115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4689 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4689  hypothetical protein  100 
 
 		 219 aa  434  1e-121  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3883  hypothetical protein  90.87 
 
 		 219 aa  394  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3976  hypothetical protein  91.32 
 
 		 219 aa  396  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.417481 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4086  hypothetical protein  90.41 
 
 		 219 aa  393  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4326  SNARE associated Golgi protein  84.86 
 
 		 221 aa  367  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4466  SNARE associated Golgi protein  84.86 
 
 		 221 aa  367  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4271  SNARE associated Golgi protein  84.86 
 
 		 221 aa  367  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0113  hypothetical protein  68.95 
 
 		 225 aa  293  2e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0467545 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4105  SNARE associated Golgi protein  53.46 
 
 		 221 aa  241  7e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0283  hypothetical protein  49.74 
 
 		 222 aa  173  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.3415  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0073  hypothetical protein  81.13 
 
 		 106 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0758  SNARE associated Golgi protein  38.43 
 
 		 250 aa  138  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.826687 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00383  hypothetical protein  35.71 
 
 		 238 aa  137  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1595  hypothetical protein  35.16 
 
 		 227 aa  130  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0135  hypothetical protein  40.52 
 
 		 250 aa  126  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1172  hypothetical protein  35.05 
 
 		 226 aa  124  9e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0907019  normal  0.247056 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3675  hypothetical protein  35.39 
 
 		 239 aa  122  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1535  hypothetical protein  42.63 
 
 		 234 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.132727 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0975  hypothetical protein  38.67 
 
 		 210 aa  96.7  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2048  SNARE associated Golgi protein  35.15 
 
 		 243 aa  90.1  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03390  hypothetical protein  30.32 
 
 		 225 aa  86.7  3e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1474  phospholipase D/transphosphatidylase  26.47 
 
 		 714 aa  70.9  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.458046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1112  hypothetical protein  33.57 
 
 		 226 aa  70.9  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3750  hypothetical protein  40.18 
 
 		 239 aa  70.1  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01463  Phospholipase D/Transphosphatidylase  27.14 
 
 		 738 aa  63.2  0.000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2230  SNARE associated Golgi protein  23.89 
 
 		 231 aa  62  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.571978 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1585  hypothetical protein  22.94 
 
 		 217 aa  61.6  0.000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0628648  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1912  phospholipase D/transphosphatidylase  30.19 
 
 		 714 aa  60.5  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1865  DedA family membrane protein  24.07 
 
 		 217 aa  60.8  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0119773  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5412  phospholipase D  28.05 
 
 		 735 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.965585 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2521  phospholipase D  32.38 
 
 		 714 aa  58.5  0.00000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2767  mercuric reductase, membrane-associated  34.09 
 
 		 713 aa  57  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.412379 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0910  SNARE associated Golgi protein-related protein  31.41 
 
 		 232 aa  56.6  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2456  hypothetical protein  28.45 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00843119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1984  SNARE associated Golgi protein  32.74 
 
 		 228 aa  55.5  0.0000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1326  hypothetical protein  28.57 
 
 		 229 aa  55.5  0.0000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0497167  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1523  phospholipase D/transphosphatidylase  26.61 
 
 		 717 aa  54.7  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0202  phospholipase D/transphosphatidylase  25.73 
 
 		 803 aa  54.3  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.830846  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0145  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  28.4 
 
 		 746 aa  54.7  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0784754  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1483  SNARE associated Golgi protein  24.89 
 
 		 246 aa  54.7  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.183252 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01787  mercuric reductase (Hg(II) reductase)  25.93 
 
 		 717 aa  54.7  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0474  SNARE associated Golgi protein  30.33 
 
 		 224 aa  53.5  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000739697 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1042  SNARE associated Golgi protein  31.21 
 
 		 236 aa  53.1  0.000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.406672 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3558  SNARE associated Golgi protein  32.19 
 
 		 722 aa  53.5  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.626844  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1139  SNARE associated Golgi protein  25.55 
 
 		 724 aa  52.8  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2772  hypothetical protein  27.14 
 
 		 232 aa  52.4  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1515  SNARE associated Golgi protein  26.53 
 
 		 220 aa  52.4  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.12103 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0429  SNARE associated Golgi protein  22.07 
 
 		 229 aa  52  0.000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3732  phospholipase D  27.73 
 
 		 720 aa  52.4  0.000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0899  SNARE associated Golgi protein  28.68 
 
 		 258 aa  52  0.000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000526315 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1621  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation protein  30.71 
 
 		 716 aa  51.6  0.000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.143809  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02677  hypothetical protein  24.73 
 
 		 225 aa  51.6  0.000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2261  SNARE associated Golgi protein  28.16 
 
 		 267 aa  52  0.000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000842977  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0977  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  30.6 
 
 		 722 aa  51.2  0.00001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0805308 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3057  SNARE associated Golgi protein  30.51 
 
 		 226 aa  51.2  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.000000815606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0458  SNARE associated Golgi protein  31.2 
 
 		 224 aa  51.2  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1392  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  32.09 
 
 		 722 aa  50.8  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0589  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex dihydrolipoamide dehydrogenase (E3) component and related enzyme  29.08 
 
 		 738 aa  50.1  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1462  hypothetical protein  29.38 
 
 		 233 aa  50.8  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.376963  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0303  SNARE associated Golgi protein  26.72 
 
 		 246 aa  50.4  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5065  SNARE associated Golgi protein  30.85 
 
 		 267 aa  50.1  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0698288 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1981  membrane protein  29.55 
 
 		 225 aa  50.4  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3205  phospholipase D/transphosphatidylase  27.55 
 
 		 735 aa  50.1  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1327  phospholipase D/transphosphatidylase  26.52 
 
 		 732 aa  50.1  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.670027  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6502  phospholipase D/transphosphatidylase  26.52 
 
 		 732 aa  50.1  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.185655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5494  SNARE associated Golgi protein  25.78 
 
 		 746 aa  49.7  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.268451  hitchhiker  0.00450262 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6091  SNARE associated Golgi protein  26.52 
 
 		 732 aa  50.1  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.123447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3865  SNARE associated Golgi protein  26.64 
 
 		 237 aa  49.3  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2726  SNARE associated Golgi protein  25.85 
 
 		 227 aa  49.3  0.00004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0192571  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3786  SNARE associated Golgi protein-like protein  27.84 
 
 		 701 aa  49.7  0.00004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.163194  normal  0.262802 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3348  hypothetical protein  25.51 
 
 		 233 aa  48.9  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003943  dihydrolipoamide dehydrogenase  27.91 
 
 		 228 aa  48.1  0.00009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0395  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  26.4 
 
 		 713 aa  48.1  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0083  SNARE associated Golgi protein  30 
 
 		 266 aa  48.1  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0176  SNARE associated Golgi protein  29.13 
 
 		 716 aa  48.1  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01579  hypothetical protein  26.25 
 
 		 229 aa  48.1  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2552  SNARE associated Golgi protein  30.12 
 
 		 231 aa  48.1  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1314  hypothetical protein  27.35 
 
 		 226 aa  47.4  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0644  hypothetical protein  28 
 
 		 244 aa  47  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.21783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1602  hypothetical protein  27.34 
 
 		 231 aa  47.4  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1694  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  26.14 
 
 		 214 aa  47.4  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4579  SNARE associated Golgi protein  29.41 
 
 		 265 aa  46.6  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.300931  normal  0.641108 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1058  hypothetical protein  30.09 
 
 		 242 aa  46.2  0.0004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.616769  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2957  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  26.25 
 
 		 717 aa  46.2  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2072  integral membrane protein  28.45 
 
 		 225 aa  46.2  0.0004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.721344  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0389  SNARE associated Golgi protein  27.59 
 
 		 245 aa  46.2  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.892522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5227  hypothetical protein  26.19 
 
 		 220 aa  45.4  0.0006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5315  hypothetical protein  26.19 
 
 		 220 aa  45.4  0.0006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2719  putative transmemebrane protein  29.2 
 
 		 238 aa  45.4  0.0006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.934003  normal  0.0999716 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1971  transmembrane phospholipase protein  35.14 
 
 		 728 aa  45.4  0.0006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5607  hypothetical protein  26.19 
 
 		 220 aa  45.4  0.0006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.352858  normal  0.394132 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3653  mercuric reductase, membrane-associated  24.42 
 
 		 704 aa  44.7  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0190427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2701  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  28.46 
 
 		 717 aa  44.3  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.418324  normal  0.488956 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5587  phospholipase D/transphosphatidylase  26.76 
 
 		 739 aa  44.7  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.752263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2217  SNARE associated Golgi protein-related protein  26.62 
 
 		 713 aa  45.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.107501  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6313  SNARE associated Golgi protein  26.76 
 
 		 739 aa  45.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.250858 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1944  SNARE associated Golgi protein  27.06 
 
 		 223 aa  43.9  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0795121  normal  0.25437 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3219  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  27 
 
 		 712 aa  43.9  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0647  SNARE associated Golgi protein-related protein  27.33 
 
 		 251 aa  43.9  0.002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1957  hypothetical protein  26.8 
 
 		 238 aa  43.9  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>