100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2840 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_2840  2OG-Fe(II) oxygenase  100 
 
 
218 aa  441  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2434  2OG-Fe(II) oxygenase  96.33 
 
 
218 aa  425  1e-118  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2568  alkylated DNA repair protein  80.73 
 
 
218 aa  326  2.0000000000000001e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4650  2OG-Fe(II) oxygenase  71.5 
 
 
220 aa  299  3e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3795  2OG-Fe(II) oxygenase  67.43 
 
 
219 aa  281  4.0000000000000003e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0190122  normal  0.423081 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3769  alkylated DNA repair protein alk  68.91 
 
 
194 aa  276  1e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4927  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  67.66 
 
 
214 aa  266  1e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2937  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  59.17 
 
 
220 aa  266  1e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.885345  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1690  2OG-Fe(II) oxygenase  62.15 
 
 
216 aa  264  8.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2936  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  61.5 
 
 
217 aa  263  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.443338  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5103  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  65.66 
 
 
223 aa  263  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0185091  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4921  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  65.69 
 
 
216 aa  261  6e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1028  2OG-Fe(II) oxygenase  59.26 
 
 
218 aa  256  1e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5268  N1-methyladenine/N3-methylcytosine demethylase  60.91 
 
 
223 aa  255  3e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.534541 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4097  2OG-Fe(II) oxygenase  59.72 
 
 
217 aa  254  7e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.797242 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3118  DNA alkylation damage repair protein AlkB  58.33 
 
 
228 aa  254  9e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0101889  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3988  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  61.01 
 
 
224 aa  253  1.0000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1922  2OG-Fe(II) oxygenase  60.09 
 
 
216 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.121028  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4875  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  62.79 
 
 
217 aa  253  1.0000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2985  2OG-Fe(II) oxygenase family protein  59.63 
 
 
228 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.477312 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3253  2OG-Fe(II) oxygenase  57.94 
 
 
217 aa  248  6e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.280139  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0533  alkylated DNA repair protein AlkB  59.11 
 
 
212 aa  247  8e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.478593  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1701  2OG-Fe(II) oxygenase  63.68 
 
 
223 aa  247  1e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.535517 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0631  2OG-Fe(II) oxygenase  61.03 
 
 
220 aa  246  1e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2792  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  57.28 
 
 
216 aa  246  2e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2104  2OG-Fe(II) oxygenase  57.99 
 
 
216 aa  246  2e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0652  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  60.47 
 
 
220 aa  246  2e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2504  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  59.62 
 
 
216 aa  246  2e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.538905  hitchhiker  0.000448771 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2549  2OG-Fe(II) oxygenase  61.21 
 
 
219 aa  246  2e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2607  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  59.15 
 
 
216 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.57435 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2400  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  59.62 
 
 
216 aa  245  4.9999999999999997e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.104047  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2448  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  59.15 
 
 
216 aa  244  8e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.177895 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0463  alkylated DNA repair protein AlkB  59.6 
 
 
199 aa  244  9e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.721061  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2490  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  59.15 
 
 
216 aa  244  9e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2363  2OG-Fe(II) oxygenase  60.28 
 
 
225 aa  243  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3400  2OG-Fe(II) oxygenase  60.28 
 
 
215 aa  243  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.801415 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4016  2OG-Fe(II) oxygenase  57.08 
 
 
216 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0794  2OG-Fe(II) oxygenase  60.65 
 
 
218 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.247111  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3161  2OG-Fe(II) oxygenase  56.48 
 
 
215 aa  242  3e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3595  2OG-Fe(II) oxygenase  60 
 
 
217 aa  240  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.363359  normal  0.818593 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3751  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  65.5 
 
 
234 aa  240  1e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.945805  normal  0.289345 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3574  2OG-Fe(II) oxygenase  60.82 
 
 
212 aa  239  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.691383  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1006  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  56.19 
 
 
214 aa  239  2e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.301946  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1198  2OG-Fe(II) oxygenase  60.1 
 
 
225 aa  236  2e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.869594 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1301  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  59.07 
 
 
241 aa  235  3e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.290458  normal  0.0238638 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3793  2OG-Fe(II) oxygenase  57.14 
 
 
218 aa  233  1.0000000000000001e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.529649  normal  0.0181991 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2361  alkylated DNA repair protein AlkB  56.07 
 
 
216 aa  234  1.0000000000000001e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02098  hypothetical protein  56.07 
 
 
216 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.638508  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3350  alkylated DNA repair protein AlkB  55.61 
 
 
216 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0925721  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02139  oxidative demethylase of N1-methyladenine or N3-methylcytosine DNA lesions  56.07 
 
 
216 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.717739  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0549  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  59 
 
 
214 aa  232  3e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1438  alkylated DNA repair protein AlkB  55.61 
 
 
216 aa  231  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.173238 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0728  alkylated DNA repair protein AlkB  55.61 
 
 
216 aa  231  4.0000000000000004e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.451763  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1446  alkylated DNA repair protein AlkB  55.61 
 
 
216 aa  231  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.622793  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2511  alkylated DNA repair protein AlkB  55.61 
 
 
216 aa  231  6e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0516061  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2476  2OG-Fe(II) oxygenase  56.07 
 
 
214 aa  231  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2351  alkylated DNA repair protein AlkB  55.61 
 
 
216 aa  230  1e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3182  2OG-Fe(II) oxygenase  57.21 
 
 
217 aa  226  2e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.191143  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1781  2OG-Fe(II) oxygenase  54.81 
 
 
232 aa  219  1.9999999999999999e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.734996  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3810  2OG-Fe(II) oxygenase  40.18 
 
 
216 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0523384 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3972  2OG-Fe(II) oxygenase  42.93 
 
 
205 aa  132  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0451  2OG-Fe(II) oxygenase  45.18 
 
 
215 aa  133  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.04408  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0213  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  41.34 
 
 
216 aa  129  4.0000000000000003e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2016  2OG-Fe(II) oxygenase  41.81 
 
 
228 aa  128  8.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.140741  normal  0.18363 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3500  2OG-Fe(II) oxygenase  40.74 
 
 
204 aa  128  8.000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0011  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  40 
 
 
200 aa  126  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0179424  normal  0.392162 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3572  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB  41.15 
 
 
211 aa  124  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4299  2OG-Fe(II) oxygenase  40.54 
 
 
192 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3256  2OG-Fe(II) oxygenase  39.36 
 
 
203 aa  123  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0346  2OG-Fe(II) oxygenase  41.21 
 
 
218 aa  121  6e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.824259 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0002  2OG-Fe(II) oxygenase  43.98 
 
 
212 aa  119  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.691503  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1751  2OG-Fe(II) oxygenase  40.43 
 
 
219 aa  119  3.9999999999999996e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280539 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3002  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  39.15 
 
 
212 aa  113  3e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3576  2OG-Fe(II) oxygenase  38.69 
 
 
221 aa  110  1.0000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0466408  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0116  2OG-Fe(II) oxygenase  41.71 
 
 
215 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.844541  normal  0.456878 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06510  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  33.33 
 
 
223 aa  84  0.000000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3551  2OG-Fe(II) oxygenase  36.63 
 
 
221 aa  84  0.000000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.686073  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4443  alkylated DNA repair protein  38.18 
 
 
213 aa  82.8  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000774042  decreased coverage  0.000155018 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46782  predicted protein  39.39 
 
 
352 aa  80.9  0.00000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.211133  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0402  2OG-Fe(II) oxygenase  39.69 
 
 
231 aa  79.7  0.00000000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.845062  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21790  alkylated DNA repair protein  39.72 
 
 
228 aa  76.3  0.0000000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00000653135  normal  0.245071 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3292  2OG-Fe(II) oxygenase  36.36 
 
 
213 aa  75.5  0.0000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.483331 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2539  2OG-Fe(II) oxygenase  34.52 
 
 
236 aa  73.6  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.1234  normal  0.466167 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1427  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  39.52 
 
 
230 aa  71.6  0.000000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006682  CNM01450  conserved hypothetical protein  33.01 
 
 
425 aa  59.7  0.00000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_33669  predicted protein  32.76 
 
 
348 aa  52  0.000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.421608  normal  0.0171071 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_9147  predicted protein  33.57 
 
 
134 aa  50.1  0.00002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0742742 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03179  DNA repair system specific for alkylated DNA  38.61 
 
 
202 aa  48.9  0.00006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.204003  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1802  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  34.96 
 
 
194 aa  48.1  0.00009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.431836  normal  0.363902 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0853  alkylated DNA repair protein  38.18 
 
 
211 aa  47  0.0002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.487927  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0278  hypothetical protein  28.73 
 
 
202 aa  46.2  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0624  alkylated DNA repair protein  30.26 
 
 
194 aa  45.8  0.0005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.137834  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0575  DNA repair system specific for alkylated DNA  29.14 
 
 
194 aa  45.4  0.0006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2665  2OG-Fe(II) oxygenase  31.51 
 
 
201 aa  45.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.453825  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1109  2OG-Fe(II) oxygenase family protein  35.51 
 
 
141 aa  44.3  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2015  2OG-Fe(II) oxygenase  31.97 
 
 
192 aa  43.1  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07782  DNA repair family protein (AFU_orthologue; AFUA_5G14250)  32.06 
 
 
335 aa  43.1  0.003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.701179  normal  0.593563 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0869  2OG-Fe(II) oxygenase  30.43 
 
 
202 aa  42.7  0.004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03958  oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family family (AFU_orthologue; AFUA_6G07990)  33.73 
 
 
359 aa  42.4  0.005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.310797  normal  0.0264233 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1654  2OG-Fe(II) oxygenase  30.77 
 
 
209 aa  42  0.006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>