198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0083 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0083  SNARE associated Golgi protein  100 
 
 		 266 aa  508  1e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0353  hypothetical protein  50.24 
 
 		 251 aa  188  8e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.534909  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0303  SNARE associated Golgi protein  51.28 
 
 		 246 aa  158  9e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1519  hypothetical protein  38.36 
 
 		 714 aa  158  1e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4579  SNARE associated Golgi protein  42.93 
 
 		 265 aa  151  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.300931  normal  0.641108 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0389  SNARE associated Golgi protein  37.83 
 
 		 245 aa  150  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.892522  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1464  hypothetical protein  38.25 
 
 		 714 aa  149  5e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3384  hypothetical protein  40.65 
 
 		 252 aa  146  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.325322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5065  SNARE associated Golgi protein  40.28 
 
 		 267 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0698288 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4466  SNARE associated Golgi protein  44.89 
 
 		 282 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0127359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4098  SNARE associated Golgi protein  41.7 
 
 		 282 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.128977 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2719  putative transmemebrane protein  42.5 
 
 		 238 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.934003  normal  0.0999716 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1058  hypothetical protein  45.27 
 
 		 242 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.616769  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0644  hypothetical protein  35.04 
 
 		 244 aa  129  5.0000000000000004e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.21783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0314  hypothetical protein  38.4 
 
 		 245 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1621  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation protein  32.42 
 
 		 716 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.143809  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3750  hypothetical protein  34.19 
 
 		 239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01787  mercuric reductase (Hg(II) reductase)  35.29 
 
 		 717 aa  110  3e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0071  ribosomal protein S16  43.82 
 
 		 219 aa  109  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0336  SNARE associated Golgi protein  38.94 
 
 		 243 aa  108  7.000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.100106  normal  0.720347 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2456  hypothetical protein  35.38 
 
 		 224 aa  108  9.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00843119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5116  SNARE associated Golgi protein  41.57 
 
 		 297 aa  106  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0230312  hitchhiker  0.00408274 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0145  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  35.8 
 
 		 746 aa  106  4e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0784754  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0474  SNARE associated Golgi protein  38.95 
 
 		 224 aa  106  5e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000739697 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0458  SNARE associated Golgi protein  38.37 
 
 		 224 aa  105  9e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1462  hypothetical protein  33.77 
 
 		 233 aa  104  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.376963  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1314  hypothetical protein  33.33 
 
 		 226 aa  103  4e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0193  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  43.24 
 
 		 705 aa  102  7e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.475163  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0395  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  30.09 
 
 		 713 aa  101  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3558  SNARE associated Golgi protein  38.86 
 
 		 722 aa  101  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.626844  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1984  SNARE associated Golgi protein  36.05 
 
 		 228 aa  99.8  4e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2552  SNARE associated Golgi protein  32.63 
 
 		 231 aa  99.8  4e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2701  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  36.84 
 
 		 717 aa  99.4  5e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.418324  normal  0.488956 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1957  hypothetical protein  37.5 
 
 		 238 aa  97.8  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1326  hypothetical protein  35.15 
 
 		 229 aa  96.7  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0497167  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6067  SNARE associated Golgi protein  41.45 
 
 		 278 aa  95.5  9e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0899  SNARE associated Golgi protein  39.88 
 
 		 258 aa  94.7  1e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000526315 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1392  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  33.91 
 
 		 722 aa  94.4  2e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0977  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  33.91 
 
 		 722 aa  94  2e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0805308 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3219  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  34.67 
 
 		 712 aa  92.4  7e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003943  dihydrolipoamide dehydrogenase  29.19 
 
 		 228 aa  91.3  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01579  hypothetical protein  30.39 
 
 		 229 aa  90.1  3e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1694  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  32.34 
 
 		 214 aa  90.1  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0589  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex dihydrolipoamide dehydrogenase (E3) component and related enzyme  35.57 
 
 		 738 aa  90.1  4e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0176  SNARE associated Golgi protein  33.33 
 
 		 716 aa  89.4  6e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2957  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  32.98 
 
 		 717 aa  86.7  4e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1959  hypothetical protein  32.32 
 
 		 320 aa  86.3  5e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.247119  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1515  SNARE associated Golgi protein  35.42 
 
 		 220 aa  85.9  6e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.12103 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1042  SNARE associated Golgi protein  33.16 
 
 		 236 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.406672 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3653  mercuric reductase, membrane-associated  33.33 
 
 		 704 aa  84  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0190427  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0910  SNARE associated Golgi protein-related protein  36.02 
 
 		 232 aa  83.6  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0752  hypothetical protein  35.33 
 
 		 229 aa  83.6  0.000000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1709  SNARE associated Golgi protein  37.57 
 
 		 720 aa  81.6  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000794028 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2726  SNARE associated Golgi protein  32.41 
 
 		 227 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0192571  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22210  hypothetical protein  32.91 
 
 		 259 aa  79.7  0.00000000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2767  mercuric reductase, membrane-associated  29.86 
 
 		 713 aa  80.1  0.00000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.412379 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1109  SNARE associated Golgi protein  34.83 
 
 		 242 aa  77  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5412  phospholipase D  32.89 
 
 		 735 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.965585 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1981  membrane protein  32.17 
 
 		 225 aa  75.9  0.0000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1105  rhodanese domain-containing protein  38.17 
 
 		 325 aa  74.7  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0153774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1919  hypothetical protein  35 
 
 		 238 aa  75.1  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0929  SNARE associated Golgi protein  30.99 
 
 		 246 aa  74.3  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000396402 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2554  hypothetical protein  37.14 
 
 		 207 aa  73.2  0.000000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1993  hypothetical protein  30.81 
 
 		 242 aa  73.2  0.000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1530  membrane protein  27.1 
 
 		 227 aa  72.4  0.000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.221932  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2230  SNARE associated Golgi protein  33.08 
 
 		 231 aa  72  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.571978 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0460  hypothetical protein  30.77 
 
 		 258 aa  71.2  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.955509 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4112  SNARE associated Golgi protein  28.23 
 
 		 209 aa  69.3  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00687322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2090  hypothetical protein  34.23 
 
 		 238 aa  68.9  0.00000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2229  SNARE associated Golgi protein  33.57 
 
 		 264 aa  68.6  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.403746 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4073  SNARE associated Golgi protein  29.38 
 
 		 209 aa  68.6  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2237  hypothetical protein  36.69 
 
 		 266 aa  66.6  0.0000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.497647 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2775  hypothetical protein  27.6 
 
 		 250 aa  65.9  0.0000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11521  hypothetical protein  37.31 
 
 		 252 aa  65.9  0.0000000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.203646 
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_41130  predicted protein  28.84 
 
 		 304 aa  65.5  0.0000000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.156284  n/a   
 
 
-
 
NC_011698  PHATRDRAFT_31234  predicted protein  31.88 
 
 		 174 aa  65.1  0.000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.066629  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3864  SNARE associated Golgi protein  32.62 
 
 		 220 aa  64.7  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1119  hypothetical protein  35.22 
 
 		 225 aa  64.7  0.000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0939  hypothetical protein  32.82 
 
 		 222 aa  64.7  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592056 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2072  integral membrane protein  36.09 
 
 		 225 aa  64.3  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.721344  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1912  phospholipase D/transphosphatidylase  34.55 
 
 		 714 aa  63.2  0.000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0746  hypothetical protein  36.88 
 
 		 239 aa  63.2  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.528389 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4229  hypothetical protein  34.12 
 
 		 239 aa  62.8  0.000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.713657 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4669  SNARE associated Golgi protein  35.1 
 
 		 240 aa  62.8  0.000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4331  SNARE associated Golgi protein  29.73 
 
 		 232 aa  62.4  0.000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6600  SNARE associated Golgi protein-like protein  34.94 
 
 		 238 aa  62  0.000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.512855 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2761  hypothetical protein  34.33 
 
 		 267 aa  62  0.000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.281656  normal  0.425828 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21521  hypothetical protein  28.96 
 
 		 213 aa  62  0.000000009  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1280  hypothetical protein  28.96 
 
 		 207 aa  61.6  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.932372  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02677  hypothetical protein  33.88 
 
 		 225 aa  62  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4700  SNARE associated Golgi protein  30.18 
 
 		 232 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0431705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1474  phospholipase D/transphosphatidylase  28.57 
 
 		 714 aa  60.8  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.458046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0659  SNARE associated Golgi protein-related protein  27.75 
 
 		 230 aa  61.2  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0859384 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2103  SNARE associated Golgi protein-related protein  33.1 
 
 		 229 aa  61.2  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2208  hypothetical protein  33.59 
 
 		 206 aa  59.7  0.00000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.569423  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3786  SNARE associated Golgi protein-like protein  30.65 
 
 		 701 aa  59.7  0.00000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.163194  normal  0.262802 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18091  hypothetical protein  29.41 
 
 		 213 aa  59.7  0.00000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.95558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0308  SNARE associated Golgi protein  35.56 
 
 		 229 aa  59.7  0.00000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0429  SNARE associated Golgi protein  30.07 
 
 		 229 aa  58.9  0.00000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2217  SNARE associated Golgi protein-related protein  32.39 
 
 		 713 aa  58.2  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.107501  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>