101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2549 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2549  2OG-Fe(II) oxygenase  100 
 
 		 219 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2363  2OG-Fe(II) oxygenase  93.15 
 
 		 225 aa  387  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3400  2OG-Fe(II) oxygenase  93.49 
 
 		 215 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.801415 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2476  2OG-Fe(II) oxygenase  87.38 
 
 		 214 aa  360  7.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3795  2OG-Fe(II) oxygenase  63.72 
 
 		 219 aa  265  2.9999999999999995e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0190122  normal  0.423081 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5103  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  63.73 
 
 		 223 aa  265  5.999999999999999e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0185091  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2937  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  55 
 
 		 220 aa  264  8e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.885345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4097  2OG-Fe(II) oxygenase  63.37 
 
 		 217 aa  260  1e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.797242 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2434  2OG-Fe(II) oxygenase  63.32 
 
 		 218 aa  260  1e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2840  2OG-Fe(II) oxygenase  60.75 
 
 		 218 aa  258  4e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1690  2OG-Fe(II) oxygenase  59.91 
 
 		 216 aa  256  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0533  alkylated DNA repair protein AlkB  60.29 
 
 		 212 aa  255  3e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.478593  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0463  alkylated DNA repair protein AlkB  61.62 
 
 		 199 aa  254  7e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.721061  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0631  2OG-Fe(II) oxygenase  62.74 
 
 		 220 aa  254  7e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0652  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  62.74 
 
 		 220 aa  254  8e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4650  2OG-Fe(II) oxygenase  64.77 
 
 		 220 aa  254  9e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2936  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  59.13 
 
 		 217 aa  253  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.443338  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3118  DNA alkylation damage repair protein AlkB  60 
 
 		 228 aa  252  3e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0101889  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2985  2OG-Fe(II) oxygenase family protein  59.07 
 
 		 228 aa  251  6e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.477312 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1922  2OG-Fe(II) oxygenase  59.43 
 
 		 216 aa  249  2e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.121028  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1301  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  61.43 
 
 		 241 aa  249  3e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.290458  normal  0.0238638 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1028  2OG-Fe(II) oxygenase  56.22 
 
 		 218 aa  245  4e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2568  alkylated DNA repair protein  66.33 
 
 		 218 aa  244  4.9999999999999997e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4927  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  61 
 
 		 214 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5268  N1-methyladenine/N3-methylcytosine demethylase  60.4 
 
 		 223 aa  243  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.534541 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2104  2OG-Fe(II) oxygenase  56.34 
 
 		 216 aa  243  1.9999999999999999e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3988  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  61.88 
 
 		 224 aa  242  3e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1198  2OG-Fe(II) oxygenase  61.14 
 
 		 225 aa  241  6e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.869594 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1006  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  54.21 
 
 		 214 aa  239  2e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.301946  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3161  2OG-Fe(II) oxygenase  57.28 
 
 		 215 aa  238  8e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3769  alkylated DNA repair protein alk  58.25 
 
 		 194 aa  237  1e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3574  2OG-Fe(II) oxygenase  56.46 
 
 		 212 aa  235  4e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.691383  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4016  2OG-Fe(II) oxygenase  59.18 
 
 		 216 aa  232  3e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3253  2OG-Fe(II) oxygenase  56.28 
 
 		 217 aa  231  5e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.280139  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4921  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  57.79 
 
 		 216 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2504  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  54.25 
 
 		 216 aa  231  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.538905  hitchhiker  0.000448771 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1701  2OG-Fe(II) oxygenase  58.02 
 
 		 223 aa  230  1e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.535517 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2607  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  53.77 
 
 		 216 aa  230  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.57435 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2792  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  54.03 
 
 		 216 aa  229  2e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4875  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  60.7 
 
 		 217 aa  229  3e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2448  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  53.77 
 
 		 216 aa  229  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.177895 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2400  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  54.25 
 
 		 216 aa  229  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.104047  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0794  2OG-Fe(II) oxygenase  56.68 
 
 		 218 aa  229  4e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.247111  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3595  2OG-Fe(II) oxygenase  58.02 
 
 		 217 aa  228  5e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.363359  normal  0.818593 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2490  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  53.77 
 
 		 216 aa  228  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1781  2OG-Fe(II) oxygenase  55.56 
 
 		 232 aa  228  8e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.734996  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02139  oxidative demethylase of N1-methyladenine or N3-methylcytosine DNA lesions  53.77 
 
 		 216 aa  226  2e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.717739  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2511  alkylated DNA repair protein AlkB  53.77 
 
 		 216 aa  226  2e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0516061  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2361  alkylated DNA repair protein AlkB  53.3 
 
 		 216 aa  226  2e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02098  hypothetical protein  53.77 
 
 		 216 aa  226  2e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.638508  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2351  alkylated DNA repair protein AlkB  53.77 
 
 		 216 aa  225  3e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3350  alkylated DNA repair protein AlkB  53.3 
 
 		 216 aa  225  3e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0925721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1438  alkylated DNA repair protein AlkB  53.3 
 
 		 216 aa  225  4e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.173238 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0728  alkylated DNA repair protein AlkB  53.3 
 
 		 216 aa  225  4e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.451763  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1446  alkylated DNA repair protein AlkB  53.3 
 
 		 216 aa  224  6e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.622793  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3751  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  67.06 
 
 		 234 aa  223  2e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.945805  normal  0.289345 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3793  2OG-Fe(II) oxygenase  55.02 
 
 		 218 aa  223  3e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.529649  normal  0.0181991 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3182  2OG-Fe(II) oxygenase  54.88 
 
 		 217 aa  221  6e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.191143  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0549  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  55.45 
 
 		 214 aa  221  9e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3972  2OG-Fe(II) oxygenase  46.43 
 
 		 205 aa  153  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4299  2OG-Fe(II) oxygenase  46.43 
 
 		 192 aa  150  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0346  2OG-Fe(II) oxygenase  48.35 
 
 		 218 aa  149  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.824259 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3810  2OG-Fe(II) oxygenase  46.5 
 
 		 216 aa  149  5e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0523384 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3572  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB  47.83 
 
 		 211 aa  145  4.0000000000000006e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0451  2OG-Fe(II) oxygenase  46.03 
 
 		 215 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.04408  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0213  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  43.58 
 
 		 216 aa  143  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0011  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  43.92 
 
 		 200 aa  143  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0179424  normal  0.392162 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3500  2OG-Fe(II) oxygenase  46.03 
 
 		 204 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2016  2OG-Fe(II) oxygenase  46.67 
 
 		 228 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.140741  normal  0.18363 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1751  2OG-Fe(II) oxygenase  45.6 
 
 		 219 aa  139  1.9999999999999998e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00280539 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3256  2OG-Fe(II) oxygenase  44.9 
 
 		 203 aa  139  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3576  2OG-Fe(II) oxygenase  44.39 
 
 		 221 aa  131  9e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0466408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0116  2OG-Fe(II) oxygenase  52.63 
 
 		 215 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.844541  normal  0.456878 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0002  2OG-Fe(II) oxygenase  45.98 
 
 		 212 aa  129  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.691503  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3002  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  43 
 
 		 212 aa  126  3e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3551  2OG-Fe(II) oxygenase  38.54 
 
 		 221 aa  96.7  2e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.686073  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1427  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  39.37 
 
 		 230 aa  83.6  0.000000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06510  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  40.74 
 
 		 223 aa  83.6  0.000000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4443  alkylated DNA repair protein  39.88 
 
 		 213 aa  84  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000774042  decreased coverage  0.000155018 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3292  2OG-Fe(II) oxygenase  35.24 
 
 		 213 aa  83.6  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.483331 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21790  alkylated DNA repair protein  32.74 
 
 		 228 aa  77  0.0000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00000653135  normal  0.245071 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2539  2OG-Fe(II) oxygenase  33.76 
 
 		 236 aa  76.3  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.1234  normal  0.466167 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0402  2OG-Fe(II) oxygenase  32.03 
 
 		 231 aa  75.5  0.0000000000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46782  predicted protein  43.02 
 
 		 352 aa  67.8  0.0000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.211133  n/a   
 
 
-
 
NC_006682  CNM01450  conserved hypothetical protein  30.52 
 
 		 425 aa  59.7  0.00000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_33669  predicted protein  33.33 
 
 		 348 aa  58.5  0.00000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.421608  normal  0.0171071 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03179  DNA repair system specific for alkylated DNA  37.5 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.204003  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03958  oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family family (AFU_orthologue; AFUA_6G07990)  32.89 
 
 		 359 aa  51.6  0.000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.310797  normal  0.0264233 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0575  DNA repair system specific for alkylated DNA  34.01 
 
 		 194 aa  50.8  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0624  alkylated DNA repair protein  33.33 
 
 		 194 aa  50.1  0.00003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.137834  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1802  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  33.1 
 
 		 194 aa  45.8  0.0005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.431836  normal  0.363902 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2015  2OG-Fe(II) oxygenase  34.26 
 
 		 192 aa  45.8  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1109  2OG-Fe(II) oxygenase family protein  36.91 
 
 		 141 aa  44.7  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2665  2OG-Fe(II) oxygenase  32.21 
 
 		 201 aa  44.3  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.453825  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0853  alkylated DNA repair protein  35.71 
 
 		 211 aa  43.9  0.002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.487927  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1863  2OG-Fe(II) oxygenase  32.76 
 
 		 192 aa  43.9  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1364  hypothetical protein  29.76 
 
 		 199 aa  42.7  0.004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1701  2OG-Fe(II) oxygenase  32 
 
 		 210 aa  42.7  0.004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.194502 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0869  2OG-Fe(II) oxygenase  27.43 
 
 		 202 aa  42.7  0.004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5365  2OG-Fe(II) oxygenase  25.16 
 
 		 204 aa  41.6  0.008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.146934 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>