66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0928 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0928  type IV pilus assembly protein PilV  100 
 
 		 172 aa  354  3.9999999999999996e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1103  type IV pilus modification protein PilV  75 
 
 		 173 aa  274  4e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.803755 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3035  type IV pilus modification protein PilV  65.54 
 
 		 186 aa  248  3e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0760005 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3132  type IV pilus modification protein PilV  65.12 
 
 		 186 aa  246  1e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1063  type IV pilus modification protein PilV  62.43 
 
 		 183 aa  239  2e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1198  type IV pilus modification protein PilV  68.86 
 
 		 173 aa  223  1e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0125256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1125  type IV pilus modification protein PilV  63.84 
 
 		 187 aa  222  2e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3231  type IV pilus modification protein PilV  63.28 
 
 		 195 aa  220  8e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2953  type IV pilus modification protein PilV  61.14 
 
 		 188 aa  220  9e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.192573  normal  0.254456 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1160  type IV pilus modification protein PilV  62.71 
 
 		 195 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.574429 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1058  type IV pilus modification protein PilV  62.71 
 
 		 195 aa  218  3e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3528  hypothetical protein  61.58 
 
 		 187 aa  217  5e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2886  type IV pilus modification protein PilV  54.86 
 
 		 182 aa  197  3.9999999999999996e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.313421  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1295  type IV pilus modification protein PilV  56.38 
 
 		 188 aa  197  3.9999999999999996e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.444338 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2719  methylation  50.82 
 
 		 184 aa  190  9e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1087  type IV pilus modification protein PilV  47.03 
 
 		 186 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1213  type IV pilus modification protein PilV  35.52 
 
 		 193 aa  95.5  3e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2881  putative type 4 fimbrial biogenesis related transmembrane protein  30.26 
 
 		 189 aa  76.3  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.779883  normal  0.387783 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0867  type IV pilus modification protein PilV  35.78 
 
 		 177 aa  74.7  0.0000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00712578  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2271  Type IV fimbrial biogenesis protein PilV  34.25 
 
 		 182 aa  73.6  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11840  type IV pilus assembly hypothetical protein, PilV-like protein  34.06 
 
 		 177 aa  70.9  0.000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0685  hypothetical protein  30.9 
 
 		 179 aa  66.6  0.0000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5686  Type IV fimbrial biogenesis, pilV-related transmembrane protein  31.79 
 
 		 202 aa  64.7  0.0000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0668  hypothetical protein  30.34 
 
 		 179 aa  64.7  0.0000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3228  Tfp pilus assembly protein PilV-like protein  29.14 
 
 		 170 aa  64.7  0.0000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2914  putative type 4 fimbrial biogenesis related transmembrane protein  29.83 
 
 		 198 aa  60.8  0.000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5188  type IV pilus modification protein PilV  25.47 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3828  type IV pilus modification protein PilV  25.99 
 
 		 215 aa  59.7  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.200288 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0090  type IV fimbrial biogenesis protein PilV, putative  27.37 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.662578  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2561  ribosome recycling factor  32.35 
 
 		 156 aa  58.9  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.19815  normal  0.374667 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2838  type IV pilus modification protein PilV  26.43 
 
 		 199 aa  57.8  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0708061  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2158  hypothetical protein  48.21 
 
 		 155 aa  57.8  0.00000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000473129  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3106  type IV pilus modification protein PilV  28.97 
 
 		 185 aa  57.4  0.00000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457485  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0812  hypothetical protein  27.27 
 
 		 171 aa  54.3  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0714  type IV pilus modification protein PilV  31.94 
 
 		 167 aa  54.3  0.0000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.254571 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2678  type 4 fimbrial biogenesis related transmembrane protein  29.94 
 
 		 196 aa  53.9  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.171677 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0858  type IV pilus modification protein PilV  27.52 
 
 		 170 aa  52.8  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0671  type IV pilus modification protein PilV  30.77 
 
 		 167 aa  52  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.663596 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0675  hypothetical protein  31.52 
 
 		 195 aa  50.8  0.000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1379  type IV pilus modification protein PilV  33.06 
 
 		 165 aa  50.4  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.29272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2536  type IV pilus modification protein PilV  23.89 
 
 		 237 aa  50.4  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5194  type IV pilus modification protein PilV  26.25 
 
 		 210 aa  50.1  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.524323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3183  type IV pilus modification protein PilV  22.81 
 
 		 157 aa  49.7  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4846  hypothetical protein  27.08 
 
 		 149 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0961  type IV pilus modification protein PilV  38.1 
 
 		 186 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.747798  normal  0.89267 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0501  type IV pilus modification protein PilV  22.78 
 
 		 219 aa  48.5  0.00004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0854  type IV pilus modification protein PilV  38.33 
 
 		 138 aa  48.5  0.00004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3168  type IV pilus modification protein PilV  38.33 
 
 		 138 aa  48.5  0.00004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0784  hypothetical protein  28.07 
 
 		 194 aa  47.8  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.944216  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0213  type IV pilus modification protein PilV  28.72 
 
 		 156 aa  47.8  0.00009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.035208 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2665  type IV pilus modification protein PilV  38.33 
 
 		 160 aa  47.4  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.636874  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0486  methylation  26.49 
 
 		 139 aa  46.6  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2660  methylation  33.33 
 
 		 205 aa  46.2  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.68265  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0189  type-4 fimbrial biogenesis transmembrane protein PilV  26.27 
 
 		 180 aa  45.8  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.316341 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0254  pilus assembly protein  44.23 
 
 		 140 aa  45.1  0.0004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0401  type 4 fimbrial biogenesis related transmembrane protein  32.43 
 
 		 200 aa  45.1  0.0005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0716  type IV pilus assembly protein PilV  21.69 
 
 		 171 aa  43.9  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2822  type IV pilus modification protein PilV  35.71 
 
 		 223 aa  43.9  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.402085 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5191  type IV pilus modification protein PilV  21.95 
 
 		 185 aa  43.9  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.186729  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0020  type IV pilus modification protein PilV  28.57 
 
 		 159 aa  42.7  0.002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.908433  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1291  putative type-4 fimbrial biogenesis PILV transmembrane protein  23.08 
 
 		 179 aa  43.1  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.749934 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3554  type IV pilus modification protein PilV  23.97 
 
 		 225 aa  43.1  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.431306  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0024  pre-pilin leader sequence  28.57 
 
 		 159 aa  42.4  0.003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2521  hypothetical protein  23.12 
 
 		 147 aa  42.4  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3039  hypothetical protein  33.87 
 
 		 128 aa  42.7  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.430738  normal  0.140833 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3253  PilD-dependent protein  31.08 
 
 		 138 aa  40.8  0.009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>