0.387783 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2838  type IV pilus modification protein PilV  42.79 
 
 		 199 aa  123  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0708061  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11840  type IV pilus assembly hypothetical protein, PilV-like protein  42.78 
 
 		 177 aa  119  3.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1087  type IV pilus modification protein PilV  32.26 
 
 		 186 aa  78.2  0.00000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1103  type IV pilus modification protein PilV  32.4 
 
 		 173 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.803755 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0668  hypothetical protein  33.33 
 
 		 179 aa  72.8  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2719  methylation  35.06 
 
 		 184 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3528  hypothetical protein  31.11 
 
 		 187 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1213  type IV pilus modification protein PilV  31.61 
 
 		 193 aa  71.2  0.000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3132  type IV pilus modification protein PilV  32 
 
 		 186 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0685  hypothetical protein  32.67 
 
 		 179 aa  70.5  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1058  type IV pilus modification protein PilV  32.14 
 
 		 195 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3231  type IV pilus modification protein PilV  32.14 
 
 		 195 aa  69.3  0.00000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1125  type IV pilus modification protein PilV  31.25 
 
 		 187 aa  68.6  0.00000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1160  type IV pilus modification protein PilV  31.55 
 
 		 195 aa  68.2  0.00000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.574429 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1063  type IV pilus modification protein PilV  29.9 
 
 		 183 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1295  type IV pilus modification protein PilV  34.19 
 
 		 188 aa  67  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.444338 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2953  type IV pilus modification protein PilV  28.86 
 
 		 188 aa  65.5  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.192573  normal  0.254456 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3035  type IV pilus modification protein PilV  27.96 
 
 		 186 aa  64.7  0.0000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0760005 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2886  type IV pilus modification protein PilV  26.17 
 
 		 182 aa  63.9  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.313421  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3228  Tfp pilus assembly protein PilV-like protein  47 
 
 		 170 aa  61.2  0.000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2536  type IV pilus modification protein PilV  32.8 
 
 		 237 aa  56.2  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2910  type IV pilus modification protein PilV  33.62 
 
 		 192 aa  55.5  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.389723  normal  0.0418103 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0928  type IV pilus assembly protein PilV  30.22 
 
 		 172 aa  55.1  0.0000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1198  type IV pilus modification protein PilV  32.78 
 
 		 173 aa  54.7  0.0000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0125256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0867  type IV pilus modification protein PilV  31.48 
 
 		 177 aa  54.3  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00712578  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3183  type IV pilus modification protein PilV  29.6 
 
 		 157 aa  52.8  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2158  hypothetical protein  31.71 
 
 		 155 aa  52.4  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000473129  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2271  Type IV fimbrial biogenesis protein PilV  33.96 
 
 		 182 aa  51.2  0.000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0501  type IV pilus modification protein PilV  33.77 
 
 		 219 aa  48.1  0.00007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0858  type IV pilus modification protein PilV  30.92 
 
 		 170 aa  47.8  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5183  type IV pilus modification protein PilV  44 
 
 		 200 aa  47.8  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0958149  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0213  type IV pilus modification protein PilV  26.57 
 
 		 156 aa  45.8  0.0004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.035208 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3828  type IV pilus modification protein PilV  36.67 
 
 		 215 aa  45.1  0.0006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.200288 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2660  methylation  30.99 
 
 		 205 aa  45.1  0.0006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.68265  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2822  type IV pilus modification protein PilV  27.83 
 
 		 223 aa  44.3  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3168  type IV pilus modification protein PilV  38.33 
 
 		 138 aa  43.5  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0854  type IV pilus modification protein PilV  38.33 
 
 		 138 aa  43.5  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4846  hypothetical protein  40.24 
 
 		 149 aa  43.9  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3554  type IV pilus modification protein PilV  37.68 
 
 		 225 aa  43.1  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.431306  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0090  type IV fimbrial biogenesis protein PilV, putative  29.84 
 
 		 196 aa  43.1  0.003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.662578  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5188  type IV pilus modification protein PilV  27.43 
 
 		 206 aa  42.4  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1379  type IV pilus modification protein PilV  30.71 
 
 		 165 aa  42.4  0.004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.29272  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0812  hypothetical protein  27.41 
 
 		 171 aa  42.4  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0016  type IV pilus modification protein PilV  32.38 
 
 		 159 aa  41.2  0.01  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>