192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3675 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3675  hypothetical protein  100 
 
 
239 aa  480  1e-135  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00383  hypothetical protein  48.77 
 
 
238 aa  199  3.9999999999999996e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1595  hypothetical protein  39.81 
 
 
227 aa  171  7.999999999999999e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0758  SNARE associated Golgi protein  38.31 
 
 
250 aa  162  3e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.826687 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1172  hypothetical protein  40 
 
 
226 aa  162  3e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0907019  normal  0.247056 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4326  SNARE associated Golgi protein  35.23 
 
 
221 aa  137  1e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4466  SNARE associated Golgi protein  35.23 
 
 
221 aa  136  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4271  SNARE associated Golgi protein  35.23 
 
 
221 aa  136  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1535  hypothetical protein  40.31 
 
 
234 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.132727 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0113  hypothetical protein  35.2 
 
 
225 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0467545 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0283  hypothetical protein  35.2 
 
 
222 aa  130  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.3415  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3976  hypothetical protein  35.11 
 
 
219 aa  128  6e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.417481 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4086  hypothetical protein  34.57 
 
 
219 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3883  hypothetical protein  34.04 
 
 
219 aa  125  6e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4689  hypothetical protein  35.39 
 
 
219 aa  122  6e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0135  hypothetical protein  35.64 
 
 
250 aa  117  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4105  SNARE associated Golgi protein  31.94 
 
 
221 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0975  hypothetical protein  39.33 
 
 
210 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2048  SNARE associated Golgi protein  30.11 
 
 
243 aa  105  8e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03390  hypothetical protein  32.79 
 
 
225 aa  77  0.0000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2230  SNARE associated Golgi protein  26.74 
 
 
231 aa  76.3  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.571978 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1185  SNARE associated Golgi protein  32.86 
 
 
258 aa  71.6  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1112  hypothetical protein  33.33 
 
 
226 aa  70.5  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0977  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  29.17 
 
 
722 aa  69.3  0.00000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0805308 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2456  hypothetical protein  26.45 
 
 
224 aa  68.9  0.00000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00843119  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2261  SNARE associated Golgi protein  31.08 
 
 
267 aa  67  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000842977  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4304  SNARE associated Golgi protein-related protein  34.17 
 
 
217 aa  67  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.299101  normal  0.844499 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0589  pyruvate/2-oxoglutarate dehydrogenase complex dihydrolipoamide dehydrogenase (E3) component and related enzyme  27.32 
 
 
738 aa  66.6  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1984  SNARE associated Golgi protein  30.5 
 
 
228 aa  65.9  0.0000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1519  hypothetical protein  26.28 
 
 
714 aa  64.7  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01787  mercuric reductase (Hg(II) reductase)  26.38 
 
 
717 aa  65.1  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0145  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  28.57 
 
 
746 aa  65.1  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0784754  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0389  SNARE associated Golgi protein  26.7 
 
 
245 aa  63.2  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.892522  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1464  hypothetical protein  26.92 
 
 
714 aa  63.5  0.000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1392  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  30.3 
 
 
722 aa  63.2  0.000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1314  hypothetical protein  31.73 
 
 
226 aa  63.2  0.000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1694  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  26.85 
 
 
214 aa  63.2  0.000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0395  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  28.96 
 
 
713 aa  62.8  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0474  SNARE associated Golgi protein  27.74 
 
 
224 aa  62.4  0.000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000739697 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1585  hypothetical protein  31.31 
 
 
217 aa  62  0.000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0628648  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2767  mercuric reductase, membrane-associated  27.78 
 
 
713 aa  61.2  0.00000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.412379 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0013  hypothetical protein  30.77 
 
 
235 aa  60.8  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0481  hypothetical protein  30.07 
 
 
253 aa  60.5  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000679806  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0458  SNARE associated Golgi protein  27.1 
 
 
224 aa  60.5  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0746  hypothetical protein  24.84 
 
 
239 aa  60.8  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.528389 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2001  hypothetical protein  25.42 
 
 
235 aa  60.1  0.00000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.637644  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3558  SNARE associated Golgi protein  30 
 
 
722 aa  60.1  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.626844  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1981  membrane protein  29.63 
 
 
225 aa  59.7  0.00000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5412  phospholipase D  24.06 
 
 
735 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.965585 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3384  hypothetical protein  27.52 
 
 
252 aa  58.9  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.325322  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1326  hypothetical protein  28.57 
 
 
229 aa  58.9  0.00000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0497167  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3750  hypothetical protein  30.1 
 
 
239 aa  58.9  0.00000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01721  conserved inner membrane protein  25.42 
 
 
235 aa  58.5  0.00000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1880  SNARE associated Golgi protein  25.42 
 
 
235 aa  58.5  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00124953 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01709  hypothetical protein  25.42 
 
 
235 aa  58.5  0.00000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1438  hypothetical protein  25.42 
 
 
235 aa  58.5  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.319111  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1957  hypothetical protein  25.87 
 
 
238 aa  58.5  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1975  hypothetical protein  25.42 
 
 
235 aa  58.5  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1890  SNARE associated Golgi protein-like protein  25.42 
 
 
235 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.028896  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1836  hypothetical protein  25.42 
 
 
235 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3653  mercuric reductase, membrane-associated  27.21 
 
 
704 aa  57.8  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0190427  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07070  hypothetical protein  28.75 
 
 
235 aa  58.2  0.0000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003943  dihydrolipoamide dehydrogenase  28.7 
 
 
228 aa  58.2  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4579  SNARE associated Golgi protein  23.53 
 
 
265 aa  57.8  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.300931  normal  0.641108 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2957  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  27.22 
 
 
717 aa  57.4  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01579  hypothetical protein  29.63 
 
 
229 aa  57.4  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0620  SNARE associated Golgi protein  27.94 
 
 
224 aa  56.6  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2829  hypothetical protein  29.27 
 
 
252 aa  56.6  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1865  DedA family membrane protein  30.48 
 
 
217 aa  56.6  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0119773  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2072  integral membrane protein  27.06 
 
 
225 aa  55.8  0.0000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.721344  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4229  hypothetical protein  28.91 
 
 
239 aa  55.8  0.0000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.713657 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0176  SNARE associated Golgi protein  28.57 
 
 
716 aa  55.8  0.0000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4098  SNARE associated Golgi protein  23.53 
 
 
282 aa  55.8  0.0000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.128977 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1109  SNARE associated Golgi protein  31.36 
 
 
242 aa  55.8  0.0000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5494  SNARE associated Golgi protein  22.81 
 
 
746 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.268451  hitchhiker  0.00450262 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2471  hypothetical protein  24.86 
 
 
235 aa  55.8  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4466  SNARE associated Golgi protein  23.53 
 
 
282 aa  55.5  0.0000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0127359  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0647  SNARE associated Golgi protein-related protein  26.54 
 
 
251 aa  55.5  0.0000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4669  SNARE associated Golgi protein  33.33 
 
 
240 aa  55.1  0.0000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1483  SNARE associated Golgi protein  27.87 
 
 
246 aa  54.7  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.183252 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1462  hypothetical protein  28.76 
 
 
233 aa  55.1  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.376963  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2018  hypothetical protein  29.03 
 
 
245 aa  54.7  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1530  membrane protein  27.14 
 
 
227 aa  55.1  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.221932  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3865  SNARE associated Golgi protein  25.44 
 
 
237 aa  55.1  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0193  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  30.15 
 
 
705 aa  54.7  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.475163  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1892  SNARE associated Golgi protein-like protein  25.69 
 
 
236 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.328931  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1474  phospholipase D/transphosphatidylase  22.61 
 
 
714 aa  53.9  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.458046  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0910  SNARE associated Golgi protein-related protein  24.85 
 
 
232 aa  53.9  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0303  SNARE associated Golgi protein  27.42 
 
 
246 aa  53.9  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1834  hypothetical protein  25.69 
 
 
236 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1602  hypothetical protein  25 
 
 
231 aa  54.3  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22210  hypothetical protein  30.71 
 
 
259 aa  53.5  0.000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2552  SNARE associated Golgi protein  28.7 
 
 
231 aa  53.5  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1440  hypothetical protein  24.12 
 
 
236 aa  53.1  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.212634  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1515  SNARE associated Golgi protein  29.91 
 
 
220 aa  53.1  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.12103 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0899  SNARE associated Golgi protein  24.84 
 
 
258 aa  53.1  0.000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000526315 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01719  predicted inner membrane protein  24.3 
 
 
236 aa  52.8  0.000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1882  SNARE associated Golgi protein  24.3 
 
 
236 aa  52.8  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2701  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region  28.03 
 
 
717 aa  52.8  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.418324  normal  0.488956 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01707  hypothetical protein  24.3 
 
 
236 aa  52.8  0.000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>