131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3576 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_3576  2OG-Fe(II) oxygenase  100 
 
 
221 aa  446  1e-125  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0466408  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3810  2OG-Fe(II) oxygenase  55.61 
 
 
216 aa  211  5.999999999999999e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0523384 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3972  2OG-Fe(II) oxygenase  50.75 
 
 
205 aa  207  9e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2016  2OG-Fe(II) oxygenase  57.56 
 
 
228 aa  206  3e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.140741  normal  0.18363 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0346  2OG-Fe(II) oxygenase  54.35 
 
 
218 aa  204  6e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.824259 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0451  2OG-Fe(II) oxygenase  55.24 
 
 
215 aa  204  6e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.04408  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3500  2OG-Fe(II) oxygenase  51.76 
 
 
204 aa  200  9.999999999999999e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3002  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  53.66 
 
 
212 aa  198  3.9999999999999996e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3256  2OG-Fe(II) oxygenase  51.27 
 
 
203 aa  198  7e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3572  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB  51.53 
 
 
211 aa  184  7e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4299  2OG-Fe(II) oxygenase  47.24 
 
 
192 aa  183  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1751  2OG-Fe(II) oxygenase  51.91 
 
 
219 aa  182  4.0000000000000006e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280539 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0116  2OG-Fe(II) oxygenase  51.46 
 
 
215 aa  171  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.844541  normal  0.456878 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0213  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  44.44 
 
 
216 aa  167  9e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0002  2OG-Fe(II) oxygenase  45.63 
 
 
212 aa  167  9e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.691503  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0011  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  44.39 
 
 
200 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0179424  normal  0.392162 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3595  2OG-Fe(II) oxygenase  42.63 
 
 
217 aa  132  5e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.363359  normal  0.818593 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5103  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  41.88 
 
 
223 aa  129  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0185091  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2792  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  40.93 
 
 
216 aa  129  3e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1701  2OG-Fe(II) oxygenase  37.95 
 
 
223 aa  128  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.535517 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1922  2OG-Fe(II) oxygenase  41.58 
 
 
216 aa  126  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.121028  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2936  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  39.18 
 
 
217 aa  125  7e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.443338  normal  0.900156 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3793  2OG-Fe(II) oxygenase  42.62 
 
 
218 aa  123  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.529649  normal  0.0181991 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5268  N1-methyladenine/N3-methylcytosine demethylase  40.84 
 
 
223 aa  123  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.534541 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2511  alkylated DNA repair protein AlkB  38.34 
 
 
216 aa  122  3e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0516061  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02139  oxidative demethylase of N1-methyladenine or N3-methylcytosine DNA lesions  38.34 
 
 
216 aa  122  6e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.717739  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02098  hypothetical protein  38.34 
 
 
216 aa  122  6e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.638508  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2937  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  41.86 
 
 
220 aa  121  7e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.885345  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1690  2OG-Fe(II) oxygenase  38.66 
 
 
216 aa  121  7e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2361  alkylated DNA repair protein AlkB  37.82 
 
 
216 aa  121  7e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2351  alkylated DNA repair protein AlkB  38.34 
 
 
216 aa  121  8e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2476  2OG-Fe(II) oxygenase  44.1 
 
 
214 aa  121  8e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2549  2OG-Fe(II) oxygenase  44.39 
 
 
219 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1438  alkylated DNA repair protein AlkB  37.82 
 
 
216 aa  120  9.999999999999999e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.173238 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3350  alkylated DNA repair protein AlkB  37.82 
 
 
216 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0925721  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0728  alkylated DNA repair protein AlkB  37.82 
 
 
216 aa  120  9.999999999999999e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.451763  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1446  alkylated DNA repair protein AlkB  37.82 
 
 
216 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.622793  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0533  alkylated DNA repair protein AlkB  41.28 
 
 
212 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.478593  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1198  2OG-Fe(II) oxygenase  42.2 
 
 
225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.869594 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0463  alkylated DNA repair protein AlkB  41.28 
 
 
199 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.721061  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3400  2OG-Fe(II) oxygenase  44.39 
 
 
215 aa  119  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.801415 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4016  2OG-Fe(II) oxygenase  39.79 
 
 
216 aa  119  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3988  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  44.25 
 
 
224 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3795  2OG-Fe(II) oxygenase  41.76 
 
 
219 aa  118  7e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0190122  normal  0.423081 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2104  2OG-Fe(II) oxygenase  35.02 
 
 
216 aa  117  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4097  2OG-Fe(II) oxygenase  41.04 
 
 
217 aa  117  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.797242 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2363  2OG-Fe(II) oxygenase  40 
 
 
225 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3769  alkylated DNA repair protein alk  38.64 
 
 
194 aa  115  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4650  2OG-Fe(II) oxygenase  43.75 
 
 
220 aa  114  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3161  2OG-Fe(II) oxygenase  40.57 
 
 
215 aa  114  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4875  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  38.68 
 
 
217 aa  113  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2434  2OG-Fe(II) oxygenase  38.69 
 
 
218 aa  111  9e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3118  DNA alkylation damage repair protein AlkB  37.31 
 
 
228 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0101889  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2607  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  35.6 
 
 
216 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.57435 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2840  2OG-Fe(II) oxygenase  38.69 
 
 
218 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2448  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  35.6 
 
 
216 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.177895 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2490  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  36.13 
 
 
216 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4921  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  39.01 
 
 
216 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0652  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  37.67 
 
 
220 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2400  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  36.46 
 
 
216 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.104047  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0631  2OG-Fe(II) oxygenase  37.67 
 
 
220 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2504  alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB  35.6 
 
 
216 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.538905  hitchhiker  0.000448771 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4927  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  38.42 
 
 
214 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3253  2OG-Fe(II) oxygenase  39.43 
 
 
217 aa  108  6e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.280139  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3751  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  41.62 
 
 
234 aa  108  7.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.945805  normal  0.289345 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3574  2OG-Fe(II) oxygenase  36.46 
 
 
212 aa  108  7.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.691383  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1028  2OG-Fe(II) oxygenase  36.9 
 
 
218 aa  106  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1781  2OG-Fe(II) oxygenase  37.5 
 
 
232 aa  105  5e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.734996  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2568  alkylated DNA repair protein  42.01 
 
 
218 aa  105  6e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2985  2OG-Fe(II) oxygenase family protein  36.27 
 
 
228 aa  105  6e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.477312 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0794  2OG-Fe(II) oxygenase  36.99 
 
 
218 aa  103  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.247111  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1301  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  38.22 
 
 
241 aa  102  5e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.290458  normal  0.0238638 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0549  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  35.47 
 
 
214 aa  98.6  7e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3182  2OG-Fe(II) oxygenase  33.49 
 
 
217 aa  95.5  6e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.191143  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1006  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  35.71 
 
 
214 aa  95.1  8e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.301946  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1427  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  41.79 
 
 
230 aa  94  2e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0402  2OG-Fe(II) oxygenase  37.38 
 
 
231 aa  93.6  2e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.845062  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3292  2OG-Fe(II) oxygenase  35.86 
 
 
213 aa  89.7  3e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.483331 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4443  alkylated DNA repair protein  39.49 
 
 
213 aa  88.2  9e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000774042  decreased coverage  0.000155018 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2539  2OG-Fe(II) oxygenase  35.94 
 
 
236 aa  88.2  9e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.1234  normal  0.466167 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3551  2OG-Fe(II) oxygenase  37.44 
 
 
221 aa  87  2e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.686073  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06510  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  36.06 
 
 
223 aa  86.3  3e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21790  alkylated DNA repair protein  33.63 
 
 
228 aa  84.7  0.000000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00000653135  normal  0.245071 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46782  predicted protein  35.25 
 
 
352 aa  77.8  0.0000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.211133  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03958  oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family family (AFU_orthologue; AFUA_6G07990)  30.82 
 
 
359 aa  60.1  0.00000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.310797  normal  0.0264233 
 
 
-
 
NC_006682  CNM01450  conserved hypothetical protein  35.71 
 
 
425 aa  54.3  0.000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1654  2OG-Fe(II) oxygenase  30 
 
 
209 aa  53.1  0.000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1109  2OG-Fe(II) oxygenase family protein  31.76 
 
 
141 aa  51.2  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1802  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  37.37 
 
 
194 aa  50.1  0.00003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.431836  normal  0.363902 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30270  2OG-Fe(II) oxygenase superfamily protein  28.23 
 
 
197 aa  49.7  0.00004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.685211  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03669  alkylated DNA repair protein  29.37 
 
 
213 aa  47.8  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1061  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  33.11 
 
 
214 aa  47.4  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0885098  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5584  2OG-Fe(II) oxygenase  32.89 
 
 
199 aa  47.4  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00113591 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_33669  predicted protein  33.63 
 
 
348 aa  46.2  0.0004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.421608  normal  0.0171071 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3978  2OG-Fe(II) oxygenase  32.88 
 
 
226 aa  46.2  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0084294 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0979  2OG-Fe(II) oxygenase  27.46 
 
 
255 aa  45.8  0.0005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.716727  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0082  DNA-N1-methyladenine dioxygenase  31.43 
 
 
205 aa  45.4  0.0006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4109  2OG-Fe(II) oxygenase  32.45 
 
 
201 aa  45.4  0.0006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0278  hypothetical protein  31.39 
 
 
202 aa  45.8  0.0006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03179  DNA repair system specific for alkylated DNA  28.08 
 
 
202 aa  45.4  0.0007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.204003  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>